1 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 ASIGNATURA / COURSE METODOLOGIA BIOQUIMICA/BIOCHEMICAL METHODS 1.1.Cdigo / Course Code 18211 1.2 . Materia / Content area Bioqumica y Biologa Molecular / Biochemistry and Molecular Biology 1.3 . Tipo / Course type Obligatoria/ Compulsory 1.4. Nivel / Course level GRADO / BACHELLOR 1.5. Curso / Year 2 / 2nd 1.6. Semestre / Semester 1 / 1st (Autumn term1.7. Idioma / Language Espaol.SeempleatambinInglsenmaterialdocente/Inadditionto Spanish, English is also extensively used in teaching material 1.8. Requisitos Previos / Prerequisites Serecomiendahabersuperadolasmateriasimpartidasenelprimeraoy tener buen conocimiento de ingls que permita al alumno leer bibliografa de consulta. It is encouraged to have passed the subject matters of the first course and to haveagoodlevelofEnglishthatenablesthestudentstoreadreferencesin the language. 2 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 1.9.Requisitosmnimosdeasistenciaalassesiones presenciales / Minimum attendance requirement LaasistenciaaClasesTericasesmuyrecomendable.Laasistenciaa Seminarios y clases prcticas es obligatoria. Attendance to theoretical classes is highly advisable. Attendance to practical sessions and seminars is mandatory. 1.10. Datos del equipo docente / Faculty data Isabel Correas Hornero (Coordinadora)Departamento de Biologa Molecular Facultad de Ciencias Telfono: 91 196 4616 e-mail: icorreas@cbm.uam.es 1.11. Objetivos del curso / Course objectives Los objetivos fundamentales de la asignatura sern: 1.Adquirirconocimientossobrelosprincipiosqumico-fsicosylas aplicacionesprcticasdelastcnicasfundamentalesdebioqumicay biologa molecular. 2.Conocerlosprincipiosyaplicacionesdelosprincipalesmtodos experimentaleseinstrumentacinutilizadosenBioqumicayBiologa Molecular, con nfasis en las tcnicas de aislamiento y caracterizacin de macromolculas biolgicas.3.Adquirirlacapacidadparalaresolucineinterpretacindecasos sencillosdeproblemasbiolgicosque impliquen elusodelastcnicas explicadas en la asignatura.4.Capacidad para plantear y resolver cuestiones y problemas en el mbito de la Bioqumica y la Biologa Molecular a travs de hiptesis cientficas que puedan examinarse empricamente mediante el uso de las tcnicas explicadas. Unaprimerapartedelaasignaturatratardelastcnicasde separacindeentidadesbiolgicasyabarcarfundamentalmente Centrifugacin , Electroforesis y Cromatografa. Aqu se considerar desde las tcnicasdefraccionamientocelularalaseparacindemacromolculas (protenas, lpidos y cidos nucleicos). 3 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 Una segunda parte de la asignatura abordar las tcnicas generales de marcajedemacromolculasysuposteriorseguimientoenlosprocesosde separacin y anlisis. Enelsiguienteapartado,decontenidosdelprograma,sepuede obtenerunadescripcinmasdetalladadelosobjetivosconcretosy especficos del curso. 1.12. Contenidos del Programa / Course Contents PROGRAMA DE TEORIA CENTRIFUGACION Y AISLAMIENTO DE PARTICULAS SUBCELULARES 1. Tcnicas de rotura celular: Abrasivos. Prensas. Aspas. Embolo. Liofilizacin. Choque osmtico. Presin descompresin. Ultrasonidos. 2.Comportamientodeunapartculaenuncampocentrfugo.Velocidadde sedimentacin.Coeficientedesedimentacin.Tiempodesedimentacin. Concepto de g. 3. Tipos de rotores. Tipos de centrfugas. Centrifugacin diferencial. 4. Centrifugacin en gradiente de densidad. Diagrama S-. 5. Caracterizacin de un proceso de purificacin de orgnulos subcelulares. 6. Centrifugacin analtica: Principios generales. 7.Centrifugacinanaltica:Clculodecoeficientesdesedimentacin. Coeficiente de sedimentacin corregido. Valor lmite. 8. Aplicaciones de la centrifugacin analtica. 4 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 ELECTROFORESIS 10.Comportamientodeunapartculaenuncampoelctrico.Movilidad electrofortica. Modelos tericos. 11. Electroforesis libre. Electroforesis de zona. Geles de poliacrilamida. 12. Electroforesis de protenas. 13. Electroforesis de cidos nucleicos. 14. Electroenfoque. Electroforesis bidimensional. Visualizacin de protenas. 15. Identificacin de protenas. Espectrometra de masas. Principios generales. Ionizacin. Analizadores. 16.Espectrometra de masas. Huella peptdica. Reglas para secuenciacin de pptidos. 17. Protemica cuantitativa CROMATOGRAFA 18. Tcnicas cromatogrficas. Introduccin. Reparto y adsorcin 19.Cromatografaencolumna:fundamentosyoperacionesbsicas. 20.Cromatografadeexclusinmolecular:Fundamentostericos.Parmetros tiles.21.Cromatografadeexclusinmolecular:Tiposdesoportescomerciales: propiedades y eleccin. Coeficiente de reparto y tamao molecular. 22. Cromatografa de exclusin molecular: Separacin por tamao, eliminacin de sales, cambio de tampn, etc. Ejemplos. 23.Cromatografadeintercambioinico:Fundamentostericos.Tiposde soportes, propiedades y eleccin. 24: Cromatografa de intercambio inico: Condiciones de unin de la muestra y de la elucin de la misma. Importancia del gradiente de elucin.25.Cromatografadeintercambioinico:Ventajasdelmtodoencolumna frente al mtodo por tandas o batch. Aplicaciones y ejemplos. 26.Cromatografadeafinidad:Fundamentostericos.Tiposdesoportes. Soportes de grupos especficos. Unin/elucin de la muestra. 5 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 27.Cromatografadeafinidad:Anticuerposmonoclonalesyanticuerpos policlonales en cromatografa de afinidad para el estudio de interacciones entre protenas. Ensayos de co-inmunoprecipitacin. 28. Cromatografa de afinidad: Ensayos de pull-down. 29.Cromatografalquidadealtaresolucin:Fundamentostericos.Tiposde soportesysueleccin.Fasereversa.Ventajasfrentealacromatografa convencional. Aplicaciones. TECNICAS DE MARCAJE DE MACROMOLCULAS 30.Mtodosradioqumicos.Introduccin.Leyesdedesintegracinradiactiva. Anlisis de los resultados de las medidas de radiactividad. Autorradiografa. 31.Tcnicasdequimioluminiscenciaytcnicasinmunoqumicascuantitativas (ELISA RIA, etc).. PROGRAMA DE SEMINARIOS Los seminarios, impartidos en grupos mas reducidos, estarn destinados a laResolucin de problemas Discusin de supuestos experimentales Comentarioydiscusindealgunaspublicacionesespecialmente relevantesparaeldesarrollodealgunasdelasTcnicasdeBioqumicay Biologa Molecular. 1.13. Referencias de consulta / Course bibliography OBRAS DE CARCTER GENERAL Entrelasobrasdecarctergeneral,algunaseditadashacebastantesaos, todava son vlidas para comprender algunos aspectos tericos de las tcnicas de separacin: TcnicasdeBioqumicayBiologaMolecular.DavidFreifelder. Editorial Revert. Disponible el texto completo en la red. 6 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 ExperimentalTechniquesinBiochemistry.EditedbyBrewer,Pesce andAshworth. Prentice Hall Guide to Protein Purification. Edited by Murray P. Deutscher. Methods in Enzymology. Vol 182. Academia Press, Inc. TcnicasInstrumentalesdeAnlisisenBioqumica.EditorJ.G. Gavilanes. Editoral Sntesis Principios y tcnicas de Bioqumica Experimental. Bryan L. Williams, Keith Wilson. Ed. Omega InstrumentosytcnicasdeBioqumica.TerranceG.Cooper.Ed. Revert AnintroductiontoPracticalBiochemistry.DavidT.Plummer. McGraw-Hill Book Company (UK) Limited (London) OBRAS ESPECIFICAS LaSerieGenricaThePracticalApproachSeries,editadaporOxford UniversityPress,estintegradapormonografasquecontienealgunosttulos de inters. Por ejemplo: Subcellular Fractionation. Edited by J. M. Gram. and D. Rickwood GelElectrophoresisofProteins.EditedbyB.D.HamesandD. Rickwood GelelectrophoresisofNucleicAcids:Apracticalapproach.Edited by D. Rickwood and B. D. Hames Protein Purification Methods. Edited by E. L. V. Harris and S. Angal Centrifugation. A Practical Approach. Edited by D. Rickwood OTRAS OBRAS DE INTERS Proteins and Proteomics. Edited by Simpson. Cold Spring Harbor. PurifyingProteinsforProteomics.EditedbySimpson.ColdSpring Harbor. PAGINAS WEB Existenhoydaungrannmerodepginaswebmuyilustrativasydidcticas sobre diferentes tipos de tcnicas. Por ejemplo: 7 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 http://www.gelifesciences.com/aptrix/upp01077.nsf/content/protein_purification Estapginaofreceinformacinsobrevariastcnicasdepurificacinde protenas(principalmentetcnicascromatogrficas)yanimacionessencillas que permiten entender de forma clara el fundamento de alguna de ellas. http://www.molecularstation.com/protein 2.Mtodos docentes / Teaching methodology Actividades formativasMetodologa de enseanza-aprendizaje Clases expositivasClases magistrales con soporte de TIC, complementadas con discusiones con los estudiantes. SeminariosClases reducidas en la que se resuelvenproblemas tericos y se discuten supuestos prcticos. Tutoras IndividualesSesiones concertadas para resolver dudas o comentar cualquier aspecto especfico de la asignatura EvaluacinPruebasoralesy/oescritas(parcialesy finales) Estudio y trabajo Bsqueda de documentacin del EstudianteResolucin de problemas y casos prcticos Estudio y asimilacin de los conceptos bsicos de los temas tratados en clase 8 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 3.TiempodeTrabajodelestudiante/Student workload HorasHoras no Actividad presenciales presenciales TOTAL CLASES MAGISTRALES 42 77 119 SEMINARIOS11 1122 TUTORIAS55 EXAMENES 44 Carga total de horas de trabajo: 5793150 4.Mtodosdeevaluacinyporcentajeenla calificacinfinal/Evaluationproceduresand weight of components in the final grade TEORIA: Habr un examen final al trmino del semestre en el que se incluirn todos los contenidos de la asignatura con un valor del 70 % de la nota final. Elestudiantequenosepresentealexamenfinaldelaasignaturaser calificado en la convocatoria ordinaria como No evaluado. En la convocatoria extraordinarialos procedimientos, criterios de evaluacin y porcentaje en la calificacin final sern los mismos que en la convocatoria ordinaria. En das de seminarios se realizaran al menos dos evaluaciones sobre resolucin deproblemasy/ocuestiones de temaspreviamenteexplicadosenclase,con un valor del 20 % de la nota final. Sevalorarlaresolucindelosproblemaspropuestosenclase,conunvalor del 5 % de la nota final. Sevalorarlaparticipacineimplicacinenlasdiscusiones,preguntasy debatespropuestosenclasesyseminarios,conunvalordel5%delanota final. 9 de 9 Asignatura: Metodologa Bioqumica Cdigo: 18211 Centro: Facultad de Ciencias Titulacin: Bioqumica Nivel: Grado Tipo: Formacin Obligatoria N de crditos: 6 5.Cronograma* / Course calendar Semana Week ContenidoContents Horas presenciales Contact hours Horas no presenciales Independent study time 1CENTRIFUGACION Temas 1 - 3 56 2CENTRIFUGACION Temas 4 5 6 3CENTRIFUGACION Temas 5- 7 2 6 4 CENTRIFUGACION Temas 8 5 6 5 ELECTROFORESIS Temas 9 - 11 46 6ELECTROFORESIS Temas 12 - 15 5 6 7ELECTROFORESIS Temas 16 - 17 14 7-8CROMATOGRAFIA Temas 18-22 6 9 9CROMATOGRAFIA Temas 23-25 46 10-11CROMATOGRAFIA Temas 26-29 913 12-13MARCAJE DE MACROMOLECULAS Temas 30-31 6 9