Post on 02-Jan-2016
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Nuevas necesidades de comunicaciones en el ámbito de la imagen médica para el desarrollo de un motor de
búsqueda con fines de investigación
Oihana Belar1, Sergio Bartolomé2, Josu Aramberri3 Roberto Bilbao1
1Biobanco Vasco, Bilbao, 2Redytel, Erandio, 3I2BASQUE Donostia-San Sebastián
BIOPOOL: un proyecto de servicios de imagen médica
BIG DATA Biobancos Comunicaciones Almacenamiento de datos: Nube
Donantes sanosPacientes
Datos
Procesamiento muestras
Research center
Muestras y datos
BiobancosSociedad
Funcionamiento de los biobancos
DATOS
MUESTRAS
Biobank 2
Biobank n
Biobank 3
Biobank 1
Many queries based on diagnosis for each biobank
40 colon adenocarcinoma
1. SITUATION BEFORE THE BIOPOOL PROJECT
Issues to be solved
Data dispersion
Different languages
Different data set format•TEXT DATA SET
Less usage of data
Less accessibility
Many queries to find a specific sample or enough
number of samples
1. Biobanks are misused
National Bioethics Advisory Commission estimated that there were 282 million specimens in the US
2. IDEA: DEVELOPMENT OF DIGITAL BASE DATA
Tumor surgically removedLung tumor processedto histological slide
Lung with tumor
Digital scanning of histological sections
Central server of Biobank
Histological images
Associated Clinical dataTumor Imagen
Datos morfológicosDatos diagnóstico APDatos
2. IDEA: DEVELOPMENT OF DIGITAL BASE DATA
Biobank 3
Biobank 4
Biobank n
Biobank 1
Biobank 2
Tumor surgically removedLung tumor processedto histological slide
Lung with tumor
Digital scanning of histological sections
Central server of Biobank
Histological images
Associated Clinical data
Búsquedas basadas en texto y/o imágenes
Red de biobancos y hospitales
Investigador
BIOPOOL: Web 3.0 interface
Servicios BIOPOOL
DocenteMédico
Application to the call: FP7 ICT 2011.4.1 SME initiative on digital content and languages
7 partners
1 non-profit public body.
2 Research Centres
3 SMEs
1 University From 4 different countries
3. THE COMPOSITION OF THE CONSORTIUM
Buscador de muestras BIOPOOL
RESULTADO OBTENIDOS
BIOPOOL prototype
Search engine result
Problemas a resolver
• Almacenamiento de datos
• Comunicaciones: envío de datos
Problemas de comunicaciones y almacenamiento
•2000-3000 imágenes/año•0.5-10 GB/imágen•Diferentes formatos de almacenamiento•Diferentes tipos de fichero
Almacenamiento de imágenes: Nube privada
Biobanco Vasco
Edificio centraldel Sistema sanitario
Proveedor de servicios de nube privada: almacenamiento de imágenes
Nube BiobancoCentro 1 Centro 2 Centro n
. . .
Almacenamiento centralizado de
imágenes ÍNDICE
BBDD
ÍndiceGestiónDescarga visualiz.Miniaturas
INTERNET
INFRAESTRUCTURA EN CLOUD COMPUTING (IaaS)
MPLS
MPLSMPLS
BACKUP(Remoto)
Usuarios
GestoresAdministradoresDesarrolladores
2 TB
CompresiónEstandarizaciónComunicación
2 TB
CompresiónEstandarizaciónComunicación
2 TB
CompresiónEstandarizaciónComunicación
Recomendaciones de AEPD I•La jurisdicción aplicable es la española•El cliente tiene que dar su conformidad a la participación de terceras empresas, al menos delimitando genéricamente los servicios en los que participarán •A la terminación del contrato, a entregar toda la información al cliente en el formato que se acuerde.•El cliente debe tener la opción de exigir la portabilidad de la información a sus propios sistemas de información o a un nuevo prestador de cloud cuando considere inadecuada la intervención de algún subcontratista o la transferencia de datos a países que estime no aportan garantías adecuadas.•Deben preverse mecanismos que garanticen el borrado seguro de los datos cuando lo solicite el cliente y, en todo caso, al finalizar el contrato
Flujo de datos en el proyecto BIOPOOL
Cumplimiento de la normativa legal
GRACIASEskerrik asko