Busqueda avanzada con BLASTPreparada por Genis Parra

ContenidoBlast traducidosAplicaciones especiales de Blast NCBIPSI-Blast Busqueda de homlogos remotos

1. Blast traducidos

La familia Blast Blast estndar:blastn: nucletido x nucletidoblastp: protena x protenaBlast traducidos:blastx : nucletido x protenatblastn : protena x nucletidotblastx : nucletido x nucletido

blastxTraduce la secuencia de DNA, en sus seis posibles pautas de lectura, y las compara contra una base de datos de protenas.

Secuencia problema: DNABase de datos: Protena

blastx (ejemplo) Conocemos una secuencia de DNA que sabemos que se transcribe y queremos saber si tiene alguna protena codificada en ella que se parezca a una protena de la base de datos

# Problema Traduccin ATGATTCATGCAGACTAGTAC MIHAD*Y *FMQTS DSCRLV VLVCMNH Y*SA*I TSLHES# Base de datos ASFGTDA SSAEVBH FASDEAG SDFEARS FSASDF ASFSERA

tblastnCompara una protena problema contra una base de datos de DNA traducida dinmicamente

Secuencia problema: protenaBase de datos: DNA

tblastn (ejemplo)Queremos saber si la protena que estamos estudiando se encuentra en algn genoma recin secuenciado de otra especie.

# ProblemaASFGTDAMHVN# Base de datos Traduccin TAACGTCAGT CATGCATGCA *RQSCMH NVSHAC TSVMHA MHA*LTL CMHD*R ACMTDV ATGATTCATGCAGACTAGTAC MIHAD*Y *FMQTS DSCRLV VLVCMNH Y*SA*I TSLHES

tblastxCompara las seis posibles traducciones de una secuencia de DNA contra las las seis posibles traducciones de una base de datos de DNA. Secuencia problema: DNABase de datos: DNA

tblastx (ejemplo)Tenemos un fragmento genmico que sospechamos que codifica para una protena queremos saber si algn fragmento de DNA de otra especie se parece a nivel de protena traducida para reforzar nuestra hiptesis.

# Problema Traduccin TTACATAGTCATGGCTTGCT *RQSCMH NVSHAC TSVMHA MHA*LTL CMHD*R ACMTDV # Base de datos Traduccin TAACGTCAGTCATGCATGCA *RQSCMH NVSHAC TSVMHA MHA*LTL CMHD*R ACMTDV ATGATTCATGCAGACTAGTAC MIHAD*Y *FMQTS DSCRLV VLVCMNH Y*SA*I TSLHES

2. Aplicaciones especiales de BLAST NCBI

Aplicaciones especiales (I)Alineando dos secuencias con BLASTBlast2SequencesBLAST especializados:Deteccin de contaminacin durante el clonado y secuenciacin (VecScreen)Deteccin de inmunoglobulinas y sus dominios (IgBLAST)

Aplicaciones especiales (II)Bsqueda de dominios conservados en Conserved Domain Database. (CDD)Megablast: Blast optimizado para bsquedas en largas regiones genmicas (genomas completos). Blast configurado automticamente para encontrar fragmentos cortos y altamente conservados.

3. PSI-BLAST

PSI-BLASTPosition-Specific Iterated BLASTPSI-BLAST realiza una bsqueda iterativa en que las secuencias encontradas en cada bsqueda son utilizadas para generar una matriz de sustitucin especifica para cada posicin de la protena problema.La nueva matriz de substituciones generada con las protenas alineadas nos permite reconocer homlogos remotos, ya que tenemos informacin de las substituciones especificas de esta familia.

Aliniamiento multipleA = a1a2a3a4a5B = b1b2b3b4b5C = c1c2c3c4c5D = d1d2d3d4d5E = e1e2e3e4e5targethomlogo 1homlogo 2homlogo 3homlogo 4Matriz de pesos

PSI-BLASTANNQERTYWDFGHAQQQDKSFFEYGGScoreANNQERTYWDFGHGQQ-DKSFY--GGScoreBLAST

PSI-BLASTSTOPIterativoIncrementa el nmero de homlogos remotosNo hay nuevas secuencias

Problemas del PSI-blastNecesitamos un conjunto de protenas relacionadas evolutivamente para generar la matriz de substitucin especfica.Si incluimos protenas que no estn relacionadas evolutivamente, estamos degenerando el patrn de bsqueda.