La reproducción sexual ocurre por contacto gametangial (véase el apartado de biología); en concreto recibe el nombre de oogamia, ya que el gametangio femenino (oogonio), de gran tamaño, tras ser fecundado por el anteridio dará lugar a una o varias oósporas . Aunque existen especies microscópicas, las más complejas presentan un hermoso micelio cenocítico (sin tabiques), que a veces puede llegar a formar haustorios. Entre ellas, como se verá, se incluyen algunos de los hongos más temibles para el agricultor. Las paredes celulares están formadas por glucanos, con porcentajes variables de celulosa. A diferencia de los hongos verdaderos, son diploides.

La reprodución asexual, se realiza mediante zoósporas que se forman en esporangios. Las zoósporas son biflageladas, y algunas especies pueden formarlas de dos tipos: primarias, con los flagelos en el ápice (consideradas más primitivas) y secundarias, de aspecto reniforme y con los flagelos insertos lateralmente. Las zoósporas pueden enquistarse. Algunas raras especies, comoHaptoglossa mirabilis, presentan células cañón con un mecanismo de disparo que les permite atravesar la cutícula de los rotíferos que parasitan. En algunos casos, los esporangios no forman esporas, sino que germinan directamente, comportándose como conidios. Es una peculiar adaptación a la vida terrestre.