Asignatura: Laboratorio Clínico en Microbiología (Curso 2007 – 2008) Facultad de Biología (Licenciatura en Bioquímica)

LA INFORMÁTICA EN EL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA. RECURSOS INFORMÁTICOS PARA LA ORGANIZACIÓN DEL LABORATORIO

Y EMISIÓN DE RESULTADOS

TEMA 15 2ª parte

Microbiología e Informática: RECURSOS

► Aplicaciones informáticas de uso general

► Redes de comunicación. Internet y sus aplicaciones

► Aplicaciones específicas en microbiología clínica: Gestión de la información

► Otros recursos de interés

RED DE COMUNICACIÓN

Una red es un conjunto de ordenadores autónomos conectados entre sí, que pueden comunicarse compartiendo datos y recursos sin importar la localización física de los distintos dispositivos. A través de una red se pueden ejecutar procesos en otro orde-nador o acceder a sus ficheros, enviar mensajes, compartir programas... Los ordenadores suelen estar conectados entre sí, por cables, en diferentes formas (topologías). Pero si la red abarca una región extensa, las conexiones pueden realizarse a través de líneas telefónicas, microondas, líneas de fibra óptica e incluso satélites.

Nacional Internacional

CLASIFICACIÓN DE LAS REDES DE COMUNICACIÓN SEGÚN ESCALA DE

COBERTURA

►  LAN (Local Area Networks)

►  MAN (Metropolitan Area Networks)

►  WAN (Wide Area Networks)

TRANSMISIÓN DE DATOS Y TOPOLOGÍA DE REDES EN INTERNET

•  Se realiza a través de nodos. •  Nodo: Dispositivo activo o que interviene en la comunicación de

forma autónoma y que está conectado a una red, conectándose desde el más próximo al más remoto.

TRANSMISIÓN DE DATOS

TOPOLOGÍA DE REDES

Anillo Estrella BUS (Lineal)

Híbrida

Microbiología e Informática: RECURSOS

► Aplicaciones informáticas de uso general

► Redes de comunicación. Internet y sus aplicaciones

► Aplicaciones específicas en microbiología clínica: Gestión de la información

► Otros recursos de interés

APLICACIONES DE INTERNET

•  WWW (World Wide Web)

•  Correo electrónico “e-mail”

•  Conexión remota a otro ordenador (Telnet)

•  Protocolo de transferencia de ficheros (FTP)

•  Archie o FTPsearch

•  Conversaciones en tiempo real

•  Otras aplicaciones en internet

WWW (World Wide Web)

•  Utilizan el sistema de HIPERTEXTO, que funciona a través de internet, extrayendo información de los servidores para verla en pantalla.

•  Para ver la información se utilizan navegadores web (Internet Explorer, Netscape, Opera, Mozilla, etc.).

•  Para encontrar la información se utilizan buscadores (Google, Yahoo, Altavista, Lycos, etc. ).

•  Los servidores contienen elementos de información, páginas web, de contenido muy variable.

•  En las páginas web hay hiperenlaces que pueden seguirse y enviarnos a otro documentos y enviar información al servidor.

•  Navegar es seguir hiperenlaces. •  Su funcionalidad se basa en tres recursos: URL (Localizador Uniforme

de Recursos); HTTP (Protocolo de Transferencia de HiperTexto) y HTML (Lenguaje de Marcación de HiperTexto).

Correo electrónico “e-mail”

•  Servicio de red que permite intercambiar mensajes, a largas distancias, incluso con acuse de recibo, entre usuarios así como ficheros en forma de paquetes adjuntos.

•  Intermediados por servidores que hacen de “buzones” y recojen los mensajes que se les envían.

•  Se requiere conexión con un servidor o proveedor de servicios. •  Proveedores de servicios: Redes de entidades privadas y/o públicas,

Gmail, Hotmail, Yahoo, etc. •  Tipos: Webmail (acceso a través de WWW por navegador) y POP3

(mediante programas clientes de correo). •  Programas clientes de correo: Outlook, Eudora, Incredimail, Pegasus; y

constan de: procesador de textos, base de datos, administrador de archivos y módulo de comunicaciones.

•  Desventajas: Inseguridad, lentitud para mensajes largos.

Conexión remota a otro ordenador (Telnet)

•  Programa intermediario para conectarse directa-mente con nuestro ordenador (terminal local) a otro ordenador (terminal remoto), servidor o no, a través de internet.

•  Podremos utilizar todos los servicios que ofrezca el terminal remoto.

•  Debemos identificarnos en el terminal remoto (usuario y contraseña).

Protocolo de transferencia de ficheros (FTP)

Archie o FTPsearch

•  Sistema para la localización de información sobre archivos y directorios, muy unido al servicio FTP.

•  Es como una gran base de datos donde se encuentran registrados una gran cantidad de nombres de archivos y sus servidores FTP.

•  Estos localizadores (Veronica, otro FTP Search) han sido ya reemplazados por la WWW.

Conversaciones en tiempo real IRC (Chat)

•  La abreviatura IRC responde al término Internet Relay Chat, un sistema de comunicación en vivo que te permite mantener conversaciones, casi en tiempo real, con otros usuarios.

•  IRC ofrece diferentes canales (generalmente varios miles) y cada canal trata un determinado tema o está compuesto por un determinado círculo de participantes.

•  Hoy existen más de 150 servidores IRC, todos conectados entre sí, a los que se conectan en todo mundo muchos miles de usuarios.

•  Para acceder a este servicio hemos de utilizar: Comic Chat o NetChat , Netmeeting, Cuseeme, Messenger, etc.

•  De este servicio derivan la Audioconferencia y la Videocon-ferencia.

Otras aplicaciones en internet

• Grupos de noticias o Newsgroups   Intercambios de opiniones entre usuarios  Envío de noticias al buzón por e-mail  Configurar cuenta para conexión con servidor News

• Listas de distribución  Sin conexión a servidor News  Servicio tras envío de petición por e-mail

• Foros de debate o tablones de anuncios virtuales  Se depositan ideas en un servidor web a donde hay que

acudir para leerlas.

Microbiología e Informática: RECURSOS

►  Aplicaciones informáticas de uso general

►  Redes de comunicación. Internet y sus aplicaciones

►  Aplicaciones específicas en microbiología clínica: Gestión de la información

►  Otros recursos de interés

Gestión de la información: REQUISITOS

•  ¿Qué espera el médico del microbiólogo clínico?  Una información apropiada en cada caso  Un resultado para ayuda a su decisión clínica  Una respuesta rápida  Un acceso fácil a los resultados preliminares y/o definitivos  Una interpretación de los resultados:

 Si la flora es normal o patológica  Si la muestra es representativa de la lesión  Si la sensibilidad bacteriana tiene características epidemiológicas

especiales  Si los valores de antígenos y/o anticuerpos son indicativos de

enfermedad  Si son necesarios estudios complementarios

 Una información completa sobre nuevas técnicas de diagnóstico y de datos epidemiológicas que puedan afectar a sus decisiones terapéuticas

•  ¿Qué espera el microbiólogo clínico del médico?

 Conocer los datos identificativos del paciente

 Conocer los datos identificativos del peticionario

 Conocer, con precisión, el origen de la muestra

 Conocer, con precisión, el tipo de muestra

 Conocer el diagnóstico clínico de sospecha

 Conocer los síntomas y signos

 Conocer la terapia antibiótica previa

Gestión de la información: REQUISITOS

Preanalítica Analítica

Postanalítica Otras

FASES de los procesos desarrollados en un Laboratorio Clínico de Microbiología.

Preanalítica Analítica

Postanalítica Otras

FASES de los procesos desarrollados en un Laboratorio Clínico de Microbiología.

Requisitos de la fase preanalítica • Fase preanalítica:

 Catálogo de estudios o pruebas (Cartera de servicios) con una relación y descripción de los estudios y pruebas que pueden practicarse a cada muestra

 Normas de selección recogida y transporte de cada muestra

 Formularios de petición de pruebas: Diferentes tipos

 Emisión del identificador de muestra y formulario

  Identificación de muestra, formulario

 Emisión de identificador de pruebas y determinaciones

 Lectura automatizada de los identificadores

Relación y descripción de los estudios y pruebas que pueden practicarse a cada muestra

  Definición

  Sinónimos

  Técnica que se aplica

  Indicaciones

  Valores de referencia

  Interpretación de los resultados

  Sección responsable

  Plazos de entrega de resultados

  Coste

  Código de identificación

Selección, recogida y transporte de la muestra

  Características de la muestra   Recogida de la muestra:

►  Técnicas de recogida:  Momento adecuado de la recogida  Envase o recipiente  Nº de muestras necesarias e intervalo entre las mismas  Calidad de la muestra  Cantidad máxima y mínima  Instrucciones para el paciente

►  Transporte y conservación:  Plazos entre recogida y entrega  Temperatura de conservación  Sistema de transporte  Adición de conservantes

Formularios de petición de pruebas

•  Datos mínimos demográficos

•  Médico solicitante

•  Información clínica relevante

•  Descripción de la muestra

•  Pruebas que se solicitan

•  Fecha y hora de recogida de la muestra

Preanalítica Analítica

Postanalítica Otras

FASES de los procesos desarrollados en un Laboratorio Clínico de Microbiología.

Fase analítica. Procedimientos o determinaciones

 Examen directo de la muestra

 Cultivo e identificación de microorganismos

 Pruebas de sensibilidad a antimicrobianos

 Detección de antígenos microbianos en muestras clínicas

 Detección de anticuerpos

 Microbiología molecular

 Envío de muestras o microorganismos a centros de referencia

 Archivo y custodia de microorganismos

 Validación de resultados

Preanalítica Analítica

Postanalítica Otras

FASES de los procesos desarrollados en un Laboratorio Clínico de Microbiología.

Fase postanalítica. Informe de los resultados

 Datos del informe:   Identificación del paciente   Destino del informe   Muestra analizada con el número de registro   Fecha y hora de recepción de la muestra   Prueba solicitada   Procedimiento, método o técnica aplicada   Fecha y hora de emisión del informe   Categoría del informe: urgente, provisional, …..   Firma electrónica

 Elementos del informe:   Examen directo de la muestra   Identificación y cuantificación de microorganismos   Pruebas de sensibilidad a antimicrobianos   Detección de antígenos microbianos   Pruebas de microbiología molecular   Detección de anticuerpos   Comentarios

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