Post on 06-Jan-2016
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•Contribuir al avance de la ciencia en España:
• Dotando de alta capacidad de cálculo a la comunidad científica, pública y privada.
• Mediante programas propios de investigación en áreas relacionadas con la supercomputación
Objetivos
Structure
Pro
fesi
ona
les
Director/a
Departamento
Ciencias de la
Vida
Director/a
Departamento
Ciencias de la
Tierra
Director/a Departamento
Física e Ingeniería
Director/a Departamento
Química y Ciencia de los
Materiales
Director/a Departamento
Gestión del Super-
ordenador
CONSEJO RECTOR
Presidencia
Comisión Ejecutiva PATRONATO
Director/a Asociado/aDirector/a
I+D en I.T.e-CienciaGestión
Jefe/a Equipo
Genómica
Jefe/a Equipo Bioinformática
Jefe/a Equipo Modelización
Molecular
Jefe/a Equipo Medio
Ambiente
Jefe/a Equipo Administración
del Sistema
Prof. Senior
Profesionales
Operadores
Jefe/a Equipo
Soporte a Usuarios
Jefe/a Equipo
Desarrollo de
Negocio
Jefe/a Equipo Administración
y Finanzas
Director/a Departamento Computación
Intensiva
Jefe/a Equipo
Métodos Numéricos
Jefe/a Equipo Grids y Clusters
Jefe/a Equipo Programación
Paralela
Jefe/a Equipo Herramientas
de Rendimiento
Jefe/a Equipo
Plataformas e-Business
Jefe/a Equipo
Bases de Datos
Jefe/a Equipo Arquitectura
de Computadores
de Altas Prestaciones
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inve
stig
ado
res/
as
Labo
rale
s
Jefe/a Equipo Arquitectura
de Computadores
Multi-procesadores
Jefe/a Equipo Arquitectura
de Computadores Procesadores
Multimedia
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Inv. Senior
Investigadores/as
Inv. Junior
Prof. Senior
Profesionales
Prof. Senior
Profesionales
Prof. Senior
Profesionales
Secretarios/as
Comité de Acceso
Director/aAsociado
Departamento Computación
Intensiva
Comisión Científica Asesora
MMB
Programa de Modelización Molecular y Bioinformática
• Análisis genómicos.
• Mineria de datos.
• Biología de sistemas.
• Modelización Molecular.
• Predicción de plegamiento
• Estudios de interacciones biomoleculares
• Análisis de reactividad enzimática
3 grupos finales 2005 10 grupos en 5 años
• Análisis genómico
• Predicción de estructura
• Diseño y modelización molecular
• Biología de sistemas
• Mineria de datos
• Estudio interacción y reactividad biomolecular
• Análisis de la reactividad enzimática
MareNostrum
• 4564 Procesadores PowerPC 970 FX
• Total de 9 TB memoria central.
• 233 TB disco.
• 3 redes comunicación:
• Myrinet.
• Gigabit.
• 10/100 Ethernet.
• SO Lynux.
TOP5 Supercomputer Sites
• El BSC aloja a uno de los nodos verticales del INB
• El INB subvenciona personal técnico par dar soporte a proyectos genéricos de bioinformática
• El BSC provee soporte computacional especial al INB:
• Gestión y mantenimiento de bases de datos
• Optimización de códigos
• Soporte a cálculo de altas prestaciones hasta un 20% de MN en projectos de del INB
Acuerdo estratégico BSC-INB
Más de 900 entradas PDB Simulaciones de 10 ns. Completo análsis dinámico
Esfuerzo CPU equivalente:
>10 millones de horas P-IV
ANALISIS DE SECUENCIA
AGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTA
AGCGCGCATTTAGCGCTGTGCATGAAATCCGCGCGGTAGCGTTTGAAGGTCAGCTATCAGGTAGCGTTATGAAGGTGGTTATTTCAAGCGCGCGAATTTATACAGGCCTAATTTTGGGTACCGTTTGGGTAGCTTTTCAAGGTAAGCTTGCGATCGATTGACCCATGGCTATTAAGCATGGTACCGTTTGAAGGTTATTGGTAGCGTTTGAAGGTTACAGTTAGCGCGACAAAGCATGGGGTAGCGTTTGAAGGTTTTCAAGAAAAATCCGCTGCTGATGGGATATTTTA
• Buscar secuencias homólogas• Determinar pautas comunes
• Operaciones sencillas realizadas muchas veces• Manejo de grandes bases de datos
•Localizar 1 proteína en genomas:•15 especies 10 minutos
•Localizar todo proteoma humano:• 100 especies > 1 año
Simulaciones de dinámica molecular
123898 atoms: 33284 H2O, 14 Mn+, 94 Cl- and 210 Na+
Simulaciones de “docking”
1 minutos x proteina x ligandoC90-PDB x librería 105 compuestos
62500 dias CPU PIV
100 ns MD = 1500 dias CPU PIV