CAR

http://acarus.uson.mx/cursos2013/car.htm

Sistemas de CAR en la UNISON

Responsable :

María del Carmen Heras Sánchez

Asesores Técnicos :

Aracely Dzul Campos

Daniel Mendoza Camacho

Yessica Vidal Quintanar

http://acarus.uson.mx/

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Sistema de Colas

Sistema de Colas

Sistema de Colas

• Torque• Maui

La ejecución de trabajos se lleva acabo vía scripts los cuales son analizados por el sistema de colas TORQUE para poder identificar el tipo y la cantidad de recursos de cómputo que necesita el trabajo, posteriormente MAUI ejecutará el trabajo en el script en el numero de nodos solicitados.

En el script se definen las variables de ambiente necesarias, la secuencia de comandos y también es necesario indicarle al sistema de colas varias opciones para ejecutarlo

Nombre del trabajo #PBS -N nombre_trabajoNombre de la cola #PBS -q nombre_cola

Tiempo de ejecución #PBS -l walltime=hrs:min:secNumero de nodos y procesadores #PBS -l nodes=#nodos:ppn=#procs:gpus=#gpusStandard error y Standard output #PBS -k eo

Choya batch

Mezquite rack1, rack2

Ocotillo q128a, q128b, q128c, q128d, q256a, q256b

Opciones del sistema de colas

Comandos Básicos del Sistema de Colas

qsub Lanza un job

qsub –I Lanza un job interactivo

qdel job_id Cancela un job

qstat –a Muestra el estatus de todos los jobs

qstat –n Muestra el estatus de los jobs y los nodos asignados

qstat –r Muestra los jobs en ejecución

showq Muestra los jobs en ejecución, los encolados y los bloqueados

showbf Muestra la disponibilidad

showbf –S Muestra la disponibilidad detallada por nodo

pbsnodes –a Muestra el estatus de los nodos

checkjob job_id Muestra información detallada de un job

Ejemplo Script para Trabajo Serial

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=1

#PBS -l walltime=05:00:00

#PBS -q q128a

#PBS -N job_ejemplo

PBS_SCRATCH=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID}

mkdir -p $PBS_SCRATCH

cd ${PBS_O_WORKDIR}

#Carga los Modulos de Open64

module load open64

#Ejecuta el programa

./hola_mundo-co

#Elimina los archivos temporales

rm -rf $PBS_SCRATCH

Script para Trabajo en Paralelo

#!/bin/bash

#PBS -l nodes=1:ppn=8

#PBS -l walltime=05:00:00

#PBS -q q128a

#PBS -N job_ejemplo_mpi

PBS_SCRATCH=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID}

mkdir -p $PBS_SCRATCH

export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}')

cd ${PBS_O_WORKDIR}

#Carga los Modulos de openmpi-1.4.5 y de open64

module load openmpi/1.4.5

export PROGRAMA='./hola_mundo'

mpirun -mca plm_rsh_agent "rsh : ssh" -mca btl openib,self,sm -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE ./hola_mundo_mpi-c

rm -rf $PBS_SCRATCH