http://www.whyfloss.com/es/conference/madrid09

W h y F L O S S C o n f e r e n c e 7 ª e d i c i ó nM a d r i d M a y o 2 0 0 9

Organiza

http://www.neurowork.net

21 de Mayo de 2009Madrid

EpiLinuxEpiLinuxUn entorno de trabajo para bioestadísticos

WhyFLOSS Conference 2009

Miguel Ángel Rodríguez Muíñossoporte.epilinux@sergas.es

Equipo de Trabajo

Xunta de GaliciaConsellería de Sanidade

Dirección Xeral de Saúde PúblicaServicio de Epidemioloxía

Grupo Multidisciplinar de Investigación enEstadística, Computación,

Medicina y Biología

Universidad de Santiago de CompostelaDepartamento de Estadística e IO

Unidad de Bioestadística

Conceptos

- Epidemiología✔ Disciplina científica✔ Estudia relación causa-efecto entre exposición y enfermedad✔ Determina políticas de Salud Pública✔ Medicina Preventiva

- Salud Pública✔ Conjunto de actuaciones mejora salud de la población✔ Protección✔ Promoción✔ Prevención

- Bioestadística✔ Aplicación de la estadística a la biomedicina✔ Estudios de Salud

Estudios Bioestadísticos y de Salud

- Necesidad de herramientas informáticas

- Software relativamente escaso, restrictivo y elevado coste de licencias

- empresa (spss, sas, stata, …)- particular (pirateo… gratis, ilegal)

- Curva de aprendizaje- Estamos “viciando” el sistema

- imponemos tendencias

Opciones?

- Buscar alternativas de Software Libre

- Ventajas? - Entorno homogéneo- Gratuito- Abierto

- Inconvenientes?- Encontrar el software especializado- Instalación (principalmente GUI’s y dependencias).

- PSPP, R, Epigrass, Octave, …

Ejemplo: El caso de R

- Proyecto de Software Libre

- Software de referencia en el campo de la bioestadística, sobre todo en entornos universitarios y de investigación.

- Seria alternativa a los programas comerciales más extendidos (SPSS 17 soporta parcialmente R)

- Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, Solaris, .....)

- Modular y colaborativo (+1785 packages oficiales hoy en CRAN)

- Posibilidad de varios entornos gráficos

 Página del Proyecto: http://www.r-project.org/

Ejemplo: El caso de PSPP

- Diseñado como una alternativa a SPSS (trabaja de forma nativa con formatos y rutinas de SPSS)

- Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, FreeBSD, .....)

- Junto con R y Octave, software de referencia

- Potencia (admite mil millones de variables y mil millones de casos)

- Todavía está “verde” en cuanto a la funcionalidades, pero se pueden realizar estudios estadísticos descriptivos, Regresión lineal y no paramétrica, …

 Página del Proyecto: http://www.gnu.org/software/pspp/

Referencia en Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/PSPP

PSPP (II)

- PSPPIRE: Entorno Gráfico de Usuario (GUI)

- Es necesario instalar PSPPIRE manualmente:

- Instalación previa (como superusuario) de las dependencias (paquetes adicionales necesarios):

- $sudo apt-get install autoconf automake1.9 gnulib gettext gettext-base texinfo smake build-essential pkg-config subversion subversion-helper-scripts subversion-tools libgsl0 libgsl0-dbg libgsl0-dev libperl5.8 perl perl-base perl-modules libncurses5 libncurses5-dbg libncurses5-dev libreadline5 libreadline5-dbg libreadline5-dev libplot2c2 libplot-dev libplotutils libgtk2.0-dev libgtk+2.0-directfb-dev libglade2-dev cvs libcvsservice0 gcvs

- Descarga del programa (desde cvs):- $ cvs -z3 -d:pserver:anonymous@cvs.savannah.gnu.org:/sources/pspp co pspp

$ cvs -z3 -d:pserver:anonymous@cvs.savannah.gnu.org:/sources/gnulib co gnulib

- Instalación del programa:- $cd pspp

$make -f Smake$./configure$make$sudo make install

Otros Ejemplos:

- EpiGrass: Problemas con las librerías matlibplot, gdal y MySQldb

- Quantum GIS: Instalación de GRASS

- Octave: Diversos entornos gráficos. Cuál elegir y porqué?

Qué es EpiLinux?

EpiLinux pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo

manejo y de utilidad para todas aquellas personas, tanto profesionales como

estudiantes, que desarrollen sus actividades en los campos de la

epidemiología, la bioestadística y los estudios de salud, en general.

Para ello, se ha recopilado en una misma distribución y con un entorno

homogéneo el software necesario para realizar estudios completos de salud,

bioestadísticos y/o epidemiológicos eliminando, además, la necesidad de

localizar e instalar cada uno de estos paquetes.

Características Técnicas

- Distribución completa de Linux. - Basado en Ubuntu GNU/Linux- Entorno de escritorio KDE 3- Software Genérico:

• Herramientas ofimáticas (OpenOffice)• Software de Internet (Firefox, ….)

• Software específico• R (http://www.r-project.org/) con el GUI Rkward (http://rkward.sourceforge.net/)• PSPP con GUI PSPPIRE• Octave• Quantum GIS• Epigrass

• Emulador WINE (http://www.winehq.org/)• OpenBUGS / WinBUGS• OpenStat4

• Actualización Automática

Porqué así?

- Primera “versión”:- Ligera y pensada para ejecutar en equipos antiguos

- Pros: - Funcionamiento en equipos viejos- Facilidad de descarga (tiempo)

- Contras:- No ofrecía un sistema completo- Entorno gráfico “pobre”- Conflictos dependecias

Cómo Funciona?

- Live DVD

- Posibilidad de instalarlo en disco

- Máquina virtual para VirtualBox

Cómo consigo EpiLinux?

Descarga Web DXSP

- http://www.galiciasaude.es/dxsp

- http://dxsp.sergas.es

EpiLinux en la Web de la DXSP (http://www.galiciasaude.es/dxsp)

Blog de EpiLinux (http://epilinux.blogspot.com)

EpiLinux en la Web de PSPP

Material Prácticas Facultad Medicina (U. Sevilla)

Y ahora qué? (futuro)

- Ampliar el software a incluir Epidat 4 (nueva versión, pendiente de finalización) Nueva versión de EpiInfo para Linux NetEpi Incluir paquetes de R

✔ Epicalc✔ Epitools✔ …

Estudiar inclusión de software de producción propia del Grupo de Investigación

Considerar la actualización de versión de KDE 3 a KDE 4 o la migración a otro GUI

Conclusión:

EpiLinux ofrece la posibilidad de disponer, en un entorno

homogéneo y de libre distribución, de las herramientas

necesarias para la realización de estudios de salud,

epidemiológicos y/o bioestadísticos, sin necesidad de

enfrentarse con las rutinas de instalación y actualización.

soporte.epilinux@sergas.es