Docking

Química Computacional

Rony J. Letona

Docking:

(Inglés) Llevar un barco o botea un muelle o puerto.

¿Por qué se llama así?

•Llevar algo que flota por allí a un lugar donde se va a enganchar.

•Adjuntar, unir o conectar unapieza a otra.

•Hacer que algo encaje en otro algo.

Y eso del “docking” …,¿cómo se hace y para qué sirve?

¿Recuerdan sus días de niños?

Docking en Química Computacional

• Obtención de dos estructuras en 3D

• Hallar el mejor sitio en que pueden ligarse

• Hallar la mejor manera de ligarlos

• Dos clases de Docking

Por conveniencia, algunos términos

• Ligando: Estructura (generalmente pequeña) que se liga al sitio activo.

• Receptor: Estructura (usualmente una proteína) que contieneel sitio activo. También llamada macromolécula.

• Sitio activo: Arreglo de aminoacidos en el receptor queinteractúan físicamente con el ligando (usualmente a 6 Angstroms).

El Problema

• Representar

• Evaluar

• Buscar (Sampling)

Representación

• ¿Cualquier software que muestre 3D?

• La compu, ¿cómo lo ve?

• Programas para Docking

Evaluación

• Vibración

• Eléctrica

• Puentes de H

• Solvatación

• Torsión

Búsqueda (Sampling)

• Algoritmo de búsqueda global

• Algoritmo de búsqueda local

• Algoritmo híbrido

• Dinámica Molecular

AutoDock

• Gratis

• Tutoriales

• GUI (ADT)

AutoDock

• Preparación Macromolécula

• Preparación Ligando

• Preparación Grid

• Preparación Docking

• Corrida

• Análisis

Probemos … :o)

Bibliografía y Artículos Incluidos

• AutoDock. (n.d.). AutoDock. Recuperada Junio 13, 2011, de http://autodock.scripps.edu/

• Babu, N., Satheesh, P., Grandhi, D., & Rao, A. (2010). Comparative Study of LIGAND Docking. International

Journal of Computer Applications, 6(1), 36-39.

• Duan, L., Yang, J., & Slaughter, M. (2009). Caffeine inhibition of ionotropic glycine receptors. The Journal of

Physiology, 587(16), 4063-4075.

• Eubanks, L., Rogers, C., Beuscher, A., Koob, G., Olson, A., Dickerson, T., et al. (2008). A Molecular Link Between

the Active Component of Marijuana and Alzheimer's Disease Pathology. Molecular pharmaceutics, 3(6), 773-777.

• Huey, R., & Morris, G. (2008). Using AutoDock 4 with AutoDockTools: A Tutorial. La Jolla, California: The Scripps

Research Institute.

• Morris, G., Goodsell, D., Halliday, R., Huey, R., Hart, W., Belew, R., et al. (1998). Automated Docking Using a

Lamarckian Genetic Algorithm and an Empirical Binding Free Energy Function. Journal of Computational

Chemistry, 19(14), 1639-1662.

• Pyun, B., Choi, S., Kwon, Y., Lee, Y., Kim, T., Min, J., et al. (2008). Capsiate, a Nonpungent Capsaicin-Like

Compound, Inhibits Angiogenesis and Vascular Permeability via a Direct Inhibition of Src Kinase Activity. CANCER

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• Sun, H., Yazal, J., Lockridge, O., Schopfer, L., Brimijoin, S., & Pang, Y. (2001). Predicted Michaelis-Menten

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• Teodoro, M., Phillips, G., & Kavraki, L. (2001). Molecular Docking: A Problem With Thousands Of Degrees Of

Freedom. IEEE International Conference on Robotics and Automation, 1, 960 - 965.