EJERCICIOS

Caso 1. Una paciente de 42 aos de edad refiere haber sido transfundida hace 5 aos, llega la paciente al laboratorio de biologa molecular presentando niveles de ALT muy elevados (1200 UI/ml), presenta ictericia; se le hace las pruebas serolgicas para VHB y VHC y sali positiva para el VHC (virus de RNA).

1.- Se sospecha de infeccin por VHC, que tipo de muestras tomaras a la paciente para posteriormente hacer un estudio molecular. a) Biopsia de Pulmn b) Sangre perifrica c) Expectoracin d) Mucosas e) Ninguna de las anteriores

2.- Que estudio molecular altamente sensible solicitaras para hacer el diagnstico de hepatitis por VHC a) Southern Blot b) PCR c) Clonacin d) RT-PCR e) Secuenciacin f) Microarreglos

3.- Si el paciente fuera positivo en el estudio anterior, y se decidiera darle terapia con interferon pegilado para erradicar el virus; qu tcnica molecular te sirve para monitorear el tratamiento? a) PCR b) RT-PCR c) RT-PCR cuantitativo d) Secuenciacin e) RFLPS f) PCR cuantitativo g) Ninguna de las anteriores

Caso 2. Una mujer quiere conocer si tiene predisposicin a padecer cncer de mama, ya que refiere que su madre falleci y tuvo cncer de mama. Se sabe que el gen BRCA1 presenta un polimorfismo altamente asociado a tal padecimiento. Se conoce que la regin del DNA silvestre del BRCA1 presenta un sitio de restriccin para la enzima EcoRI en la posicin 50 de un fragmento amplificado por PCR de 100pb. El polimorfismo asociado al cncer de mama origina que se elimine el sitio de restriccin de EcoRI.

1.- Qu tipo de cido nucleco solicitaras para hacer el estudio molecular correspondiente. a) DNA b) RNAm c) RNAt d) RNAr

2.- Tcnica que utilizaras para conocer si la paciente presenta dicha alteracin en su genoma (heredado por la madre) a) PCR b) RT-PCR d) RFLPs e) Microarreglos

3.- Esquematiza los diferentes genotipos posibles para el polimorfismo de BRCA1 siendo que la digestin del producto de PCR te genera los siguientes fragmentos: Alelo A1: 2 fragmentos de 50 pb Alelo A2: 1 fragmento de 40pb y 60pb Alelo A3: 1 fragmento de 100 pb

Esquematiza en los diferentes carriles del gel de electroforesis (A al E) los diferentes genotipos que se te dan.

Caso 3. A partir de la siguiente secuencia del DNA, describe la secuencia de los iniciadores (oligonucletidos) y el tamao del producto de PCR que se espera si los iniciadores se hbridan en la siguiente posicin. Iniciador sentido en la posicin 451 (18 bases) y el iniciador antisentido en la posicin 620 (18 bases).

361 ggctttccgg gaatccaagg caggaaagga gaacctggag aaggtgccta tgtataccgc 421 tcagcattca gtgtgggatt ggagacttac gttactatcc ccaacatgcc cattcgcttt 481 accaagatct tctacaatca gcaaaaccac tatgatggct ccactggtaa attccactgc 541 aacattcctg ggctgtacta ctttgcctac cacatcacag tctatatgaa ggatgtgaag 601 gtcagcctct tcaagaagga caaggctatg ctcttcacct atgatcagta ccaggaaaat 661 aatgtggacc aggcctccgg ctctgtgctc ctgcatctgg aggtgggcga ccaagtctgg

Genotipos A) A1/A2 B) A1/A3 C) A2/A3 D) A3/A3 E) A1/A1

50 100

150

300

500 600

A B C D E

721 ctccaggtgt atggggaagg agagcgtaat ggactctatg ctgataatga caatgactcc

Caso 4. Describe la secuencia de los primers a partir de la siguiente secuencia de DNA, si el iniciador sentido hibrida en la regin marcada con negro y el producto de PCR es de 100 pb. (Cada uno de los primers usados es de 20 bases) ATGCGTAGGG CCATTCAGGG CCAATGCGCC GCTGCACTGC CCACTGCGTC CAGCTAGCTG CGTCGTACAA CCTGACGTCA ACGTAGCGAT CGATGCGTAA CGATCGATCG CGTAACTCGT

Caso 5. El gen FABP2 codifica para la protena IFABP la cual se encarga de transportar e internalizar los cidos grasos provenientes de la dieta al interior de los enterocitos. El polimorfismo que ocurre en el exn 2 provoca que la protena adquiera el doble de afinidad por los cidos grasos, motivo por el cual se ha asociado a resistencia a la insulina, obesidad y diabetes mellitus tipo 2. El gen FABP2 presenta un polimorfismo en el exn 2 que provoca que se pierda un sitio de restriccin para la enzima HhaI, el exn 2 amplificado por PCR mide 176 pb y el sitio de restriccin para la enzima HhaI ocurre en la posicin 76. A partir de la siguiente representacin de un gel indica que paciente presenta el mayor riesgo de presentar obesidad y/o diabetes.

1 2 3

50 100

150

300

500 600

Caso 6. Indique el nmero de sitios de restriccin y cuntos fragmentos generados en la secuencia 5AAGGCTCGGCCTTTAAACCTATCGGCCTTCCATAGACT3 por la accin de la enzima de restriccin Hind III (secuencia diana GGCC)

Caso 7. A partir de la siguiente secuencia silvestre de una protena (Met-Pro-Leu-Phe-Ala-Arg-Phe) da el nombre de la mutacin que se gener en el DNA dando como resultado la secuencia de las siguientes protenas.

Protenas Silvestre Met-Pro-Leu-Phe-Ala-Arg-Phe

Nombre de la mutacin Protena Mutante 1 Met-Pro-Leu ______________________ Protena Mutante 2 Met-Pro-Leu-Phe-His-Arg-Phe_____________________ Protena Mutante 3 Met-Pro-Ile-Val-Glu-Gly-Tyr ______________________