Bioinformática: Conceptos Generales
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M.V. Gabriel B. Pinto y Med. M.V. Gabriel B. Pinto y Med. Vet. MSci Gabriela IglesiasVet. MSci Gabriela Iglesias
DATOS BIOLÓGICOS
Generación de archivos
BASE DE DATOS
Manejo y presentación de la
información
(FORMATO)
Transformación y análisis de la información
NUEVOS CONOCIMIENTOS
BIOLÓGICOS
DATOS BIOLÓGICOS
Secuencias codificantes parciales o totales
Secuencias regulatorias
Genes Completos
Cadenas polipeptídicas
Estructura tridimensional proteica
Funcionalidad proteica
NUCLEÓTIDOS
PROTEÍNAS
BASES de DATOS
US National Center for Biotechnology Information (NCBI)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
EMBL´s European Bioinformatics Institute (EBI)
http://www.ebi.ac.uk
DNA Database of Japan (DDBJ)
http://www.ddbj.nig.ac.jp
Tipos de Bancos de Datos
DNA Databases
Genome Databases
Protein Sequence Databases
Protein Structure Databases
Primary Structure:secuencia
Secondary: patrones de -helices u hojas
Tertiary: arreglo de residuos en el espacio
Quaternary: interacciones proteína-proteína
Protein Function Prediction
Bases de datos seleccionadas y servicios de información
Secuencias de DNA Contenido URL
y proteínas
EMBL Secuencias de nucleótidos www.ebi.ac.uk
GenBank Secuencias de nucleótidos
y proteínas www.ncbi.nlm.nih.gov
SwissProt Secuencias de proteínas expasy.hcuge.ch/sprot
PIR Secuencias de proteínas www-nbrf.georgetown.edu/pir
Genome sequencing Genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl
Identificación genes
GeneMark Identificación genes amber.biology.gatech.edu/
Grail Identificación genes compbio.ornl.gov/Grail-1.3/
Gene Finder Identificación genes dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331
Frame Detección de Frame-shift www.sander.ebi.ac.uk/frame
Análisis funcional Contenido URL
del genoma
GeneQuiz Anotación automática de
función de proteínas www.sander.ebi.ac.uk/genequiz
Magpie Análisis genómico www.mcs.anl.gov/home/gaasterl/magpie
Pedant Análisis automático
de proteínas pedant.mips.biochem.mpg.de/frishman
Complete genome Análisis genómico y
at NCBI comparación www.ncbi.nlm.nih.gov/Complete-Genomes
Familias Proteicas y patrones de secuencias
Prosite Sitios proteicos y patrones expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html
Blocks Patrones proteicos www.blocks.fhcrc.org
Pfam Familias proteicas y
perfiles www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/
Bases de datos seleccionadas y servicios de información
Estructura tridimensional Contenido URL
PDB Estructuras proteicas www.rcsb.org/pdb
FSSP Plegamiento proteico croma.ebi.ac.uk/dali/fssp
SCOP Plegamiento proteico scoop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop
CATH Plegamiento proteico www.biochem.ecl.ac.uk/bsm/cath
DSSP Estructura secundaria www.sander.ebi.ac.uk/dssp
PDBselect Estructura proteica
representativa www.sander.heidelberg.de/pdbsel
HSSP Alineamientos proteicos www.sander.ebi.ac.uk/hssp
PDBfinder Links a PDB,DSSP,HSSP www.sander.heidelberg.de/pdbfinder
Swiss-model Modelos por homología expasy.hcuge.ch/cgi-bin/swmodel-search-de
Whatif Modelos por 3D swift.embl- heidelberg.de/servers
DALI Comparación de estructuras croma.ebi.ac.uk/dali
Journal Abstracts
MEDLINE Literatura bioquímica www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed
Bases de datos seleccionadas y servicios de información
Sitios útiles para trabajar con ADN Sitios útiles para trabajar con ADN y proteínasy proteínas
http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_1http://www.mb.mahidol.ac.th/molbio/01_13.html3.html
http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.htmlindex.html
http://bioweb.pasteur.fr/#formatshttp://bioweb.pasteur.fr/#formats http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/http://bioinfo.genopole-toulouse.prd.fr/
multalin/multalin.htmlmultalin/multalin.html http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/
interfaces/readseq-simple.htmlinterfaces/readseq-simple.html
USO Y APLICACIONES EN EL NCBIUSO Y APLICACIONES EN EL NCBI
PubMed Entrez BLAST OMIM Books TaxBrowser Structure
Search for
Herramientas de uso molecular:Herramientas de uso molecular:
SSitios de corte con enzimas de itios de corte con enzimas de
restricción:restricción: http://http://www.neb.cwww.neb.comom
Selección de oligonucleotidos y otras utilidades:Selección de oligonucleotidos y otras utilidades: http://http://www.idtdna.comwww.idtdna.com
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Manejo de secuencias: Manejo de secuencias: BioEditBioEdit
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