¿CÓMO DETERMINAR LA CARGA ELÉCTRICA DE UN PÉPTIDO O

PROTEÍNA?

Dr. Pablo G. Damián Matsumura

• La carga neta de un péptido o una proteína es la suma de las cargas de los grupos laterales ionizables, más la carga de sus extremos amino (N) y carboxilo (C).

• Pasos:

1. Identificar los posibles grupos laterales ionizables (aquellos que presentan 3 pK’s), incluyendo los extremos N y C.

2. Determinar la carga del grupo lateral al pH indicado.

3. Sumar las cargas.

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0

¿Qué carga eléctrica tiene el grupo lateral de la cisteína (-SH) a pH 4.0?

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH4.0

El pH al que se desprotona el grupo –SH es 8.18.Entre pH 0 y 8.18 está protonado(SIN CARGA)Después de pH 8.18 está protonado (CARGA NEGATIVA)

¿Qué carga eléctrica tiene el grupo lateral de la cisteína (-SH) a pH 4.0?

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0

A pH 4.0 el grupo lateral de la cisteína (-SH) no tiene carga.

NUNCA VA A TENER UNA CARGA POSITIVA.

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-C pH4.0

El pH al que se desprotona el grupo H3N+- de la Cisteína es 10.28.A pH 4.0 está protonado, por tanto con CARGA POSITIVA.En general, el grupo N-terminal se toma como pK ≈ 9 y el grupo C-terminal pK ≈ 3

¿Qué carga eléctrica tiene el grupo N de la cisteína (-SH) a pH 4.0?H3N+-

N-Cys-Asp-Pro-Thr-Leu-Lys-Gln-Arg-CpH 4.0

NONO

NONO NO

NO

CARGA NETA POSITIVA

¿Cuál es la carga del péptido a los siguientes pH?

N - Asp- Gly- Lys- Cys- Arg- Val- His- Leu- Glu- Gln- C

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 1.0

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 3.0

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 5.0

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 7.0

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 9.0

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 11.0

( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( )-( ) pH 13.0

¿De qué otra manera se puede determinar?

donde Ni es el número de AA, pKai los valores de pKade los extremos N-terminal y de las cadenas lateralesde Arg, Lys e His. El índice j pertenece al extremo C-terminal, Asp, Glu, Cys y Tyr

Peptide Property Calculators

• http://www.genscript.com/ssl-bin/site2/peptide_calculation.cgi

• http://www.innovagen.se/custom-peptide-synthesis/peptide-property-calculator/peptide-property-calculator.asp

PROBLEMA: SOLAMENTE CALCULAN pH 7.0