Presentación de PowerPoint€¦ · reconstruyen los árboles “bootstrap” Sub-hipótesis ....
Transcript of Presentación de PowerPoint€¦ · reconstruyen los árboles “bootstrap” Sub-hipótesis ....
MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
FILOGENIAS MOLECULARES
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
TIPOS DE MÉTODOS
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
• BASADOS EN MATRICES DE DISTANCIA • Medidas de distancia Algoritmo de agrupamiento Árbol • UPGMA y NJ
• MÁXIMA PARSIMONIA • Basado en caracteres (en cada posición) Ruta más corta o parsimoniosa
• MÁXIMA VEROSIMILITUD • Distancias + Caracteres Verosimilitud de todas las configuraciones
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (UPGMA)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
UPGMA : Unweighted pair-group method with arithmetic means Útil cuando las tasas de evolución son constantes entre los diferentes linajes
Distancia por pares
ej. Número de bases diferentes Distancia Menor Recalculamos
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (UPGMA)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (UPGMA)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (UPGMA)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (UPGMA)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (UPGMA)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (NJ)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
NJ :Neighbor-joining method
Agrupa el par de OTUs que minimizan la longitud total del árbol
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (NJ)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
La longitud del árbol se estima mediante Q
(Studier & keppler, 1988)
𝑸𝒊𝒋 = 𝐝𝐢𝐣 − 𝒅𝒊𝒏(𝒏 − 𝟐)
− 𝒅𝒋𝒏(𝒏 − 𝟐)
Elegimos el par que reduzca su
longitud
Recalculamos matriz
dku=( dki+dkj-dij )/2
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MATRICES DE DISTANCIA (NJ)
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MÁXIMA PARSIMONIA
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
Implica la búsqueda de la topología que requiera el menor número de cambios evolutivos
NO TODOS LOS SITIOS DE LA SECUENCIA SON INFORMATIVOS
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MÁXIMA PARSIMONIA
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
NO INFORMATIVO
NO INFORMATIVO
INFORMATIVO
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MÁXIMA PARSIMONIA
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
Pueden existir diferentes árboles con el mínimo número de cambios Árboles igualmente parsimoniosos
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
MÁXIMA VEROSIMILITUD
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
Se basa en modelos probabilísticos para explicar el proceso de sustitución nucleotídica
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
COMPARACIÓN DE MÉTODOS
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
• UPGMA Asume una tasa constante en todas las ramas del árbol
• NJ No asume tasa constante. Pero si las secuencias son cortas puede tener un error elevado (alta varianza)
• Máxima parsimonia Minimiza el número de eventos homoplásicos (sustituciones convergentes, paralelas y reversas)
• Máxima verosimilitud Requiere asunciones sobre el patrón de sustitución nucleotídica y la tasa de evolución (es probabilístico)
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
COMPARACIÓN DE MÉTODOS
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES MÉTODOS DE RECONSTRUCCIÓN DE FILOGENIAS
BOOTSTRAPPING
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
• Estima el nivel de confianza (=nivel de robustez) de la hipótesis filogenética
• Se basa en barajar al azar las posiciones (con reemplazamiento) y se reconstruyen los árboles “bootstrap”
Sub-hipótesis