El único rió que atravieza el territorio es el río Sapuyes, el cual nace en el Municipio de Guachucal, sigue su curso de suroeste a noroeste desembocando en el río Guaitara.

Las principales quebradas que desembocan en este río son: La de Chillanquer la cual nace en la Peña Blanca y marca limites entre los Municipios de Túquerres y la exprovincia de Obando; la del Clarinero, que nace en la Cinta del Monte; la del Chilco la cual pasa por la entrada sur de la población y nace en la zona de Chambuyan; la de Cuarris la cual nace en el cerro del Rucio y se distingue por la transparencia de sus aguas; la del Manco o Chontas, la cual marca limite con el Municipio de Ospina y la quebrada del Chungel la cual nace a las faldas del Volcán Azufral.

Al pie de la colina en la zona de Malaver y por la margen derecha del río Sapuyes, existe un manantial de aguas salinas volcánicas que tienen propiedades muy medicinales. Otro manantial de las mismas características de la anterior, existe al pie del cerro el Morro conocido con el nombre de El Salado donde es catalogada como zona turística de Sapuyes. El agua que emana de esta zona es utilizada también como abrevaderos de animales a los que les produce muy buenos resultados para el engorde.

Nacen al norte del Municipio en el Volcán Azufral las quebradas, tales como Chiumangual, Boquerón, Dosquebradas, El Carrizo, Ventanilla, La Pradera, El Espino y El Chungel.