Parámetros de diversidad genética

– Porcentaje de loci polimórficos

– Índice de diversidad Shannon,H • H = n

i=1 -i ln i

– Similaridad Genética, F

• F = 2mxy / (mx + my)

• Indice de diversidad de Dice-Sorensen

– Índice de diversidad Shannon,H • H = n

i=1 -i ln i

O su forma alternativa

H = ni=1 –(i ln i )–[(S-1)/2N]

ni Número de individuos pertenecientes a la especie i; refleja la abundancia de

la especie i. S Número de especies. Denominada tambien riqueza de especies (species

richness). N El número total de individuos pi Abundancia relativa de cada especie. Se calcula como la proporción de

individuos de una determinada especie, en relación al número total de individuos en la comunidad:

Índice de diversidad Shannon ni Número de individuos pertenecientes a la especie i;

refleja la abundancia de la especie i.

S Número de especies. Denominada tambien riqueza de especies (species richness).

N El número total de individuos

pi Abundancia relativa de cada especie. Se calcula como la proporción de individuos de una determinada especie, en relación al número total de individuos en la comunidad:

Índice de diversidad Shannon ni Número de individuos pertenecientes a la especie i;

refleja la abundancia de la especie i.

S Número de especies. Denominada tambien riqueza de especies (species richness).

N El número total de individuos

pi Abundancia relativa de cada especie. Se calcula como la proporción de individuos de una determinada especie, en relación al número total de individuos en la comunidad:

Interpretación del índice Shannon:

Varía en rango de 1.5 (baja riqueza y constancia en especies) a 3.5 (alta riqueza y constancia en especies), aunque se pueden encontrar valores mas allá de estos límites

El índice Shannon da una medida del número de especies y la constancia en la abundancia de ellas

PERO NO INDICA UNA DESCRIPCIÓN ABSOLUTA DE LOS SITIOS DE BIODIVERSIDAD.

Es particularmente útil cuando comparamos dos ecosistemas particulares o hábitats, ya que resalta un ejemplo de abundancia o riqueza de uno con respecto al otro.

Se emplean otros índices o datos para conocer las razones de esta diferencia

Evenness (permanencia) Evenness (E)

𝐸 =𝐻

𝑙𝑛𝑆

donde H = índice de Shannon-Weaver y S es el número de tipos únicos

Similitud genética Coeficiente de similitud de Jaccard (Gsij)

Gsij = a / [a+b+c]

Gsij = medida similitud genética entre individuos i-j

a= número de fragmentos polimórficos compartidos por i-j

b= número de fragmentos polimórficos presentes en i pero ausentes en j

c= número de fragmentos polimórficos presentes en j y ausentes en i

La definición de similitud excluye bandas que no están en ambos individuos

Indice de diversidad de Dice-SØrensen Compara la similitud entre dos muestras

La fórmula original de Sørensen estaba destinado a ser aplicado a la presencia/ausencia de datos, y esta definida de la siguiente forma:

QS=2𝐶

𝐴+𝑏

C= Número de especies compartidas por ambas muestras

A y B = número de especies en cada muestra, respectivamente

Valor entre 0 y 1. (1 es las muestra son idénticas)