8/8/2019 Microbiologia Molecular Del Medio Ambiente

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Facultad de Ciencias Qumicas

Universidad Autnoma de Coahuila

Microbiologa Molecular

del Medio Ambiente

Jos Gerardo Gaona Lozano

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Microbiologa

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100 m

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20 m

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0.5 m

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Medio Ambiente

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Prestige

Exxon - Valdez

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Procesos fsicos, qumicos y biolgicos que actuansobre el destino ambiental de una marea negra

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ME. Transmisin ME. Barrido Tincin Gram (-)

Pseudomonas sp

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Pseudomonas sp

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Toluene 2-hydroxy Toluene 3-methyl cathecol

cis,cis-2-Hydroxy-6-oxohepta-2,4-dienoate

cis-2-Hydroxypenta-2,4-dienoate

4-Hydroxy-2-oxo-

valerate

Acetaldehyde + Pyruvate

Toluene 2-monooxygenase

Catechol | 2,3-dioxygenase

cis,cis-2-hydroxy- 6-oxohepta-2,4-dienoate |hydrolase

4-hydroxy-2-oxo-valerate aldolase

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Cdigo Gentico

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Dogma central

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+ / -

algU mucA mucB mucC mucD

alg8algD alg44 algK algJ algG algF algAalgX algL algI algV

WE

WS

gacS

GacSGacS

GacAalgR

algC

Anti-WE

?

Genes estructurales y reguladores.

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Secuencia del Genoma Microbiano

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Target gene

NahAc

phnAc, nahAc, andglutathione-S-transferase

Phenol hydroxylase(LmPH)

RHD

PAH dioxygenase

nahAc

nahAc

nah

tfdC

PAH dioxygenaseand catechol dioxygenase

phnAc, nahAcandPAH dioxygenase

RHD

RT-PCR with degenerateprimers

PCR with several primers

PCR-DGGE withdegenerate primers

PCR with degenerateprimers

PCR with several primers

PCR with degenerateprimers

PCR with degenerateprimers

PCR with degenerateprimers

PCR with degenerate

primers

PCR with degenerateprimers

PCR with severaldegenerate primers

PCR- DGGE with

degenerate primers

Soil samples(culture-independent)

Activated sludge(culture-independent)

Prestine- and aromatichydrocarbon-contaminatedsoils (culture-independent)PAH soil bacteria(culture-dependent)

Marine sediment bacteria(culture-dependent)

Marine sediment bacteria(culture-dependent)

Soil bacteria(culture-dependent)

Soil bacteria

(culture-dependent)

Wastewater andsoil bacteria(culture-dependent)

River water, sediment,and soil bacteria(culture-dependent)

Rhodococus sp.S

train RHA1(culture-dependent)

Groundwater(culture-independent)

Wilson et al. 1999

Llyod-Jones et al. 1999

Watanabe et al. 1998

Yeates et al. 2000

Llyod-Jones et al.1999

Allison et al. 1998

Hedlund et al. 1999

Hamann et al. 1999

Cavalca et al. 1999

Meyer et al. 1999

Widada et al. 2002a

Kitagawa et al. 2001

Molecular approach Source Reference

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Biologa Molecular del Gen

Bioinformtica

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Primer (5-ATGCTGACCGGCAGCCACAATCCG- 3)

Primer R (5-CAGGGGAGTGG

TGTTGGAGGCGCG- 3)

regiones conservadas de protenas nahAc

DNAPCR

975 pb

(nahAc)

Amplificacin del gen nahAc

P. putida

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Desnaturalizacin Hibridacin (primers) Extensin (sntesis DNA)

REACCINEN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR)REACCINEN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR)

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Amplificacin de ADNAmplificacin de ADN

Reaccin de la polimerasa en cadena (PCR)Reaccin de la polimerasa en cadena (PCR)

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Termociclador para PCRTermociclador para PCR

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Secuenciador de ADN

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BLAST

Basic Local Alignment Search Tool

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Alineamiento de Secuencias

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