Cómo aprender a leer artículos científicos

Alfredo Prieto Martín

Profesor Asociado de Inmunología

Coordinador del programa de doctorado en Inmunología, MENCIÓN DE CALIDAD MECD

Universidad de Alcalá

alfredo.prieto@uah.es

http://www.alfredoprieto.tk

Unidad mixta

CSIC/UAH

Plan de la clase

• Metodología asimilación información primaria:• 1. Comprensión del texto

– Lectura sistemática– Búsqueda orientada de información

• 2. Interpretación de ilustraciones• 3. Escribir un esquema, redactar un resumen y

una lista de dudas

Etapas del proceso de asimilación

• Metodología

1. Cómo comprender el significado de un texto científico.• Proceso de lectura sistemática• ¿Cómo leer para entender el significado de un texto complejo?• Búsqueda orientada de información • ¿Qué información hay que buscar en cada sección?

2. Comprender e interpretar la iconografia (resultados).

Método del paréntesis ().

3. Escribir un esquema, redactar un resumen de cada sección y una lista de dudas.– Métodos de representación grafica de ideas

1. Dividir la dificultad en partes y abordarlas

sucesivamente.

2. Localizar lo que no se entiende y aclararlo:

Usar diccionario, libro de consulta e internet para

descifrarlo y comprenderlo.

3. Registrar lo más relevante:

Apuntar los significados descifrados e ideas principales.

4. Recapitular para integrar:

Releer, resumir y esquematizar para integrar la

información.

I. Principios de lectura sistemática

Primera lectura (descifrar palabras para comprender oraciones): buscar (diccionario, google) y apuntar significado palabras y hallar relación entre ellas. Una vez descifrado el significado de los términos se comprende el mensaje de cada oración.Segunda lectura (recapitulación oraciones para comprender párrafo): relee y relaciona las oraciones y apuntar al margen el tema principal de cada párrafo. Tercera lectura (releer párrafos para comprender sección): se lee de un tirón para relacionar temas de distintos párrafos.

Elaboración de listas de ideas principales y glosario.

1. Práctica de la lectura sistemática: leer , releer y volver a releer

Ejercicio lectura• Introducción de un artículo.

• Marquen palabras y busquen significado.

• Anoten ideas principales.

• Hagan un esquema de la introducción.

Oración párrafo sección

Termino Oración párrafo

Abstract resumen de todoCuestionario para lectura crítica del artículo¿Qué hay que buscar en cada sección?

Introducción ¿Por qué lo hicieron?Materiales y métodos ¿Qué hicieron?Resultados ¿Qué encontraron?Discusión ¿Qué significa?

II. Búsqueda orientada de información Estructura lógica del artículo

A + (I M R D)

El título identifica la idea principal del

artículo, informa de los nuevos

hallazgos o conclusiones.

¿Qué se mide?

¿En qué modelo?

¿Se descubre su causa?

El título

Background: Una oración que introduce la cuestión principal. Es opcional

Cuestión: objetivos o propósito: ¿Qué quiere contestar este trabajo? Esa es la cuestión.

¿Qué métodos utilizan? ¿Qué experimentos hacen?

Abstract: Un resumen breveResultados:¿Qué han encontrado? ¿Cuáles son los resultados y hallazgos más importantes?

Las respuestas: Cuales son las conclusiones del estudio.

A veces al final se señalan aplicaciones potenciales, implicaciones e incluso especulaciones.

• Sitúa el estado del conocimiento actual

• Define los conceptos clave y premisas asumidas.

• Justifica esas asunciones.

• Explica por qué los autores realizaron el estudio y define los objetivos del mismo.

• Establece la cuestión a la que responde el trabajo ¿qué se pretende encontrar?

Introducción

Establece hipótesis Proposición afirmativa de la que se deducen predicciones que serán confirmadas o rechazadas por los resultados experimentales

Se relaciona la cuestión con la aproximación experimental y se establece esta A veces se anticipa la respuesta encontrada

Introducción de artículos metodológicos

• Sitúa el estado del conocimiento actual. • Explica el problema o la razón por la que

el nuevo método es necesario.• Establece las características que deberá

tener la solución.• Explica la solución propuesta.

Proporciona información (con detalles y

referencias) para que otro científico pueda

evaluar o reproducir los experimentos.

-Para analizar críticamente un diseño

experimental debes comprender su marco

conceptual y descubrir en qué premisas

o asunciones se basa.

-Para comprender esta sección dibuja

esquemas de los protocolos explicados.

Material y Métodos

-El texto expone los resultados de los experimentos

-Las tablas y figuras representan los

resultados principales.

-El orden del texto de los resultados es

paralelo al de la presentación de datos en

ilustraciones. -Cuando el texto te refiera a una tabla o figura haz un paréntesis : ( )(Con suma atención lee el pie de la figura e intenta comprenderla)

Resultados

-Su función es responder

¿Qué significan los

resultados, que

trascendencia tienen?

Al principio se establece

la respuesta resaltando los

hallazgos relevantes y

aspectos más novedosos.

Discusión-A continuación se defiende la validez de los hallazgos, usando los resultados del artículo y los publicados por otros autores.-Se explica:- ¿Cómo los resultados

soportan la respuesta a la cuestión?

- ¿Porqué la respuesta es razonable?

- ¿Cómo ajusta en el contexto del conocimiento actual ( paradigmas y modelos actuales)?

Se destaca el valor de la respuesta

- ¿Qué añade la respuesta al

conocimiento existente? - Deducir aplicaciones o implicaciones

de la respuesta

Finaliza restableciendo la respuesta,

-Recuerda que añade al conocimiento actual

Establecen sus posibles aplicaciones e implicaciones.

-Haz un paréntesis al llegar:1. -Lee el texto que se refiera a la

ilustración.2. Lee el pie buscando el significado de las

palabras que no entiendas.3. -Anota sobre la ilustración lo que

significa cada curva cada símbolo o cada barra.

4. Vuelve a empezar hasta que lo entiendas

2. Interpretar las ilustraciones

• Las ilustraciones son expresiones gráficas,

transmiten visualmente mensajes clave

difícilmente transmisibles mediante

palabras.

• Sólo hay dos tipos: tablas y figuras

•Tablas

• Representación alfanumérica con

información ordenada en filas y columnas

•Figuras

• Una ilustración que no es una tabla

ILUSTRACIONES

†Marcador LLC -B quiescente

(n=56) †

LLC -B no quiescente

(n=56) †

Controles

(n=47)†

‡Células

CD3CD56+(%)

12.5±4.7§Φ 5.4±2.7§Φ 8.6±3.4§

‡Células

CD3+CD57+(%)

15.6±6.1§Φ 7.8±2.6§Φ 12.5±2.9§

Este es el pie de la tabla. Se representan valores medios y desviaciones estándar de las poblaciones estudiadas. LLC-B leucemia linfática crónica de células B. # Número de la tabla (según orden de citación en texto). * Título. † Encabezamiento de la columna.‡ Encabezamiento de la fila. § Campo. ΦIndica diferencia significativa con los controles (student t test).

Tabla. 1#. Componentes de una tabla*

• Cada eje representa los valores de una variable. – Eje X variable independiente.– Eje Y variable dependiente.

Símbolos y líneas muestran como los cambios en la variable independiente (discreta o continua) afectan a los valores que toma la variable dependiente. % CD4+CD45RA+ cells

0 10 20 30 40 50 60cp

m x

100

00

50

100

150

200

B-CLL patientsr=0.48 p=0.001

Healthy controlsr=0.36 p=0.05

Estructura típica de un gráfico numérico

Ejercicio de interpretación de figuras

• ¿Cual es son las conclusiones que se puede extraer

de los resultados presentados en la figura?

• ¿Cual es el mensaje principal de la figura?

Relación hipertextual entre texto y figura

To assess whether cell loss and damage oc-curred under standard experimental conditions of an-nexin V binding (18), aliquots of cycloheximide-treated and untreated cells were exposed to varying wash cycles and analyzed by double-color stainings for annexin V-FITC binding and membrane permeability to 7-AAD. Wash cycles caused significant cell loss (Fig. 1A–C). This was cumulative (Fig. 1E,G) and affected the accuracy of the enumeration by decreasing the number of enumerated cells in both unstimulated and cycloheximide-treated cultures (P 0.001; Fig. 1E,G). The number of wash cycles also affected the precision of cell enumeration. The CV of the samples enumerated after four wash cycles was twice as high as that of samples washed only once (Fig. 1B,C). In addition, it should be noted that wash cycles not only caused cell loss but also affected the viability of the cells under analysis (Fig. 1). The increase in both the percentage of annexin V-positive and 7-AAD–positive permeable cells caused by the wash cycles was detected by both the proposed (Fig. 1E,G) and the traditional annexin V staining method (Fig. 1D,F). Minimal washing (one cycle) keeps both cell loss and artefactual decreases in cell viability to a minimum and reduces the time needed to process samples.

FIG. 1. Impact of the number of centrifugation-washing procedures on cell loss and viability of cultured cells. A: Representative dot plot analyses of viable fresh cells used to adjust the levels for 7-AAD and annexin V positivity. B,C: Analyses of cells cultured for 24 h in complete medium and acquired after one (B) or four wash procedures (C). The cell concen-tration (cells per milliliter) and the imprecision of replicated determina-tions (CV) are shown in each quadrant. The cell populations discrimi-nated in each quadrant are viable cells (annexin V negative/7-AAD negative) in the lower left quadrant, early apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD negative) in the lower right quadrant, late apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD positive) in the upper right quadrant, and early necrotic cells (annexin V negative/7-AAD positive) in the upper left quadrant. D–G: Percentages of cells after annexin V and antibody-labeling procedures, which employ different numbers of cycles of washing-cen-trifugation (from 1 to 4). Viable cells (annexin V negative/7-AAD negative; open bars), early apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD negative; very lightly shaded bars), late apoptotic cells (annexin V positive/7-AAD pos-itive; lightly shaded bars), and early necrotic cells (annexin V negative/ 7-AAD positive; dark gray bars). In panels E and G, the black bars represent the fraction of cells lost in the procedure. The PBMCs were cultured for 24 h in the presence (F,G) or absence (D,E) of cycloheximide (10 -3 M). Percentages of cells in relation to those that remain in the test tube (D,F) and in relation to the original number of cells in the sample (E,G). Data of one experiment representative of four are shown.

-A partir del esquema se redacta un

resumen de cada sección.

-Hacer una lista de dudas.

3. Escribir un esquema, redactar un resumen y una lista de dudas

apoptosisinvolves

Cell lessions Cell fragmentation

Allow

Apoptotic cell Identification

vanish

Apoptotic cell quantification

Late apoptotic cells

Allow

involves

biasses

Requires

Estimation of fragmented cells

Técnicas para la relación esquemática de ideas: Mapa conceptual

SV

O

Técnicas para la relación esquemática de ideas: Árbol temático

Prognosis LLC-B

Sistemas de estadiaje Binet y Rai

LLC-B Quiescente Prognosis variable

LLC-BNo quiescente

Mala prognosis

Baja Masa tumoral Prognosis variable Alta Masa

tumoral Mala prognosis

Bajo CD25 CD28 Buena prognosis

Alto CD25 CD28Mala prognosis

Criterios de Monserrat

Fenotipo de las células leucémicas

Técnicas para la relación esquemática de ideas: Diagrama de agrupamiento de

ideas

ProtocoloExperimental

Marcaje con CSFE

analisis

Aplicaciones

Diferenciación celular

EstdioCiclo celular y apoptosis

Alicuotado

Marcaje

SortingCultivo

Preparación en equipo

Reparto de la lectura de secciones, intercambio

de resúmenes.

Puesta en común de las dudas Unos

resolveréis las dudas de otros.

Primera tutoría: Se plantean y resuelven las

dudas pertinaces.

Preparación de la presentación .

- Segunda tutoría: Revisión y Ensayo de

presentación (si queréis) se resolverán las

dudas pertinaces.

Habéis aprendido• 1. Cómo abordar la lectura de un artículo.

• 2. Qué buscar en cada lugar del articulo.

• 3. Cómo descifrar una ilustración.

• 4. Distintas maneras de representar

información en esquemas.

Bibliografía

• McNeal, A (2000). How to read a scientific research paper.

• Home page Problem based Learning• www2.uah.es/problembasedlearning/• www.alfredoprieto.tk