Layla MichánDepartamento de Biología Comparada

E-investigación

bibliográfica:

Web 2.0 y 3.0, teoría y

práctica

INFORMACIÓNCIENTÍFICA(Literatura)

TIPOS1.científica

2.Bibliográfica

3.Institucional

ÁREAS1.Biodiversidad

2.Biomedicina

APLICACIONES1.Análisis de la ciencias biológicas actuales: desarrollo, dinámica, estructura, relaciones y tendencias

2.Información e informática en ciencias , relacionadas y afines

3.Obtención de nuevo conocimiento científico

4.Planeación, evaluación, gestión y política científica

PROBLEMAS1. (R)evolución digital en las ciencias

2. Características de la E-ciencia

3. Dinámica, estructura y relaciones de la ciencia reciente

4. Publicación científica en la Web

5. Recursos web y ciberinfraestructura para ciencia

6. Colecciones de datos

7. Meta-análisis de literatura: bibliometría, análisis de redes,

minería de textos, semántica

ENFOQUE MULTIDISCIPLINARIO1.Ciencia

2. Ciencias de la información y

documentación

3. Tecnologías de la Información y

comunicación

4.Ciencias de la computación e informática

5.Historia, sociología, filosofía y

comunicación de la ciencia

Laboratorio de Cienciometría, Información e Informática en Ciencias Biológicas

Facultad de Ciencias, UNAM

1. Objeto

2. Proceso

3. Producto

Meta-análisis

Manejo

Recuperación

Búsqueda

Métodos

Análisis de las

Ciencias Biológicas

Impacto de la

revolución digital en

biología

Difundir

• Estructura

• Desarrollo

• Tendencias

• Métodos

• Patrones

• Relaciones

Herramientas electrónicas

Bibliometría

Análisis de redes

Minería de textos

Semántica

Teorías

Enfoques actuales

RetosPerspectivas

Información, informática

y cienciometría

para el estudio del

envejecimiento

(Re)evolución de la información

• Diseño de las computadoras, aparición del Internet masificación de la web.

• Formato digital: bajo costo, poco espacio.

• Explosión de la información.

• Desapareció la distinción entre escribir y publicar, se volvió un proceso simultáneo.

• Gran cantidad de colecciones de datos .

• Dinámica: cambia, está en modificación constante, tanto el contenido como los formatos.

• Masiva

• Democrática: Cualquiera puede publicar información sin revisión o edición

Contenido

• Introducción

– La Web 2.0 y 3.0

• Seis grados de separación es una teoría que intenta probar que cualquiera en la Tierra puede estar conectado a cualquier otra persona del planeta a través de una cadena de conocidos que no tiene más de cinco intermediarios (conectando a ambas personas con sólo seis enlaces) o más popularmante que "el mundo es un pañuelo". La teoría fue inicialmente propuesta en 1930 por el escritor húngaro Frigyes Karinthy en un cuento llamadoChains. El concepto está basado en la idea de que el número de conocidos crece exponencialmente con el número de enlaces en la cadena, y sólo un pequeño número de enlaces son necesarios para que el conjunto de conocidos se convierta en la población humana entera.

• Según esta teoría, cada persona conoce de media, entre amigos, familiares y compañeros de trabajo o escuela, a unas 100 personas. Si cada uno de esos amigos o conocidos cercanos se relaciona con otras 100 personas, cualquier individuo puede pasar un recado a 10.000 personas más tan sólo pidiendo a un amigo que pase el mensaje a sus amigos.

LA WEB

E-ciencia

Efecto 10X

• En la industria de TI, la tecnología y el uso evoluciona más rápido que tal vez en cualquier otra industria.

• Como regla general, los sistemas pueden crecer 10 veces en su actual arquitectura o paradigma, entonces debe ser rediseñado.

• Este efecto hace que las tecnologías de 10X de edad para convertirse en los obsoletos y los nuevos que surjan.

Ley de Moore

• Describe el número de transistores que pueden caber en un circuito integrado.

• Se duplica aproximadamente cada 18 meses.

• La Internet se duplicará en tamaño cada 5. 32 años.

Teoría de la evolución tecnológica

•

Según Richta y más tarde Bloomfield, [1] [2]

• La tecnología (que Richta define como "una entidad material creado por la aplicación de un esfuerzo mental y físico de la naturalezacon el fin de alcanzar un cierto valor") se desarrolla en tres etapas: herramientas,máquina , La automatización.

• Esta evolución, dice, sigue dos tendencias: la sustitucióndeltrabajo físico, con más trabajo intelectual eficaz y el resultado del grado mayor decontrol sobre el medio ambiente natural, incluyendo la capacidad para transformarmaterias primas en productos cada vez más complejo y flexibl

LA WEB

E-ciencia

Cloud computing (cómputo en nube)Es un enfoque transformador de la computación que involucra

muchos aspectos, entre los que se incluyen:algoritmos a gran escala que se ejecutan en diversos conjuntos de

datos (estructurados, semi-estructurados y no estructurados),

almacenados en grandes equipos con enormes cantidades de datos de enorme,

utilidades basadas en la rápida provisión de recursos informáticos personalizados, y la web ubicua con aplicaciones accesibles desde cualquier lugar.

Sin embargo, es mucho más que lo que la tecnología promete: transformar radicalmente nuestra manera de interactuar con la información.

Ecosistemas digitales• En el mundo de Internet, el rápido crecimiento y el uso exponencial de

los medios digitales ha dado lugar a la aparición de

entornos virtuales denominados ecosistemas digitales.

• Están integrados por varias entidades independientes, como: individuos,

organizaciones, servicios, software y aplicaciones para

compartir una o varias misiones y centrarse sobre las interacciones e

interrelaciones entre ellos.

• Permiten la auto-organización de los ambientes, gracias a la

recombinación y la evolución de sus "componentes digitales", en

los que los recursos proporcionados

por cada entidad están bien conservadas y son factibles de gestionar y

utilizar en conjunto.

• Debido a la naturaleza multidisciplinar de los ecosistemas digitales

y sus características, son muy complejos para el estudio y diseño.

http://130.102.71.54/medes

¿Qué son los Ecosistemas digitales?

Formados por entidades múltiples e independientes:

• individuos• organizaciones• servicios• software • aplicaciones para compartir

En el mundo del Internet, constantemente

hay un crecimiento rápido y exponencial

usando los medios digitales

Ambiente virtuales

Ecosistemas digitales

Interacciones e interelaciones entre equipos

Exhiben ambientes virtuales, gracias a la re-combinación y evolución de sus

―componentes virtuales‖

La aplicación de las Tecnologías de la información puedenser mejoradas a través de técnicas novedosas, modelos y metodologías para cada archivo como:

Soporta la estabilidad de los ecosistemasdigitales y el manejo de sus recursos

• la gestión de datos• tecnologías Web• redes• seguridad• interacciones computadora-humano• inteligencia artificial• e-servicios• sistemas de auto-organizaciónComprenden:

•manejo de datos•servicios innovadores•inteligencia computacional•plataformas de auto-organización

Cómputo en grid• No hay otro gran avance tecnológico ha

demostrado el poder de los individuos de

más de grid computing.

• Al donar su tiempo en la computadora sin

usar, puede empezar a cambiar

el mundo para mejor.

Empezar es fácil! Simplemente haga

clic aquí para unirse a la World Community

Griden la actualidad.

World Community Grid• La computación grid se une a muchos equipos individuales, creando un gran

sistema con el poder computacional masivo que supera con creces el poder

de un puñado de superordenadores. Debido a que el trabajo se divide en

trozos pequeños que se pueden procesar simultáneamente, se reduce el tiempo de

investigación de años a meses. La tecnología también es más rentable, lo que

permite un mejor uso de los fondos de crítica.

• Cambiando nuestro mundo ahora. La computación grid no es

una tecnología futurista.

• World Community Grid está trabajando en este momento la aplicación

de esta tecnología a los proyectos de investigación que puede beneficiar a todos

nosotros.

• Nuestro primer proyecto, Pliegue del Proteoma Humano, es la identificación de las

proteínas producidas por los genes humanos. Con esta información, los científicos

pueden entender cómo los defectos en las proteínas pueden

causar enfermedades, por lo que es más fácil para encontrar la cura.

• En 2003, con la computación grid, en menos de tres meses los

científicos identificaron44 posibles tratamientos para combatir la enfermedad mortal

viruela. Sin la red, el trabajo se ha tomado más de un año en completarse.

• Páginas electrónicas

• Portales (sitios web)

• Motores de bùsqueda

• Metabuscadores

• Correo electrónico

• Chats

• Alertas

• Listas de discusión

• Blogs

• Redes sociales

• Wikis

• Folksonomias (social bookmarking)

• Weminarios

• Web feed

Web 1.0

2000

Web 2.0

2003

Diferencias

•Tecnológicas

•Estructurales

•Filosóficas

•Sociológicas•Comunidades (conexiones

entre usuarios)

•Actualización constante

•Intercambiar contenido

•Compartir

•Cargar

•Creadores (contenido)

•Democrático

•Se combina información de

diferentes bases de datos

•Etiquetas

•Ratings

•Consumidores

(contenido)

CompartirEtiquetar

ClasificarPublicar

1. Explorar

2. Buscar

3. Marcar

4. Actualizar

5. Manejar

6. Analizar

7. Compartir

FácilesAplicaciones

Web

Amigables

Funciones

Web 2.0 y 3.0:

El proceso

E-investigación bibliográfica en la

Web• Explorar

– Personalizar: complementos

• Buscar– Buscadores, metabuscadores, colecciones

• Guardar– Marcar, compartir, etiquetar

• Actualizar– Automatizar: RSS y lectores de feeds: automatizar

• Sistematizar– Manejar, citar, compartir

• Difundir– Redes sociales

• Meta-análisis

Navegar

BuscarRecomendación

Selección Recuperación

Lectura

Comentar

CitarReferencias

PUBLICACIÓN

Guardar

Obtener

metadatos

1

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6

2

Meta-análisisBibliometría

Análisis de redes

Descubrimiento Basado en Literatura

Comentar

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COLECCIONES DE

DATOS

Bases de datos

Sistemas de

información

Proveedores

Citar mientras

escribo

1/100

Marcadores

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Folkosomias

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Citeulike

Gestores de

bibliografíaGestores de

bibliografía

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Refworks

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Zotero

Citeulike*

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Alertas

Correos electrónicos

Listas de discusión

Agregadores

Navegadores

Google, Bing

Ciberinfraestructura

http://www.victorinox.ch/

Herramientas electrónicas

•Programas

•Aplicaciones

•Recursos

•Utilidades

•Herramientas

•Servicios

•Complementos (gadgets y plugins)

Recursos Web 2.0

Marcadores/Guardar etiquetar

Manejador

bibliografíaca

Marcador

bibliografía

Marcador web

Marcador

imágenes

Library

Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de

investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.

Redes sociales/Marcar compartir

Varios

Barra de herramientas de Google

Vista Previa Interclue

Delicious

Interclue

Xmarks

Zotero

Mendeley

Delicious

CiteUlike

Visualizeus

Publish or perish

Torres-Salinas, D. and E. Delgado-López-Cózar (2009, September). Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de

investigación con la web 2.0. El Profesional de la Informacion 18 (5), 534-539.

Recursos Web 2.0

Meta-análisis

• Simultáneo al desarrollo de ciencias de lainformación (CI) y las tecnologías la información yla comunicación (TICS), en especial con eldesarrollo de las bases de datos y la Internet, sehan producido formas sistémicas de análisis decantidades colosales de información (terabites).

• Técnica cuantitativa que usa medicionesespecíficas para indicar la fuerza (tendencias) derelaciones variables en los estudios incluidos en elanálisis. La técnica enfatiza los resultados entremúltiples estudios en oposición a los resultadosobtenidos de una sola investigación.

• La Web semántica (del inglés semantic web) es la "Web de los datos".1 Se basa en la idea de añadir metadatos semánticos y ontológicos a la WorldWide Web. Esas informaciones adicionales —que describen el contenido, el significado y la relación de los datos— se deben proporcionar de manera formal, para que así sea posible evaluarlas automáticamente por máquinas de procesamiento. El objetivo es mejorar Internet ampliando la interoperabilidad entre los sistemas informáticos usando "agentes inteligentes". Agentes inteligentes son programas en las computadoras que buscan información sin operadores humanos.

Chilibot

Relaciones entre un subconjunto de genes afectados por el tratamiento con

cocaína.

Web 2.0

Artículos de vanguardia

Marcar

Compartir

cBuscar

Calificar

Rankingc

Comentar

XMLXML, siglas en inglés

de eXtensible Markup Language ('lenguaje

de marcas extensible'), es

un metalenguaje extensible de etiquetas

desarrollado por el World Wide Web

Consortium (W3C).

http://www.personalizemedia.com/garys-social-media-count/

Metrics

MENDELEY

Library

Statistics

III Meta-analisis•Scientometrics

•Network Analysis

•Text mining

•Semantics

Web

Browsers

Metabrowser

s

web browsers

specializedEditors

SuppliersSearch

Bookmark

Browse

Share

II Colecciones bibliográficasI Aplicaciones Web

Repositories

Indexes and catalogs

Information systems

Manage

Libraries

Colecciones/Sistematizar

Colecciones bibliográficas

Repositorios

Editoriales y revistas

Catálogos e índices

Sistemas de información

E-bibliotecas

La Web 2.0 (Social)

• Se centra en la capacidad de las personas para colaborar y compartir información en

línea.

• Transición de la Web estática a una dinámica, que es más organizada.

• Comunicación abierta con un énfasis en comunidades de usuarios e intercambio de

información.

• Ya no sólo se trata de ofrecer la posibilidad de encontrar información, sino de

lograr objetivos específicos, pues es factible, crear, etiquetar jerarquizar y compartir

datos.

• Lenguaje HTLM

Web 3.0 (Semántica)

• Basada en la idea de añadir metadatos semánticos e información (a través de

mapas

• cognitivos).

• Desarrollar nuevos sistemas de interoperabilidad que permitan interpretar

• metadatos para adaptarse a las acciones de los usuarios .

• Minería de textos y ontologías

• Lenguajes: XML (etiquetas) y RDF (metadatos)

Propósitos

1. Recuperación de información.

2. Obtención de nuevo conocimiento.

3. Evaluación.

4. Análisis, desarrollo, estructura y relaciones

de la dinámica científica.

Entomology

Resultados de la

encuesta: conjunto de datos más

grande analizados

http://www.kdnuggets.com/2011/05/largest-dataset-analyzed.html

Meta-análisis para PubMed

META-ANALISIS

Bibliometría Análisis de Redes

Text Mining

Bibliometría para

artículos

Bibliometría para consultas

Búsqueda

Tendencias

Bibliometría para dominios

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2002

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SCI Periodica

SCI Biosis

CAB Scopus

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Bibliometría para colecciones

Taxonomía AL

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Cien

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Bio

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Bio

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Parasito

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Bio

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Fisio

logía

Enfer in

fecc

Forestal

Agricu

ltura

Boquím

y b

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ol

%Biosis

ZR

CAB

SCI

Periódica

Taxonomía América Latina

Taxonomía AL

Bibliometría para colecciones

Bibliometría para países/regiones

Redes para

obtención de nuevo

conocimiento

Fig. 2. Co-word space of the top 50 highly frequent and bursty words used in the top

10% most highly cited PNAS publications in 1982-2001.

Redes para

palabras

Chilibot

Relaciones entre un subconjunto de genes afectados por el tratamiento con

cocaína.

Redes para el

conocimiento

Bibliometría para el conocimiento

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Escherichia (94873)

Drosophila (48989)

Saccharomyces (27549)

Arabidopsis (18094)

Zea (7636)

Neurospora (6640)

Dictyostelium (6191)

Chlamydomonas (5646)

Caenorhabditis (5353)

Schizosaccharomyces (3183)

Danio (973)

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Neurospora (6640)

Dictyostelium (6191)

Chlamydomonas (5646)

Caenorhabditis (5353)

Schizosaccharomyces (3183)

Danio (973)

Año

Docu

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tos

Modelos en Biomedicina SCI

web semántica

La Web semántica

• (del inglés semantic web) es la "Web de los datos".1

• Se basa en la idea de añadir metadatos semánticos y ontológicos a la WorldWide Web.

• Esta información adicional —que describen el contenido, el significado y la relación de los datos— se deben proporcionar de manera formal, para que así sea posible evaluarlas automáticamente por máquinas de procesamiento.

• El objetivo es mejorar Internet ampliando la interoperabilidad entre los sistemas informáticos usando "agentes inteligentes". Agentes inteligentes son programas en las computadoras que buscan información sin operadores humanos.

Tim Berners-Lee, el creador de la

idea, la expresó de la siguiente

manera:

"Mi sueño es una Web en la que las

máquinas sean capaces de analizar

todos los datos –contenido, enlaces

y transacciones entre la gente y los

ordenadores–. La 'Web Semántica',

que haría esto posible, está todavía

por llegar, pero cuando llegue, la

rutina de nuestras compras,

burocracia y vida diaria será

gestionada por máquinas hablando

con máquinas. Los 'Agentes

Inteligentes' que han sido

anunciados durante décadas se

harán por fin realidad".

Interoperatibilidad

La interoperabilidad es la propiedad de un producto o

sistema, cuyas interfaces se conocen por

completo, para trabajar con otros productos o sistemas,

presentes o futuros, sin ningún tipo de acceso

restringido o de ejecución.

Estándares

• XML (eXtensible Markup Language)

• RDF (Resource Description Framework)

• SPARQL (an RDF Query Language)

XMLXML, siglas en inglés

de eXtensible Markup Language ('lenguaje

de marcas extensible'), es

un metalenguaje extensible de etiquetas

desarrollado por el World Wide Web

Consortium (W3C).

Ontologías taxonomía

• Una ontología es una manera formal de representar el conocimiento en el que los conceptos son descritos por su significado y su relación con los demás.

• Se asignan identificadores únicos que se asocian con cada concepto en ontologías biológicas (bio-ontologías) puede ser utilizada para enlazar información de diversas bases de datos.

http://richard.cyganiak.de/2007/10/lod/lod-datasets_2010-09-22_colored.html

Dublin Core Metadata Element

Set (DCMES)

• 15 elementos de meta-datos básicos.

Retos actuales

• Una nueva cultura (informática)

• La explosión de la cantidad y diversidad de herramientas digitales (Web)

• Colaboración

• Estándares

• Colecciones

• Normalización

• Semántica (Ontologías)

• Nube

• Acceso Abierto

• Derechos de Autor (Plagio)

• Nuevas especialidades

http://biiiogeek.blogspot.com/

• Esta investigación se lleva a cabo

gracias al financiamiento de:

• DGAPA, UNAM. Proyecto PAPIME PE

201509

• CONACYT, Ciencia Básica. Proyecto

13276 2011-2014.

Licencia Creative

Commons

http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/deed.es_GT

Michán, L. 2011. Presentación

Forma de citar este trabajo