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Papel de la flora intestinal en la salud y en la enfermedadF. Guarner

Unidad de Investigacin de Aparato Digestivo. Hospital Universitari Vall dHebron. Barcelona. Espaa.

Nutr Hosp. 2007;22(Supl. 2):14-9ISSN 0212-1611 CODEN NUHOEQ

S.V.R. 318

Resumen

El trmino microflora o microbiota intestinal ha-ce referencia al ecosistema microbiano que coloniza eltracto gastrointestinal. Los instrumentos de biologa mo-lecular desarrollados recientemente sugieren que toda-va se ha de describir una parte sustancial de las comuni-dades bacterianas del intestino humano. No obstante,estn bien documentados la relevancia y el impacto delas bacterias residentes en la fisiologa y la patologa delhusped. Las principales funciones de la microflora in-testinal incluyen (1) actividades metablicas que se tra-ducen en recuperacin de energa y nutrientes, y (2)proteccin del husped frente a invasin por microorga-nismos extraos. Las bacterias intestinales desempeanun papel esencial en el desarrollo y la homeostasis delsistema inmunitario. Los folculos linfoides de la mucosaintestinal son reas principales para la induccin y la re-gulacin del sistema inmune. Por otra parte, se disponede evidencias que implican a la microbiota intestinal enciertos procesos patolgicos, incluyendo el fallo multi-or-gnico, el cncer de colon y la enfermedad inflamatoriaintestinal.

(Nutr Hosp. 2007;22:14-9)Palabras clave: Microflora. Microbiota. Flora intestinal.

ROLE OF INTESTINAL FLORA IN HEALTHAND DISEASE

Abstract

The terms intestinal microflora or microbiota re-fer to the microbial ecosystem colonizing the gastrointes-tinal tract. Recently developed molecular biology instru-ments suggest that a substantial part of bacterialcommunities within the human gut still have to be des-cribed. The relevance and impact of resident bacteria onthe host physiology and pathology are, however, well do-cumented. The main functions of intestinal microflorainclude (1) metabolic activities translating into energyand nutrients uptake, and (2) host protection against in-vasion by foreign microorganisms. Intestinal bacteriaplay an essential role in the development and homeosta-sis of the immune system. Lymphoid follicles within theintestinal mucosa are the main areas for immune systeminduction and regulation. On the other hand, there isevidence implicating intestinal microbiota in certain pat-hological processes including multi-organ failure, coloncancer, and inflammatory bowel disease.

(Nutr Hosp. 2007;22:14-9)Key words: Microflora. Microbiota. Intestinal flora.

Introduccin

El tracto gastrointestinal constituye la principal su-perficie de intercambio y comunicacin entre el medioexterno y el medio interno. En el individuo adulto lamucosa gastrointestinal alcanza una superficie de 300a 400 metros cuadrados (considerando la superficietotal, con las vellosidades desplegadas), y est dotadade estructuras y funciones (sensores, receptores, gln-dulas, secreciones, actividad mecnica, etc.) especfi-camente adaptadas al reconocimiento analtico y bio-

qumico de las sustancias que transitan por el tubo di-gestivo. Como resultado de la actividad del tracto gas-trointestinal, el individuo obtiene dos importantes be-neficios: nutricin, por la digestin y absorcin denutrientes; y tambin defensa, por reconocimiento deelementos forneos y desarrollo de sistemas de pre-vencin y rechazo de posibles agresiones desde elmundo exterior.

En aos recientes se han adquirido suficientes co-nocimientos para poder afirmar con rotundidad queambas funciones dependen no slo de las estructuraspropias del tubo digestivo (barrera mucosa, glndulassecretoras, sistema inmune de las mucosas) sino tam-bin de la presencia y actividad de las comunidadesmicrobianas que colonizan el intestino1. La microflo-ra intestinal es un rgano ms, perfectamente integra-do en la fisiologa del individuo2. Los dos elementosfuncionales (tubo digestivo y microflora) son interde-pendientes y su equilibrio condiciona la homeostasisdel individuo dentro de su entorno ambiental.

Correspondencia: Francisco Guarner.Unidad de Investigacin de Aparato Digestivo.Hospital Universitari Vall dHebron.Passeig Vall dHebron, 119-129.08035 Barcelona.E-mail: fguarner@vhebron.net

Recibido: 01-II-2007.Aceptado: 13-III-2007.

Ecologa IntestinalEl intestino humano es el hbitat natural de una po-

blacin numerosa, diversa y dinmica de microorga-nismos, principalmente bacterias, que se han adaptadoa la vida en las superficies mucosas o en la luz del in-testino3,4. El trmino microflora o microbiota hacereferencia a la comunidad de microorganismos vivosreunidos en un nicho ecolgico determinado. El eco-sistema microbiano del intestino incluye especies nati-vas que colonizan permanentemente el tracto gastroin-testinal y una serie variable de microorganismos vivosque transitan temporalmente por el tubo digestivo4.Las bacterias nativas se adquieren al nacer y duranteel primer ao de vida, mientras que las bacterias entrnsito se ingieren continuamente a travs alimentos,bebidas, etc.

La poblacin microbiana del intestino humano in-cluye unos 100 billones de bacterias de unas 500 a1.000 especies distintas5,6. El estmago y el duodenoalbergan un reducido nmero de microorganismos quese adhieren a la superficie mucosa o en trnsito, tpica-mente menos de 103 clulas bacterianas por g de conte-nido. Las secreciones cidas, biliares y pancreticasdestruyen la mayor parte de microorganismos ingeri-dos, y la actividad motora propulsiva impide una colo-nizacin estable de la luz. El nmero de bacterias a lolargo del yeyuno y el leon aumenta progresivamente,desde alrededor de 104 en el yeyuno hasta 107 unidadesformadoras de colonias por g de contenido en el extre-mo ileal, con un predominio de aerobios Gram negati-vos y algunos anaerobios obligados. En comparacin,el intestino grueso est densamente poblado de anaero-bios y los recuentos de bacterias alcanzan densidadesde alrededor de 1011 unidades formadoras de coloniaspor g de contenido luminal (concentraciones 10.000veces mayores que en la luz ileal). En el colon el tiem-po de trnsito es lento lo que brinda a los microorga-nismos la oportunidad de proliferar fermentando lossustratos disponibles derivados de la dieta o de las se-creciones endgenas.

El anlisis bacteriolgico convencional de la florafecal por aislamiento de bacterias en medios de creci-miento selectivo demuestra que las bacterias anaerbi-cas estrictas superan en nmero a las anaerbicas porun factor de 100 a 1.000. Los gneros predominantesson Bacteroides, Bifidobacterium, Eubacterium, Clos-tridium, Lactobacillus, Fusobacterium y diversos co-cos grampositivos anaerbicos. No obstante, ms del50% de las clulas bacterianas observadas medianteexamen microscpico de muestras fecales no puedecrecer en medios de cultivo7, y por tanto la informa-cin que han proporcionada los estudios de microbio-loga clsica es muy limitada. Se han establecido tc-nicas de biologa molecular para caracterizar lasbacterias no cultivables y en la actualidad se estnidentificando cepas no conocidas previamente7,8. Estastcnicas muestran diferencias en las especies predomi-nantes entre el tercio proximal y distal del colon, y en-tre las comunidades mucosa y fecal9.

La gran biodiversidad de especies dentro del ecosis-tema intestinal facilita la vida y el desarrollo del con-junto, que incluye no slo a las comunidades bacteria-nas sino tambin al anfitrin humano. Los mamferoscriados bajo condiciones estrictas de asepsia, no ad-quieren su flora natural y tienen un desarrollo anor-mal: hay deficiencias en el aparato digestivo (paredintestinal atrfica y motilidad alterada), metabolismode bajo grado (corazn, pulmones e hgado de bajopeso, con gasto cardaco bajo, baja temperatura corpo-ral y cifras elevadas de colesterol en sangre), y siste-ma inmune inmaduro (niveles bajos de inmunoglobu-linas, sistema linftico atrfico, etc.). Se habla desimbiosis cuando la relacin entre dos o ms especiesvivas conlleva beneficios para al menos una de ellassin que exista perjuicio para ninguna de las otras10. Larelacin del anfitrin con su flora es de simbiosis: elanfitrin proporciona hbitat y nutricin, y la micro-biota contribuye de modo importante a la fisiologadel anfitrin.

Funciones de la Microbiota

Los estudios con colonizacin intestinal controladahan permitido identificar tres funciones primarias dela microflora intestinal: (a) funciones de nutricin ymetabolismo, como resultado de la actividad bioqu-mica de la flora, que incluyen recuperacin de energaen forma de cidos grasos de cadena corta, produccinde vitaminas y efectos favorables sobre la absorcinde calcio y hierro en el colon; (b) funciones de protec-cin, previniendo la invasin de agentes infecciosos oel sobrecrecimiento de especies residentes con poten-cial patgeno, y (c) funciones trficas sobre la prolife-racin y diferenciacin del epitelio intestinal, y sobreel desarrollo y modulacin del sistema inmune4.

Funciones Metablicas

La flora entrica metaboliza los sustratos o residuosdietticos no digeribles, el moco endgeno y los detri-tus celulares. La diversidad de genes en la comunidadmicrobiana (microbioma) proporciona una gran varie-dad de enzimas y vas bioqumicas distintas de los re-cursos propios del anfitrin11. La fermentacin de hi-dratos de carbono no digeribles por el anfitrin tienelugar fundamentalmente en ciego y colon derecho.Constituye una fuente de energa importante para laproliferacin bacteriana, y adems produce cidosgrasos de cadena corta que el anfitrin puede absor-ber. Esto se traduce en recuperacin de energa de ladieta y favorece la absorcin de iones (Ca, Mg, Fe) enel ciego. Las funciones metablicas tambin incluyenla produccin de vitaminas (K, B12, biotina, cido fli-co y pantotnico) y la sntesis de aminocidos a partirdel amonaco o la urea12. El metabolismo anaerbicode los pptidos y protenas (putrefaccin) se produceen segmentos ms distales del colon, y tambin esfuente de cidos grasos de cadena corta, pero, al mis-

Microbiota intestinal 15Nutr Hosp. 2007;22(Supl. 2):14-9

mo tiempo, genera una serie de sustancias potencial-mente txicas incluyendo amonaco, aminas, fenoles,tioles e indoles13,14.

Funciones de Proteccin

La funcin defensiva de la microflora incluye elefecto barrera, por el que las bacterias que ocupanun espacio o nicho ecolgico impiden la implantacinde bacterias extraas al ecosistema. Adems, la micro-biota propia impide el sobrecrecimiento de bacteriasoportunistas que estn presentes en el intestino perocon proliferacin restringida. El equilibrio entre lasespecies bacterianas residentes confiere estabilidad alconjunto de la poblacin microbiana. El efecto debarrera se debe a la capacidad de ciertas bacterias pa-ra segregar sustancias antimicrobianas (bacterioci-nas), que inhiben la proliferacin de otras bacterias,y tambin a la competicin entre bacterias por los re-cursos del sistema, ya sea nutrientes o espacios eco-lgicos15,16.

Funciones TrficasLas bacterias intestinales pueden controlar la proli-

feracin y diferenciacin de las clulas epiteliales17.En las criptas colnicas de animales criados en condi-ciones de estricta asepsia se observa una disminucindel turn-over de clulas epiteliales en comparacincon animales control colonizados por flora convencio-nal. La diferenciacin celular en el epitelio est suma-mente influida por la interaccin con los microorga-nismos residentes como se demuestra por la expresinde una diversidad de genes en los animales mono-aso-ciados a cepas bacterianas especficas10. Las bacteriastambin desempean un papel esencial en el desarro-llo del sistema inmunitario. Los animales criados encondiciones de asepsia estricta muestran baja concen-tracin de clulas linfoides en la mucosa del intestinodelgado, la estructura de los folculos linfoides estatrofiada y la concentracin de inmunoglobulinas cir-culantes es anormalmente baja. Inmediatamente des-pus de la exposicin a flora convencional, aumenta elnmero de linfocitos de la mucosa, los centros germi-nales crecen en nmero y tamao, apareciendorpidamente en los folculos linfoides y la lminapropia clulas productoras de inmunoglobulinas18,19.Paralelamente, se observa un aumento de la concen-tracin srica de inmunoglobulinas.

Microbiota Intestinal y Sistema Inmune

El tracto gastrointestinal constituye una interfasemuy sensible para el contacto y comunicacin entre elindividuo y el medio externo. Para la perfecta homeos-tasis, el sistema tiene que distinguir claramente entrepatgenos o patgenos potenciales, de un lado, y mi-crobios comensales en simbiosis con el anfitrin, deotro. En el primer caso, el organismo debe dotarse de

elementos de defensa adecuados, mientras que en elsegundo caso, el anfitrin tiene que saber tolerar paraobtener el beneficio de la simbiosis. Las interaccionesentre los microorganismos, el epitelio y los tejidos lin-foides intestinales son mltiples, diversas en sus carac-tersticas y continuas, de modo que remodelan cons-tantemente los mecanismos locales y sistmicos de lainmunidad adaptndolos al ambiente microbiano20.

La clula epitelial juega un papel muy importanteen la logstica del sistema inmune. Su posicin en pri-mera lnea y en contacto con la luz intestinal es crucialpara el reconocimiento inicial de molculas forneas ypara la generacin de seales que se transmiten a lasclulas inmunocompetentes del tejido subyacente. Laactivacin de los mecanismos de defensa depende enprimer lugar del reconocimiento rpido de riesgo atravs de receptores innatos o pre-formados que detec-tan componentes estructurales comunes a bacterias ovirus, pero ausentes en la clula eucariota. Esto se rea-liza en el medio extracelular mediante los Toll-like-re-ceptors (TLR) de la membrana, y en el medio intrace-lular mediante las protenas tipo NOD del citosol21. Laactivacin de estos sensores por invasin bacterianagenera inmediatamente seales que convergen en lamigracin de factores de transcripcin (NF-kappaB yotros) al ncleo celular, donde activan la expresin degenes responsables de la sntesis de protenas proinfla-matorias22, bsicamente citoquinas y enzimas induci-bles con capacidad para generar mediadores inflama-torios. De este modo, las clulas epiteliales emitenseales con capacidad de atraer y activar leucocitos,aumentar el flujo sanguneo, incrementar la permeabi-lidad capilar, etc. Los enterocitos pueden actuar comoclulas presentadoras de antgenos, sugiriendo que surol no se limita a la defensa innata sino que tambinparticipan en el escaln inicial de las respuestas de ti-po adquirido (expansin de clones linfocitarios espe-cficos y generacin de anticuerpos)23.

El sistema inmune de las mucosas cuenta con trescompartimentos diferenciables anatmicamente: es-tructuras organizadas (placas de Peyer y folculos lin-foides), lmina propia y epitelio superficial23. Las es-tructuras organizadas son lugares de induccin,mientras que la lamina propia y el compartimiento epi-telial contienen clulas maduras y efectoras. Las es-tructuras organizadas estn cubiertas por epitelio espe-cializado (clulas M, de morfologa caracterstica), quetransporta micro-organismos o estructuras antignicasdesde la luz hasta el tejido linfoide subyacente. La in-duccin de respuestas inmunes de tipo adquirido es unfenmeno que tiene lugar principalmente en las estruc-turas foliculares de la mucosa intestinal. Los antgenosprocesados se presentan a linfocitos T en estado na-ve, y se activa la expansin de los clones ms afines alantgeno. La expansin clonal de clulas T da lugar alinfocitos helper (clulas Th) de distinto fenotipo:Th1, Th2 o T reguladoras (Th3, Tr1 o clulas CD4-CD25). Las clulas T reguladores juegan un papel cen-tral en inmunotolerancia porque segregan citoquinas re-

16 F. GuamerNutr Hosp. 2007;22(Supl. 2):14-9

guladoras, de carcter antiinflamatorio (IL-10, TGF-be-ta), en respuesta a antgenos que se reconocen comocomensales y no patgenos24,25. En condiciones nor-males, la mucosa intestinal contiene pocas clulas T ac-tivadas de fenotipo Th1, y predominan las clulas T re-guladoras. Este contexto de inmunotolerancia permitela exposicin continua a una carga antignica abruma-dora (bacterias de la flora, comida), sin que por ello sedesencadenen reacciones inflamatorias que lesionaranal tejido intestinal propio (fig. 1).

La interaccin con el mundo microbiano en la luzintestinal parece ser un mecanismo primario en la con-formacin del estado de inmunotolerancia activa me-diado por clulas T reguladoras25. Algunas anomalasen el desarrollo del sistema inmune podran deberse adefectos en la interaccin de la microbiota con loscompartimientos inmuno-competentes de la mucosa.De acuerdo con la hiptesis de la higiene, en las socie-dades occidentalizadas la incidencia cada vez mayorde atopias (eczema, asma, rinitis, alergias), enferme-dad inflamatoria intestinal y trastornos autoinmunes(esclerosis mltiple, diabetes tipo I) podra explicarsepor una disminucin de la carga microbiana en los pri-meros meses de vida. Hay evidencias que sugierenque la exposicin a microorganismos no patgenos,incluyendo helmintos, transmitidos por los alimentosy por va orofecal ejerce un impacto homeosttico26.

Disfunciones de la Microbiota Intestinal

Diversos procesos se asocian con cambios en lacomposicin o funcin metablica de la flora entri-

ca4. Por ejemplo, diversas enfermedades diarreicasagudas se deben a patgenos que proliferan y tienencaractersticas invasivas o producen toxinas. La dia-rrea asociada a los antibiticos se debe a un desequili-brio en la composicin de la flora intestinal con laproliferacin de especies patgenas, como algunas ce-pas de Clostridium difficile productoras de toxinas quecausan colitis pseudomembranosa. Se considera quelas bacterias intestinales desempean un papel en lapatogenia del sndrome del intestino irritable. En pa-cientes con este sndrome son frecuentes sntomas co-mo distensin abdominal y flatulencia. La fermenta-cin que tiene lugar en el colon genera un volumenvariable de gas. Igualmente, la putrefaccin de lasprotenas por bacterias de la luz intestinal se asociacon la patogenia de la encefalopata heptica en pa-cientes con insuficiencia heptica aguda o crnica.

La disfuncin de la barrera mucosa puede causaruna translocacin bacteriana. La translocacin de bac-terias viables o muertas en cantidades muy pequeasconstituye un refuerzo fisiolgicamente importantepara el sistema inmunitario. No obstante, la disfuncinde la barrera mucosa intestinal puede traducirse en latranslocacin de una cantidad considerable de micro-organismos viables, sobre todo de gnero aerbico yfenotipo Gram negativo. Despus de cruzar la barreraepitelial, las bacterias pueden alcanzar reas extrain-testinales a travs de los conductos linfticos, y pue-den infectar ganglios linfticos mesentricos, hgado ybazo. En situaciones graves, las bacterias entricaspueden diseminarse por todo el organismo provocan-do septicemia, shock, y fallo multi-orgnico. La trans-

Microbiota intestinal 17Nutr Hosp. 2007;22(Supl. 2):14-9

Fig. 1.La interaccin de la microbiotacon las estructuras de la mucosa intestinaldesempea un papel decisivo en la forma-cin y regulacin del sistema inmune. Laactivacin de los mecanismos de defensanaturales del husped se basa en el rpidoreconocimiento de patrones molecularesen los microorganismos por los recepto-res Toll-like y NOD de las clulas presen-tadoras de antgeno. Este reconocimientode los grmenes determina la respuestamediada bien por citoquinas inflamato-rias (patgenos) o citoquinas reguladoras(comensales no patgenos). Las citoqui-nas inflamatorias (TNF, IL-12) inducenexpansin clonal de clulas T de fenotipoTh1 o Th2, muy eficaces en el rechazo delpatgeno, pero causan inflamacin, le-sin y prdida de funcin en los tejidospropios. Por el contrario, las citoquinasreguladoras (IL-10, TGF) favorecen laexpansin clonal de clulas T regulado-ras, que no rechazan al antgeno, ni cau-san inflamacin o prdidas funcionales.El contexto de inmunotolerancia permitela exposicin continua a una carga anti-gnica abrumadora (microbiota comen-sal, alimentos), sin que por ello se desen-cadenen reacciones inflamatorias quelesionaran al tejido intestinal propio.

locacin bacteriana grave es un fenmeno que puedeproducirse en situaciones de hemorragia aguda, que-maduras, traumatismos, isquemia intestinal, obstruc-cin intestinal, pancreatitis grave, insuficiencia hep-tica aguda y cirrosis 27. Los tres mecanismosprincipales que favorecen la translocacin bacterianason: (a) proliferacin bacteriana en el intestino delga-do; (b) aumento de la permeabilidad de la barrera mu-cosa intestinal, y (c) deficiencias en la defensa inmunedel husped.

En modelos experimentales se ha demostrado quelas bacterias intestinales pueden desempear un papelen la iniciacin del cncer de colon a travs de la for-macin de productos de carcinognicos. Los defectosgenticos moleculares que aparecen en cncer colo-rectal humano son bien conocidos, y parecen ser con-secuencia de la genotoxicidad de productos generadosen la luz del intestino. Los datos epidemiolgicos su-gieren que factores medioambientales como la dietadesempean un importante papel en el desarrollo decncer de colon. El consumo de grasa animal y carnesrojas, en particular procesadas, se asocia a riesgo mselevado, mientras que el consumo de fruta y verduras,cereales integrales, pescado y calcio se asocian a dis-minucin del riesgo. Los factores dietticos y genti-cos interactan en parte a travs de acontecimientosque tienen lugar en la luz del intestino grueso28. La in-fluencia de la dieta en el proceso carcinognico pareceestar mediada por cambios en la actividad metablicade la microbiota colnica.

Se dispone de pruebas que implican la flora bacte-riana como factor esencial en la patogenia de la enfer-medad inflamatoria intestinal. En la enfermedad deCrohn y la colitis ulcerosa existe una activacin an-mala del sistema inmunitario de la mucosa frente aelementos de la microbiota entrica. Esta respuestaaberrante parece ser el acontecimiento clave que de-sencadena los mecanismos inflamatorios que dan lu-gar a la lesin intestinal29. En los pacientes se detectaun aumento de la secrecin mucosa de anticuerposIgG contra las bacterias comensales30 y los linfocitos Tde la mucosa son hiperreactivos frente a los antgenosde la flora comn, lo que sugiere la abolicin de losmecanismos de tolerancia local31. De hecho, en pa-cientes con enfermedad de Crohn la derivacin delflujo fecal consigue remisin de las lesiones, mientrasque la re-infusin del contenido intestinal en los seg-mentos ileales excluidos reactiva la enfermedad32. Enla colitis ulcerosa, el tratamiento a corto plazo con an-tibiticos de amplio espectro en comprimidos con re-cubrimiento entrico reduce rpidamente la actividadinflamatoria33. Diversos factores podran contribuir ala patogenia de la respuesta inmunitaria aberrante a laflora autloga, incluida la susceptibilidad gentica34,un defecto en la funcin de barrera de la mucosa y undesequilibrio microbiano. Datos recientes sugierenque en pacientes con enfermedad de Crohn o colitisulcerosa la poblacin de bacterias intestinales difierede la de los individuos sanos35.

Conclusiones

El intestino humano alberga una comunidad diversade bacterias comensales, en una relacin de simbiosiscon el anfitrin, de modo que influye permanentemen-te en su fisiologa. Hay evidencia clara de que las inte-racciones bacteria-anfitrin en la mucosa del intestinodesempean un papel muy importante en el desarrolloy regulacin del sistema inmune. Si esta interaccinno es adecuada, la homeostasis entre la carga antigni-ca ambiental y la respuesta del individuo puede fallar.Ello puede repercutir en el desarrollo de patologas dedisregulacin inmunitaria frente a estructuras antig-nicas propias (autoinmunidad), incluyendo la propiamicroflora (enfermedad inflamatoria intestinal), o es-tructuras antignicas del ambiente (atopia).

Referencias1. Bourlioux P, Braesco V, Koletzko B, Guarner F. The intestine

and its microflora are partners for the protection of the host.Am J Clin Nutr 2003; 78:675-83.

2. Backhed F, Ley RE, Sonnenburg JL, Peterson DA, Gordon JI.Host-bacterial mutualism in the human intestine. Science2005; 307:1915-1920.

3. Ley RE, Peterson DA, Gordon JI. Ecological and evolutionaryforces shaping microbial diversity in the human intestine. Cell2006; 124:837-848.

4. Guarner F, Malagelada JR. Gut flora in health and disease.Lancet 2003; 361:512-519.

5. Eckburg PB, Bik EM, Bernstein CN, Purdom E, Dethlefsen L,Sargent M, Gill SR, Nelson KE, Relman DA. Diversity of thehuman intestinal microbial flora. Science 2005; 308:1635-1638.

6. Tannock GW, What immunologists should know about bacte-rial communities of the human bowel. Semin Immunol 2006;doi:10.1016/j. smim.2006.09.001

7. Suau A, Bonnet R, Sutren M, Godon JJ, Gibson G, CollinsMD, Dore J. Direct rDNA community analysis reveals a my-riad of novel bacterial lineages within the human gut. Appl En-viron Microbiol 1999; 65:4.799-4.807.

8. Zoetendal EG, Collier CT, Koike S, Mackie RI, Gaskins HR.Molecular ecological analysis of the gastrointestinal microbio-ta: a review. J Nutr 2004; 134:465-472.

9. Zoetendal EG, Von Wright A, Vilpponen-Salmela T, Ben-Amor K, Akkermans ADL, De Vos WM. Mucosa-associatedbacteria in the human gastrointestinal tract are uniformly distri-buted along the colon and differ from the community recoveredfrom feces. Appl Environ Microbiol 2002; 68:3401-3407.

10. Hooper LV, Wong MH, Thelin A, Hansson L, Falk PG, Gor-don JI. Molecular analysis of commensal host-microbial rela-tionships in the intestine. Science 2001; 291:881-884.

11. Gill SR, Pop M, Deboy RT, Eckburg PB, Turnbaugh PJ, Sa-muel BS, Gordon JI, Relman DA, Fraser-Liggett CM, NelsonKE. Metagenomic analysis of the human distal gut microbio-me. Science 2006; 312:1355-1359.

12. Hooper LV, Midtvedt T, Gordon JI. How host-microbial inte-ractions shape the nutrient environment of the mammalian in-testine. Annu Rev Nutr 2002; 22:283-307.

13. MacFarlane GT, Cummings JH, Allison C. Protein degrada-tion by human intestinal bacteria. J Gen Microbiol 1986;132:1647-1656.

14. Smith EA, MacFarlane GT. Enumeration of human colonicbacteria producing phenolic and indolic compounds: effects ofpH, carbohydrate availability and retention time on dissimila-tory aromatic amino acid metabolism. J Appl Bacteriol 1996;81:288-302.

15. Brook I. Bacterial interference. Crit Rev Microbiol 1999;25:155-172.

18 F. GuamerNutr Hosp. 2007;22(Supl. 2):14-9

Microbiota intestinal 19Nutr Hosp. 2007;22(Supl. 2):14-9

16. Lievin V, Peiffer I, Hudault S, Rochat F, Brassart D, NeeserJR, Servin AL. Bifidobacterium strains from resident infanthuman gastrointestinal microflora exert antimicrobial activity.Gut 2000; 47:646-652.

17. Falk PG, Hooper LV, Midtvedt T, Gordon JI. Creating andmaintaining the gastrointestinal ecosystem: what we know andneed to know from gnotobiology. Microbiol Mol Biol Rev1998; 62:1157-1170.

18. Yamanaka T, Helgeland L, Farstad IN, Fukushima H, Midt-vedt T, Brandtzaeg P. Microbial colonization drives lymp-hocyte accumulation and differentiation in the follicle-associa-ted epithelium of Peyers patches. J Immunol 2003;170:816-822.

19. Helgeland L, Dissen E, Dai KZ, Midtvedt T, Brandtzaeg P,Vaage JT. Microbial colonization induces oligoclonal expan-sions of intraepithelial CD8 T cells in the gut. Eur J Immunol2004; 34:3389-3400.

20. Fagarasan S, Muramatsu M, Suzuki K, Nagaoka H, Hiai H,Honjo T. Critical roles of activation-induced cytidine deami-nase in the homeostasis of gut flora. Science 2002; 298:1414-1427.

21. Aderem A, Ulevitch RJ. Toll-like receptors in the induction ofthe innate immune response. Nature 2000; 406:782-787.

22. Elewaut D, DiDonato JA, Kim JM y cols. NF-kappa B is acentral regulator of the intestinal epithelial cell innate immuneresponse induced by infection with enteroinvasive bacteria. J Immunol 1999; 163:1457-1466.

23. Brandtzaeg PE. Current understanding of gastrointestinal im-munoregulation and its relation to food allergy. Ann N Y AcadSci 2002; 964:13-45.

24. Cummings JH, Antoine JM, Azpiroz F, Bourdet-Sicard R,Brandtzaeg P, Calder PC, Gibson GR, Guarner F, Isolauri E,Pannemans D, Shortt C, Tuijtelaars S, Watzl B. PASSCLAIMgut health and immunity. Eur J Nutr 2004; 43 Supl. 2:118-173.

25. Guarner F, Bourdet-Sicard R, Brandtzaeg P, Gill HS, Mc-Guirk P, Van Eden W, Versalovic J, Weinstock JV, Rook GA.Mechanisms of Disease: the hygiene hypothesis revisited. NatClin Pract Gastroenterol Hepatol 2006; 3:275-284.

26. Rook GA, Brunet LR. Microbes, immunoregulation, and thegut. Gut 2005; 54:317-20.

27. Lichtman SM. Baterial Translocation in Humans. J Ped Gas-troenterol Nutr 2001; 33:110.

28. Rafter J, Glinghammar B. Interactions between the environ-ment and genes in the colon. Eur J Cancer Prev 1998; 7 Supl.2:S69-S74.

29. Shanahan F. Inflammatory bowel disease: immunodiagnos-tics, immunotherapeutics, and ecotherapeutics. Gastroentero-logy 2001; 120:622-635.

30. MacPherson A, Khoo UY, Forgacs I, Philpott-Howard J, Bjar-nason I. Mucosal antibodies in inflammatory bowel diseaseare directed against intestinal bacteria. Gut 1996; 38:365-375.

31. Pirzer U, Schnhaar A, Fleischer B, Hermann E, Meyer zumBschenfelde KH. Reactivity of infiltrating T lymphocyteswith microbial antigens in Crohns disease. Lancet 1991;338:1238-1239.

32. DHaens GR, Geboes K, Peeters M, Baert F, Penninckx F,Rutgeerts P. Early lesions of recurrent Crohns disease causedby infusion of intestinal contents in excluded ileum. Gastroen-terology 1998; 114:262-267.

33. Casellas F, Borruel N, Papo M, Guarner F, Antoln M, VidelaS, Malagelada JR. Antiinflammatory effects of enterically co-ated amoxicillin-clavulanic acid in active ulcerative colitis. In-flammatory Bowel Dis 1998; 4:1-5.

34. Vermeire S. Review article: genetic susceptibility and applica-tion of genetic testing in clinical management of inflammatorybowel disease. Aliment Pharmacol Ther 2006; 24 Supl. 3:2-10.

35. Guarner F. The intestinal flora in inflammatory bowel disease:normal or abnormal? Curr Opin Gastroenterol 2005; 21:414-418.