La Unidad de Bioinformática del INTA:Nuestra experiencia en la formación de recursos humanos

Genómica del girasol

• Los estudios genómicos llevados a cabo son limitados para estecultivo considerando su importancia económica, siendo uno del d t i t d t f t l t ñ dlos determinantes de este efecto el tamaño de su genoma y sucomplejidad taxonómica.

INRA de Toulousse (Francia) (Proyecto Cartisol: 1990 1997)INRA de Toulousse (Francia) (Proyecto Cartisol: 1990-1997).Universidad de Oregon (USA).Universidad de Davis (USA:http://compositdb.ucdavis.edu/).IB-INTA Castelar comienza su primer proyecto de desarrolloIB INTA Castelar comienza su primer proyecto de desarrollode microsatélites para girasol en el año 1996 (iniciativaINTA/Consorcio de Empresas), continuando con un análisisgenómico del girasol en pequeña escala basado en

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g g p qsecuenciación de ESTs.

Demanda de procesos bioinformáticos

Proyecto genómico secuenciación ESTs en girasol

Colaboración FIUBA

(Dr. Sergio Lew)(Dr. Sergio Lew)

Preguntas Biológicas

Un primer enfoque agrobioinformático

Preguntas Biológicas– ¿Qué genes?– ¿En qué órgano?– ¿En qué proporción?

Herramientas:e a e tasSecuenciación de ESTAlineamientos / filtrado /etc.

Participantes:FIUBA: expertise informáticoINTA: conocimiento biológicoINTA: conocimiento biológico

Colecciones diferenciales de EST’s

Análisis informático de secuencias moleculares

Rutina “trimming” Biopipeline Base de datos

EST Almacenam.Clasific.

Análisis deredundancia

Limpieza devector

Rutina trimming(Fernandez y col. 2003)

Biopipeline(Lew y col 2004)

Base de datos(Fernandez y col. 2003)

AnotaciónFuncionalidadhipotética

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BLAST(Altschul y col. 1990)

Goblet(Henning y col. 2003)

Instalación y puesta en funcionamiento del servidor INTA01

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Diseño, creación y mantenimiento de una b d d tbase de datos

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Diseño, creación y mantenimiento de una b d d tbase de datos

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CREACIÓN DE UNIDAD DE BIOINFORMÁTICA

IB INTA CASTELARIB INTA CASTELAR

PPR245001: Bioinformática aplicada a proyectos deinterés agropecuario

AEBIO245711: Análisis bioinformático, estadístico y

interés agropecuario.

O 5 á s s b o o át co, estad st co yevolutivo de datos biológicos provenientes deproyectos genómicos de interés agropecuario.

AEBIO245732: Minería de datos biológicos, gestiónde la información y los conocimientos derivados dede la información y los conocimientos derivados deproyectos genómicos de interés agropecuario..

INCORPORACIÓN Y FORMACIÓN DE RRHH

Convenio marco FIUBA: régimen de pasantíasConvenio marco FIUBA: régimen de pasantías

¿biólogos haciendo informática?¿biólogos haciendo informática?

¿informáticos haciendo biología?

El objetivo primordial es responder las preguntas biológicas a partir de la aplicación de tecnología

i f átiinformática

INTERDISCIPLINA

F ió d RRHHFormación de RRHH

Año 2007Curso Modelos lineales (EEA INTA Balcarce)

Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)

C G ó (C )Curso Herramientas Aplicadas a la Genómica Funcional (CIPF; Valencia, España)Año 2008

Curso Bioinformática comparativa (Inst. Pasteur, Uruguay)

Curso uso de Infostat® aplicado al análisis de microarreglos (UNCor)Año 2009

Taller Análisis de Microarreglos y uso de Infostat® (UNCor)Taller Análisis de Microarreglos y uso de Infostat® (UNCor)Año 2010

Curso Filogenias Moleculares (FCEyN – UBA)

Curso Filogenia Molecular (Fund Miguel Lillo)Curso Filogenia Molecular (Fund. Miguel Lillo)

Taller Mapeo por Asociación (INTA)

Lic. en Bioinformática (UNER)

C CABBIO (2002 2010)Cursos CABBIO (2002 y 2010)Genómica y Bioinformática

Maestría en Biotecnología UBA - Fac. de Veterinaria (4 ediciones)

Genómica Aplicada (3 ediciones)(Materia de Grado – FCEyN)

Postgrado Otras áreas

Año 2011Entrenamiento en Bioinformática INIA PerúEntrenamiento en Bioinformática INIA Perú

Curso Bioinformática Proyecto Biotec Soja Sur

Bioinformática UADEBioinformática UADE

G INTA C t l IB

Participantes y colaboradores

UNCor:Grupo INTA Castelar IB

• Paula Fernandez• Norma Paniego

R th H i

UNCor:

• Julio Di Rienzo

• Ruth Heinz• Esteban Hopp

FI-UBAUnidad de Bioinformática INTA:• Darío Príncipi• Sergio Gonzalez• Sergio Lew

FAUBA

• Sergio Gonzalez• Bernardo Clavijo• Máximo Rivarola

• Marcelo Soria

CIPF (Valencia, España)

• David Blesa (Unidad de Genómica)

CIFASIS (CONICET, Rosario)

Eli b th T iDavid Blesa (Unidad de Genómica)• Francisco García (U. de Bioinformática)• Ana Conesa (U. de Bioinformática)• Joaquín Dopazo (U. de Bioinformática)

Fuentes de financiación:

• Elizabeth Tapia• Laura Angelone• Claudia Reynares• Alfonso Pons

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Fuentes de financiación: PICT 0960

PIP CONICET 5788 AECID D/016099/0

AEBIO 245732/245711