LICENCE mention Sciences de la VieLMD5

L3 MIC semestre 6

Responsable : Marie-Hélène BOYER

marie-helene.boyer@umontpellier.fr

Bât 24 - 3ème étage droite (labo DGIMI)

2ème semestre : 17 janvier au 29 avril 2022Vacances : semaines 9 et 18

1ème session semestre 6 : 10 mai au 20 mai2ème session semestre 5 : 17 au 23 juin2ème session semestre 6 : 24 au 30 juinex

am

ens

L3 semestre 6 parcours MIC

8 UE obligatoires :

ECTS Code UE

3 HAV623V Infection & Immunité Robert Zumbihl

4 HAV620V Ecologie microbienne Tatiana Vallaeys

4 HAV604V Microorganismes eucaryotes Mauld Lamarque

4 HAV648V Virologie Anne-Sophie Gosselin &Yannick Simonin

2 HAV610V Bioéthique Stephen Baghdiguian

4 HAV624V Ingénierie moléculaire Nelly Godefroy

6 HAV647V Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire Nelly Godefroy & Sébastien Lainé

3 HAV644V STAG Projet ou stage Ians Robbins

ECOLOGIE

MICROBIENNE

PRESENTATION DE L UNITÉ

D’ENSEIGNEMENT HAV620V

NOMBRE ECTS : 4

NOMBRE D’HEURES CM : 22 ; TP : 4 ; TD : 3

Responsable Tatiana Vallaeys

contact Tatiana.vallaeys@umontpellier.fr

PRÉSENTATION GÉNÉRALE

LES THEMES ABORDES

Évolution et biodiversité

microbiennes

Microorganismes et environnements

cycles biogéochimiques

Microbiote et santé

valorisation de la biodiversité

TP et TD

examens

LA BIODIVERSITÉ MICROBIENNE

ANALYSE DE LA

BIODIVERSITE

MICROBIENNE

EVOLUTION- DE LUCA AUX GRANDS GROUPES MICROBIENS

W. Ford Doolittle , 1999 Science 25 :

Vol. 284. no. 5423, pp. 2124 - 2128

« The universal tree of life »

MICROORGANISMES ET

ENVIRIONNEMENTS

LES GRANDS CYCLES

BIOGEOCHIMIQUES

MICROBIOTE ET

SANTÉ

LE TUBE DIGESTIF UN ORGANE ANCIEN,UNE TECHNOLOGIE ROBUSTE

VALORISATION DE LA BIODIVERSITÉ MICROBIENNE

Le biohydrogène

Arthrospira sp. PCC 8005 gasvesicles at cross-walls

TRAVAUX DIRIGES

ECOLOGIE

MICROBIENNE ET

BIOTECHNOLOGIES

TRAVAUX

PRATIQUES

ANALYSES

DE L EAU

MODALITÉS DE CONTRÔLE DES CONNAISSANCES

Contrôle Continu 100%

Le Contrôle Continu (CC) intégrera

une note de travaux pratiques,

un oral qui concernera la présentation des résultats du TD, se fera par

groupe et devra mettre en avant un travail collectif

un écrit en session 1

….et un écrit en session 2.,

HAV604V

CM = 7,5hTD = 4,5hTP = 21h

MICROBIOLOGIE DES EUCARYOTES

Cette UE vise à approfondir les connaissances sur lesmicroorganismes eucaryotes et à explorer en particulier ladiversité des unicellulaires eucaryotes à mode de vie libre ouparasitaire.

Cette diversité sera étudiée non seulement d’un point de vuethéorique (CM, TD) mais aussi pratique (TP).

•Modalités de contrôle des connaissances:

- Examen final: écrit (50%)

- Note TP: rapport écrit et une présentation orale (50%)

Enseignants:

Mauld Lamarque

(mauld.lamarque@umontpellier.fr)

Stéphane Pont

(stephane.pont@umontpellier.fr)

• Travaux pratiques: Bât. 26Regroupés sur 2 semaines en Février pour tous les groupes

• 4 modèles d’étude

Dictyostelium discoideum Toxoplasma gondii Plasmodium falciparum

Globule rouge sain Globule rouge infecté

Tetrahymena

Cycle végétatif

Cycle social

Cellules haploïdes

Division cellulaire

I. Amibe sociale Dictyostelium discoideum

Etude des différentsfacteurs quiinfluencent l’entrée encycle social

II. Parasite Apicomplexe Toxoplasma gondii

DIC RON9 ISP1 Merge

Mise en évidence des organites sécrétoires spécifiques des Apicomplexes et impliqués dans l’invasion d’une cellule hôte

Accès à la plateforme d’imagerie MRI

III. Parasite Apicomplexe Plasmodium falciparum

Analyse du développementintracellulaire de P. falciparumdans des globules rougeshumains

IV. Cilié Tetrahymena

Des microorganismes nonpathogènes, maisphylogénétiquementassez proches desApicomplexa: divergenceet conservation

Echantillons fixés

Echantillons fixés

HAV648V : Virologie4 ECTS (CM 12h/TD 6h/ TP 15h)

• Description : • Approfondissement des connaissances en virologie fondamentale et appliquée :

spécificité et physiopathologie des interactions hôte-virus(vertébrés/insectes/plantes).

• aspects d'écologie virale, d'émergence et de risques associés pour la santéhumaine et animale

• Présentation des méthodes d'études utilisées en recherche, les outils dedétection et de diagnostic virologiques et les applications des virus enbiotechnologies. Phagothérapie.

• TP: purification d’un virus d’insecte, observation des virions au MET et desprotéines virales par WB, quantification par qPCR.

• MCC : Ecrit 40% ; CC 60% Evaluation en CC:

• Responsables :

Anne-Sophie Gosselin-Grenet anne-sophie.gosselin-grenet@umontpellier.fr

Yannick Simonin yannick.simonin@umontpellier.fr

Histoire de la biologie :- Les voyages naturalistes et la découverte de la biodiversité- Biodiversité, taxonomie et théories de l’évolution- Histoire du concept de récapitulation ; aux origines de l’Evo/Devo- Importance des modèles biologiques- La recherche en biologie marine ; une quête vers l’immortalité ?

Bioéthique :- De la physiognomonie à la craniologie et de la craniologie à l’eugénisme ;

histoire des dérives d’un concept biologique- La liberté académique des chercheurs à l’épreuve du COVID-19

Le module se fera sous forme de cours magistraux uniquement.Ils seront assurés par Stephen Baghdiguian ; stephen.baghdiguian@umontpellier.fr

HAV610V 2ECTS

L3 semestre 6 MIC

8 UE obligatoires :

ECTS Code UE

3 HAV623V Infection & Immunité Robert Zumbihl

4 HAV620V Ecologie microbienne Tatiana Vallaeys

4 HAV604V Microorganismes eucaryotes Mauld Lamarque

4 HAV648V Virologie Anne-Sophie Gosselin &Yannick Simonin

2 HAV610V Bioéthique Stephen Baghdiguian

4 HAV624V Ingénierie moléculaire Nelly Godefroy

6 HAV647V Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire Nelly Godefroy & Sébastien Lainé

3 HAV644V STAG Projet ou stage Ians Robbins

Correspondances LMD5/LMD4

HAV623V Infection & Immunité HLBI501

HAV624V Ingénierie Moléculaire HLBI604

HAV640V Projet ou stage HLBI630

HAV647V Travaux Pratiques de Biologie Moléculaire HLBI603

HAV648V Virologie HLBI617

HAV604V Microorganismes Eucaryotes HLB613

Modalités de Contrôle des

Connaissances (MCC)

Une unité d’enseignement (UE) est acquise lorsque sa moyenne est ≥10/20

Une UE qui fait partie d’un semestre acquis par compensation semestrielle est validée, même si la note de l’UE elle- même est inférieure à 10/20.

Les UE acquises ou validées par compensation semestrielle ou annuelle ne peuvent pas être repassées en session2

Dans le cadre d’une évaluation par un examen terminal, les étudiants qui présentent une absence justifiée pourront demander à repasser la session 2 pour ces épreuves

Le jury annuel se réunit en fin d’année universitaire à l’issue des secondes sessions de semestre d’automne et de printemps. Il examine la validation des semestres et de l’année

Donne accès :

• au Master Biologie Santé UM• au Master IMHE (interactions microorganismes hôtes environnement)UM2• autres Masters en France

L3 Microbiologie

Les débouchés en microbiologie :

- en recherche fondamentale ou médicale

- dans l’industrie pharmaceutique

- en l’agroalimentaire,

- le diagnostic,

- le contrôle qualité

- protection de l’environnement

- toutes les applications en Biotechnologies ….

Master BS - Parcours Infection Biology

ResponsablesYannick Simonin (yannick.simonin@umontpellier.fr)Mauld Lamarque (mauld.lamarque@umontpellier.fr)Vincent Foulongne (v-foulongne@chu-montpellier.fr)

Interactions Hôte

Pathogène

Bacteriologie

Virologie ParasitologieThématique• Processus infectieux et agents pathogènes de l’Homme• Interactions hôte pathogène:- Aspects moléculaires et cellulaires- Réponse immunitaire à l’infection

Master BS - Parcours Infection Biology

Enseignements• Cours / TD• Séminaires• Séances thématiques avec analyse d’articles scientifiques et discussions sur des

enjeux actuels de l’infectiologie• Projets tutorés• Stages en laboratoires de recherche

Les Unités d’Enseignement (UEs)

Semestre 7

4 UEs obligatoires = 20 ECTS- HAV719V : recherches actuelles en immunologie- MAM1GTNS: statistiques appliquées à la biologie

- HAV714V : Bases moléculaires des maladies infectieuses- HAV708V: experimental approaches in infection biology (analyse d’articles)

2UEs TC au choix parmi = 10 ECTS- HAV710V: Génomique fonctionnelle- HAV703V: biologie cellulaire- HAV712V: biologie structurale

Semestre 8

2 UEs obligatoire = 10 ECTS- Immunopathologie- TER = analyse article sur le sujet de stage

2 stages obligatoires = 20 ECTS- Stage 1 = 2 mois. En France.- Stage 2 = 2 mois ou plus. En France ou à l’étranger.

Le stage de M2 peut se faire dans lemême labo que le stage de M1

Majoritairement Français Anglais + Français

Semestre 9

4 UEs obligatoires = 20 ECTS. Après le TC- HAV913V: Molecular and cellular bacteriology- HAV914V: Molecular and cellular parasitology- HAV915V: Molecular and cellular virology- HAV907V: Immune responses to pathogens

2 UEs de TC au choix parmi = 10 ECTS- HAV909V: Information génétique, épigénétique…- HAV923V: Signalisation – Méthodes et concepts- HAV901V: Bioinformatics and system biology- HAV919V: Physiopathologie intégrée- HAP918P: Physical biology

Les Unités d’Enseignement (UEs)

Majoritairement anglais Anglais (+ Français?)

Semestre 10

1 UE obligatoire = 10 ECTS- TER = présentation du sujet de stage (biblio + compréhension stage)- Projet de recherche fictif (PRF) = doit correspondre à un sujet de thèse (activité de recherche sur 3 ans)

doit être originaldoit rester dans le cadre de la microbiologievous devez y réfléchir dès le semestre 9 et nous proposer des idées que nous devons valider (fin nov, début déc)

1 stage obligatoire = 20 ECTS≥ 4 mois

Présentation en anglais ou en français

Master BS - Parcours Infection Biology

Pré-requis• Bases fondamentales en biologie moléculaire, biologie cellulaire, microbiologie,

immunologie• Niveau d’anglais B2

Débouchés• Recherche académique• Poursuite d’études en thèse• Secteur privé …

Contacts• Association des étudiants Master Infection Biology• Page LinkedIn: https://fr.linkedin.com/in/master-infection-biology-

mtp?trk=public_profile_browsemap• mauld.lamarque@umontpellier.fr ; yannick.simonin@umontpellier.fr

s

IBION-Tec (Ingénierie

Biomoléculaire et Nanobiotechnologies)

ICOA(Ingénierie pour l'Eco-

Conception des Aliments)

www.bioagro.edu.umontpellier.fr/master-biologie-agrosciences/

Interactions Microorganismes-Hôtes-Environnements

IMHE(Interactions

Microorganismes-Hôtes-Environnements)

4 parcours PLANTES

La formation IMHE vise à approfondir les connaissances sur la diversité desmicroorganismes (procaryotes, eucaryotes et virus) et leurs interactions avecleur(s) hôtes(s) et leur(s) environnement(s) biotique(s) et abiotique(s).

Connaître la diversité microbienne et les techniques d'étude de cette diversité .

Comprendre le fonctionnement des microorganismes et leur implication dansl’histoire évolutive du vivant

Comprendre leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes (approcheintégrée : aspects moléculaires et cellulaires, populations et communautésmicrobiennes, concept One Health).

Comprendre les facteurs environnementaux qui expliquent la dynamique etl'émergence de microorganismes en tant que pathogènes de l'homme, desanimaux et des plantes.

Connaître les applications possibles de la biomasse microbienne .

Objectifs spécifiques

Initiation à la recherche et à sa démarche.

Maîtrise de la recherche bibliographique et de leur analyse avec un espritscientifique critique, la rédaction de rapports et synthèses, la communication orale.

Respect des règles légales, d’éthique et de déontologie scientifiques liées àl’expérimentation, la publication et l’utilisation de documents, au partage deressources biologiques et au partenariat.

Maîtrise des outils statistiques d'analyses des données.

Maîtrise de l'anglais scientifique à l'écrit et à l'oral.

Acquisition d'expériences professionnelles par la réalisation de 2 stages longs (stagede 4 mois en M1 et de 6 mois en M2).

Objectifs Transversaux

Diversité des organismes microbiens (bactéries, archées, virus, parasites eucaryotes,champignons, micro-algues) et de leurs hôtes (plantes, insectes, mollusques, homme…) et vecteurs.

Diversité des relations : biotiques (symbioses mutualistes, compétition, parasitisme)et abiotiques (sols, eaux)

Diversité des domaines d’applications : Santé humaine et animale, Agronomie,Productions microbiennes, Bioénergies, Biorémédiation, ….

Diversité des intervenants : Universités, L’Institut Agro, INRAe, INSERM, CNRS, CIRAD,IRD, CHU Montpellier et Nîmes, Industriels…

Mots clés : Microorganismes, Microbiologie environnementale, Ecologie microbienne,Microbiotes, (Méta)génomique, Symbioses, Parasitisme, Emergence, Résistance,Adaptations, Valorisations microbiennes...

Modèles d’étude et mots clés

Spécificités et partenaires

2 profils : Recherche fondamentale et R&D (avec un objectif prioritaire de poursuite en doctorat)

Stages longs en M1 (4 mois) et M2 (6 mois)

Co-accréditation Université de Montpellier / L’Institut Agro

Ecole doctorale GAIA

Réseau IMH (Interactions Microorganismes-Hôtes)

Partenaires : Plus de 40 laboratoires nationaux et internationaux (INRAe, CNRS, IRD, Cirad, INSERM, Ifremer…), CHU et entreprises privées.

Insertion professionnelle

Métiers et Insertion professionnelle :

Enseignants-chercheurs, chercheurs et ingénieurs,

Cadres R&D (protection des plantes, agro-alimentaires, biotechnologie microbienne pour la médecine, la pharmacie, l’agronomie ou l’aquaculture), Assurance qualité

Devenir des diplômés : Suivi individuel (mail et rencontre annuelle entre M2 et anciens IMHE) Suivi global OVE

Experts et chargés de mission (ex : valorisation biomasse microbienne).

Statut en dec 2020 Statut en sept 2021

Hélène Marchandin(Pharma)

Responsable MasterAnne-Sophie Gosselin

Responsables M1 Responsables M2

Marie-Hélène Boyer(FdS)

Pierre Czernic(FdS)

Rutger De Wit(CNRS)

Mylène Ogliastro(INRAE)

Brigitte Brunel(L’Institu Agro)

L’équipe pédagogique

Sabine Galindo (Polytech)Estelle Grousseau (FdS)Ruth Pevsner (Anglais)

Caroline Addis (Anglais)

Collaborateurs associés:Jean-Christophe Avarre (IRD)

Anna-Sophie Fiston-Lavier (Bioinfo)Didier Tousch

Stéphane Blanc (INRAE)François Boutin (Stats)

Corinne Teyssier(Pharma)

Anne-Sophie Gosselin(FdS)

Alain Givaudan(INRAE)

Alyssa Carré-Mlouka(FdS)

Organisation des enseignements M1S1 (30 ECTS)

TRONC COMMUN (21 ECTS)

Ecologie microbienne (CM, TD, TP) (6 ECTS)

Emergences Résistances Adaptations (3 ECTS)

Immunité et génétiques des interactions microorganismes-hôtes (2 ECTS)

Biostatistique avec R (5 ECTS)

Anglais scientifique (5 ECTS)

Molecular basis of infectious diseases (BS)Microbiologie et toxicologie alimentaires et

environnementales 1 et 2

Phylogénie et évolution (B2E)

Profil 1 : Recherche fondamentale

Eléments de pathologie végétale

Profil 2 : R&D

Interactions symbiotiques et parasitaires (B2E)

1 UE parmi :

+ 1 UE parmi :

Eléments de pathologie végétale

1 UE obligatoire (6 ECTS):

Phytochimie et valorisation des biomolécules

+ 1 UE parmi

Phylogénie et évolution (B2E)

MicrobiEAU (3ECTS) MicrobiEAU

Bioénergies (mutualisé avec Master ENERGIE)

1 UE parmi

Management de projets

Pollutions agro-environnementales

TRONC COMMUN (27 ECTS)

Ecologie microbienne moléculaire 1 (CM, TD, TP) (3 ECTS)

Ecologie microbienne moléculaire 2 (TP) (2 ECTS) mutualisé avec Master BioInfo

Bioinformatics Learning Lab (Bioinfo) (2 ECTS) mutualisé avec Master BioInfo

Préparation au stage et insertion professionnelle (2 ECTS) réalisé au S1

Stage 4 mois (18 ECTS)

Organisation des enseignements M1S2 (30 ECTS)

Profil 1 : Recherche fondamentale Profil 2 : R&D

Virologie Virologie

2 UE parmi :

Ecole thématique

Bioproduction et valo biodiversité microbienne

2 UE parmi :

Gestion de projets

Profil 1 : Recherche fondamentale Profil 2 : R&D

Interactions et signalisations

Bioproduction et valo biodiversité microbienne

Molecular and cellular bacteriology (BS) (6 ECTS)

TRONC COMMUN (24 ECTS)

Interactions des microorganismes avec les hôtes (6 ECTS)

Rôles des microorganismes dans les écosystèmes (6 ECTS)

Synthèse et analyse critique d’articles scientifiques (6 ECTS)

Projet de recherche (3 ECTS)

Anglais (3 ECTS)

Organisation des enseignements M2S3 (30 ECTS)

Stage en laboratoire 6 mois (27 ECTS) Stage en entreprise 5 mois (25 ECTS)

Organisation des enseignements M2S4 (30 ECTS)

Profil 1 : Recherche fondamentale Profil 2 : R&D

Réseaux et projet professionnels (3 ECTS)Création et montage de projets R&D

(5 ECTS)

+ rencontre annuelle avec les anciens IMHE

BILL : BioInformatics Learning LabProjets collaboratifs

Analyse Bioinformatique des données de

séquençage

Séquençage ADN

Échantillonnageterrain /

Expérimentations labo

Val

ori

sati

on

Extraction ADN Préparation des

banques

Projets en cours :

• Projet 1 : Evolution virale et saut d’espèce (herpesvirusde poisson) en collaboration avec les M1 Bioinfo(séquençage haut débit).

• Projet 2 : Analyse de la diversité microbienne du sol , d’échantillons d’eau ou de produits fermentés (barcoding 16S).

• Projet 3 : Cyanobactéries et toxines.

Dans le cadre des UEs Ecologie microbienne et Ecologie microbienne moléculaire de M1

BILL : BioInformatics Learning Lab

2020-2021

Séquençage MinION (en salle de TP)

Analyses bioinfo en salle BILL

Extraction et banques d’ADN

Séquençage ADN

Short-reads(Illumina)

ÉchantillonnageTerrain

Extraction ADN Préparation des

banques

Analyse Bioinformatique des données de

séquençage

Val

ori

sati

on

BILL : BioInformatics Learning Lab

Publications

BILL : BioInformatics Learning Lab

Posters présentés en congrès

https://theconversation.com/le-saut-despece-quand-un-virus-animal-engendre-lemergence-dune-maladie-humaine-136204

Article écrit avec les M1 IMHE promo 2019-2020

PAGE WEB du master IMHE

https://bioagro.edu.umontpellier.fr/master-biologie-agrosciences/interactions-microorg-hotes/

https://www.linkedin.com/groups/7454079/

Association étudiante IMHEmail : asso.milesim@gmail.com

asso_milesim

Master MEEF 2nd degréBiotechnologies

option Biochimie Génie Biologique

• Responsable : Pascal Chillet (pascal.chillet@umontpellier.fr)

• Ce parcours s’adresse aux étudiants qui se destinent à devenir Professeur Certifié de Biotechnologies-Biochimie-Génie biologique :

– en lycée dans les séries STL et ST2S,

– en BTS de Biologie appliquée,

– et en IUT de Génie biologique.

• Toutes les informations concernant les conditions d’accès en M1 et les conditions d’inscription au concours sont sur le site http://capetbio.edu.umontpellier.fr/

• Le parcours en M1 comprend :

• des enseignements disciplinaires : biochimie, génétique moléculaire, microbiologie, physiologie humaine, biologie cellulaire, immunologie, technologie, génie biologique,

• des travaux pratiques : microbiologie, culture cellulaire, hématologie, immunologie, biochimie, biologie moléculaire, enzymologie,

• des enseignements de pédagogie et de didactique,

• un stage d’un mois en lycée général et technologique.

• Le concours du CAPET est passé à l’issu de l’année de M2.

Master MEEF 2nd degréBiotechnologies

option Biochimie Génie Biologique