Programación científica en clustersjfernand/investigacion/papers/OSLUCA_05.sxi.pdf · 1...

�� 1

Programación científica en clusters con Octave / MPITB

II Jornadas de Software Libre de la Universidad de CádizCádiz, 6-8 Abril 2005

Javier Fernández BaldomeroUniversidad de Granada

�� !"# 2

Esquema de la presentaciónLAM: sistema de paso de mensajes

Octave: entorno de cálculo científico

Interfaz de programación (API)

MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

$% &�' ( )* + ,- ' . , / / )0 '�1 234 3

LAM

Sistema de paso de mensajes

biblioteca MPI + utilidades

5 lamboot, mpirun...

basado en daemon

fuente autoconf, paquetes rpm

Implementación MPI “gratis”

licencia propia, no GNU/GPL

Ohio, Notre-dame, Indiana

Colaboran en Open-MPI

67 8�9 : ;< = >? 9 @ > A A ;B 9�C DEF 4

MPI

Estándar para paso mensajes

desarrollado por MPI Forum

G universidades, fabricantes, etc...

desarrollo continuo

G MPI-1.0 Mayo'94

G MPI-1.1 Junio'95

G MPI-1.2 / 2.0 Julio'97

diversidad implementaciones

G gratuitas: LAM, MPICH...

G comerciales: ScaMPI, MPI/Pro...

HI J�K L MN O PQ K R P S S MT K�U VWX 5

Paso de mensajes

Multiprocesadores (SMP)

varias CPUs (cache)memoria compartida

Y (acceso frecuente, rápido)

hebras (threads) / OpenMP

Multicomputadores (clusters)

varios computadores (CPU/M)memoria distribuidapaso de mensajes

Y (acceso infrecuente, lento)

CPU

Mem

CPU

Mem

CPU

Mem

CPU

Mem

CPU CPUCPU

Memoria

CPU

Z[ \�] ^ _` a bc ] d b e e _f ]�g hij 6

Uso de LAM

lamboot

k acceso sin passwd

l rsh: ~/.rhosts

l ssh: ~/.ssh/authorized_keys

k fichero $LAMBHOST

l formato: <host> [<user>]

k asignación procesos

l round-robin por defecto

daemon lamd

l soporte mpirun / mpitask / mpimsg / lamclean / lamhalt / lamtrace...

l comunicación (según RPI = lamd / tcp / sysv / usysv / gm)

CPU3

Mem

CPU1

Mem

CPU2

Mem

CPU1

~/.rhosts

CPU1

~/.rhostsCPU2CPU3CPU1

$LAMBHOST

lamd lamd lamd

mn o�p q rs t uv p w u x x ry p�z {|} 7

Uso de LAM

mpicc

~ wrapper gcc

� gcc -I<...> -L<...> -lmpi -llam ...

mpirun

� -c/-np #procesos

� -ssi <servicio> <variante>

� -ssi rpi tcp

� nomenclaturas N y C

� N n0-3 c4,6-8

� mpirun -c 2 ppong

� comunicador: grupo procesos arrancados juntos (MPI_COMM_WORLD)

CPU3

Mem

CPU1

Mem

CPU2

Mem

ppongCPU2CPU3CPU1

$LAMBHOST

mpirun ppong ppong

ppong

�� 8

Uso de LAM

lamclean

� limpia cola mensajes/procesos

� como si lamboot reciente

lamhalt

� elimina daemons lamd

� como antes de lamboot

otras utilidades

mpitask, mpimsg

lamexec, lamgrow, lamshrink, lamtrace

CPU3

Mem

CPU1

Mem

CPU2

Mem

lamclean

�� ¡¢ � £ ¡ ¤ ¤ �¥ ��¦ §¨© 9

Programación MPI

ª« ¬� ® ¯° ± ²³ ´ ² µ µ ¯¶ �· ¸¹º 10

Las 6 llamadas MPI básicasMPI_Init

int MPI_Init(int *pargc, char ***pargv)

MPI_Comm_rankint MPI_Comm_rank(MPI_Comm comm, int *rank)

MPI_Comm_sizeint MPI_Comm_size(MPI_Comm comm, int *psize)

MPI_Sendint MPI_Send(void *buf, int count, MPI_Datatype dtype, int dest, int tag, MPI_Comm comm)

MPI_Recvint MPI_Recv(void *buf, int count, MPI_Datatype dtype, int src, int tag, MPI_Comm comm,

MPI_Status *stat)

MPI_Finalizeint MPI_Finalize(void)

»¼ ½�¾ ¿ ÀÁ Â ÃÄ ¾ Å Ã Æ Æ ÀÇ ¾�È ÉÊË 11

Programación MPI (cont.)

mpicc -o trivial trivial.cmpirun -c 2 trivial

Ì rank 0 a CPU2, rank 1 a CPU3 CPU3

Mem

CPU1

Mem

CPU2

Mem

CPU2CPU3CPU1

$LAMBHOST

mpirun trivial trivial

ÍÎ Ï�Ð Ñ ÒÓ Ô ÕÖ Ð × Õ Ø Ø ÒÙ Ð�Ú ÛÜÝ 12

Interés de MPI

Biblioteca de alto nivel para paso de mensajes

Þ libera al programador C de aprender sockets TCP/UDP, shm, etc

driver tarjeta red

MPI / daemon LAM

biblioteca MPI

aplicación MPI MPI_Send(buf, cnt, typ, dst, tag, comm)

lamreqs.c: RPI_ADVANCE(lam_rq_top, TRUE)

outw(StartDMADown, ioaddr + EL3_CMD)

send.c: lam_send(buf,cnt,typ,dst,tag,comm,LAM_RQISEND)lamsend.c: err = _mpi_req_advance()

lam-ssi-rpi.h: lam_ssi_rpi.lsra_advance(rq_top, fl_block)...ssi-rpi-tcp.h: int lam_ssi_rpi_tcp_advance(MPI_Request, int)ssi_rpi_tcp.c: add_write(req->rq_proc->p_rpi, req)

Sistema Operativorpi_tcp_low.c: r = write(sock, buff, nbytes)

ßà á�â ã äå æ çè â é ç ê ê äë â�ì íîï 13




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

ðñ ò�ó ô õö ÷ øù ó ú ø û û õü ó�ý þÿ� 14

Octave

Entorno de cálculo científico

cada vez más ~ MATLAB

� diferencias en “accesorios”

� GUI, gráficos, toolboxes...

� Simulink, Compiler, RTW...

� soporte SourceForge

� ritmo versionado abrumador

fuente autoconf, paquetes...

MATLAB “libre”

en el sentido GNU GPL

�� 15

Octave: entorno interpretado

M-filesinterpretadosprototipado rápidosalvar y ejecutar

.oct-filescompilados (C++, -ldl)más bajo nivel (API)

� computación intensiva

� acceso a bibliotecas

� control hardware

� import/exportación datos

M-file

g++

fuente C++.oct

try-and-error interactivodebugger integrado (dbstop)

paso intermedio compilar/linkarejecutar entonces desde Octave

depuración más complicadarequiere más habilidades

�� ! "# $ %& ' % ( ( ") �* +,- 16

Programación Octave

./ 01 2 34 5 67 1 8 6 9 9 3: 1�; <=> 17

API Octave

Biblioteca para crear .oct

? fuente C++

@ llamadas API Octave

A wrapper g++: mkoctfile

B -I<...> -L<...> -loctave -lblas ...

C fichero .oct invocable Octave

no documentada, muy volátil

D software apoyo doxygen

E tutoriales Wiki / OctaveForge

F DaCoda, OF Developer Guide

GH IJ K LM N OP J Q O R R LS J�T UVW 18

Programación API Octave

XY Z[ \ ]^ _ `a [ b ` c c ]d [�e fgh 19




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

ij kl m no p qr l s q t t nu l�v wxy 20

DEFUN_DLD(MPI_Barrier, args, nargout,“texto ayuda”){MPI_Comm comm = (MPI_Comm) args(0).int_value();int info = MPI_Barrier(comm);return octave_value(info);}

MPITB

Interfaz DLD (.oct-files) a LAM/MPI

z 1 fichero .oct por cada llamada MPI

Sistema Operativo

API Octave

.oct-file

intérprete Octave >> info = MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)

MPI lib

write(sock, buff, nbytes)

{| }~ � �� ~ � � � � �� ~�� 21

MPITB

Toolbox: colección de ficheros .oct (157 )

� y ficheros .M (85), utilidades .M (12), startups (6)

� y 4 directorios de ejemplos, y ficheros README / TUTORIAL

Red

Sistema Operativo

Octave MPI

aplicación MPIMPITB

aplicación Octave

�� 22

Historia: PVMTB, MPITB/MATLAB...

� ¡¢ £ ¤¥ ¦ §¨ ¢ © § ª ª ¤« ¢�¬ ®¯ 23

Historia: MPITB/Octave

°± ²³ ´ µ¶ · ¸¹ ³ º ¸ » » µ¼ ³�½ ¾¿À 24

Historia: accesos

MPITB / MATLAB:

16680 Febrero 2000

PVMTB / MATLAB:

13398 Febrero 2000

MPITB / Octave:

2858 Abril 2004

2 artículos

ÁÂ ÃÄ Å ÆÇ È ÉÊ Ä Ë É Ì Ì ÆÍ Ä�Î ÏÐÑ 25




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplos

Aplicaciones

Conclusiones

ÒÓ ÔÕ Ö ×Ø Ù ÚÛ Õ Ü Ú Ý Ý ×Þ Õ�ß àáâ 26

Diseño

No tan sencillo como se ha dado a entender

ã 157 llamadas => reutilizar código

Criterios

ä 1 .oct-file por llamada MPI

å excepciones: 2 grupos comparten implementación .cc

æ MPI_Keyval_create / _free / MPI_Attr_put

ç MPI_Errhandler_free / _create

è 1 macro patrón de llamada por cada comb. nº/tipo args

é 1 bloque constructivo para cada sección código repetida

ê ficheros #include segregando macros/bloques por función

ëì íî ï ðñ ò óô î õ ó ö ö ð÷ î�ø ùúû 27

1 oct-file por función / patrón llamada

üý þÿ � �� ÿ � � � � �� ÿ �� 28

patrones / #include

�� 29

bloques segregados por uso

! "�# $ %& ' () # * ( + + %, #- ./0 30

bloques muy frecuentes: mpitb.h

12 3�4 5 67 8 9: 4 ; 9 < < 6= 4> ?@A 31

referencias cruzadas

Facilitan mantenimiento

B Octave cambia de versión muy rápidamente

C cambios importantes API

Ej: oct-2.1.50 -> 2.1.57

D cambió representación interna structs

E requirió cambios en 6 líneas MPITB

F afectando 3 fich.cc y 1 fich.h

criterios: no duplicar trabajo

G no mantener 157 ficheros .cc

H no código duplicado -> bloque

I editar bloque afecta a todos .cc

MPI_Send

PATN_F_B2IC

BLCK_B2IC RET_1_ARG

NARGCHK

BLCK_ONESYM

BLCK_ONEINTBLCK_ONECOM

get_MPI_Buff

DECL_BUF_VARS

JK L�M N OP Q RS M T R U U OV MW XYZ 32




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

[\ ]�^ _ `a b cd ^ e c f f `g ^h ijk 33

Utilidades MPITB

12 M-files para las tareas más comunes

l “sugerencias de diseño” para aplicaciones paralelas Octave

de “protocolo”

m LAM_Init (nslaves, rpi, hosts)

n [children] = Octave_Spawn (nOctaves, infokey)

o NumCmds_Init (ncmd, qflg, tag, dbug)

p NumCmds_Send(nams, vals)

de “instrumentación”

q init_stamp(n) save_instr print_stamp classstamp

r time_stamp('name') load_instr last_stamp discripar

st u�v w xy z {| v } { ~ ~ x� v� �� 34

LAM_Init (nSlv, rpi, hosts)

Usualmente siempre se usa el mismo cluster

� facilitar al máximo tareas externas a Octave: lamboot/lamhalt

fijar los nombres de los ordenadores a utilizar (hosts)

� como argumento a LAM_Init

� editando lista incorporada en LAM_Init

� obteniéndola del ámbito global

� tras LAM_Init, exportar a global hosts y nSlv (=length(hosts)-1 ?)

si no coincide (nslv, rpi) con el lamboot en curso

� parar lam (lamhalt)

� limpiar .oct-files LAM de memoria (permite MPI_Init de nuevo)

� iniciar lam (lamboot)

M-file: 236 líneas , usando system('lamboot'/'lamhalt')

�� 35

[chld]=Octave_Spawn (nOct, infokey)

Usualmente se usan todos los hosts

� o la serie [1..nSlv] cuando se hace un estudio de escalabilidad

arrancar Octaves esclavos con MPI_Comm_Spawn

� por defecto nOct=nSlv=length(hosts)-1, último host maestro

� _Comm_spawn utiliza hosts round-robin (por eso maestro último)

infokey permite iniciar spawn desde nodo/cpu concreta

¡ tras Octave_Spawn, exportar a global nOct

¢ MPI_Comm_spawn es colectiva, requiere control startup MPI_Init

protocolo para unir intercomunicadores

£ MPI_COMM_WORLD de maestro ≠ hijos (chld)

¤ unir ambos (tamaño nOct+1) (maestro rank 0) para comunicarse

¥ MPI_Intercomm_merge es colectiva, requiere control startup

¦§ ¨�© ª «¬ ®¯ © ° ® ± ± «² ©³ ´µ¶ 36

Arrancando Octaves esclavos

Control startup:

· octave ejecuta .octaverc -> linkar a octaverc_MPITB.m

¸ discriminar esclavos por variable entorno LAMPARENT

NET

OS

octave

MPITB

.octaverc

<añadir path a MPITB> )if ~isempty(getenv(‘LAMPARENT’))

startup_mergeParentend

info=MPI_Init;[info parent]=MPI_Comm_get_parent;[info NWORLD]=MPI_Intercomm_merge

(parent,1);MPI_Errandler_set(NWORLD,RETURN);

octaverc_MPITB.m

startup_mergeParent.m

¹º »�¼ ½ ¾¿ À ÁÂ ¼ Ã Á Ä Ä ¾Å ¼Æ ÇÈÉ 37


lamboot/MPI_Init:

Ê facilitado por la utilidad LAM_Init (236 líneas M)

NET

OS

octave

MPITB

LAM_Init(1,'tcp',{'B','A'})

NET

OS

lamdlamd

host A host B

ËÌ Í�Î Ï ÐÑ Ò ÓÔ Î Õ Ó Ö Ö Ð× ÎØ ÙÚÛ 38


arrancar procesos Octave esclavos:

Ü facilitado por la utilidad Octave_Spawn (68 líneas M)

Ý startup esclavos discriminado por LAMPARENT

NET

OS

octave

MPITB

Octave_spawn(1)

NET

OS

lamd

startup_merge.m

lamd octave

MPITB

LAMPARENT

Þß à�á â ãä å æç á è æ é é ãê áë ìíî 39


intracomunicador

ï queda definido NEWORLD con ámbito global

ð en maestro por Octave_Spawn (en esclavos por startup_merge.m)

NET

OS

octave

MPITB

Octave_spawn(1)

NET

OS

lamd

MPI_Init;_Comm_get_parent;_Icomm_merge(par)_Errhandler_set

lamd octave

ñò ó�ô õ ö÷ ø ùú ô û ù ü ü öý ôþ ÿ� � 40


necesidad protocolo

� usualmente, esclavo no va a ser utilizado interactivamente

� protocolos sugeridos: Bcast (1 comando), NumCmds (N cmds)

NET

OS

octave

MPITB

NumCmds_Init(...)_Send(N,V)

NET

OS

lamdlamd octave

MPITB

MPI_Recv/_Unpack/eval(cmd)NUMCMDS

QUITTAG

DEBUGvars/cmd

...vars/cmd

�� 41




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

�� ! � " " �# ��$ %&' 42

test ping-pong, protocolo Bcast

() *�+ , -. / 01 + 2 0 3 3 -4 +�5 678 43

test ping-pong (cont)

9: ;�< = >? @ AB < C A D D >E <�F GHI 44

test ping-pong (cont)

JK L�M N OP Q RS M T R U U OV M�W XYZ 45

[\ ]�^ _ `a b cd ^ e c f f `g ^�h ijk 46

Cálculo de пIntegrando arctan'(x)

11+x2

⌠ 1⌡ 0

dx = arctan(x) =1

0

π 4

lnm o pq rs tvu t p txw y p

z|{ }�~ ��

� ��

� ��

¡ ¢ £ ¤ �

¥�¦ § ¨© ª© «v¬ © ® ¯ © ° ª ± ²³

´ µ ¶· ¸ ¹�º » ¼ ½ ¾· ¿À ÁvÂ

ÃÄ Å ¸ µ ÆÇº ¹ È ¶É º ¹ ¸ ´ ½ ´ ¼ Â

ÊË ÌÎÍ ÏÐ ÑÒ ÓÕÔ Ö Ò Ó × Ø�Ù ÚÛ Ü ÝvÞ

código paralelo

ßà á�â ã äå æç èâé ç ê ê äë â�ì íîï 47

Cálculo de п

Embarazosamente paralelo

ð enviar N (i=MPI_Comm_rank, C=_size), recibir suma parcial

ñ tiempo medido desde datos enviados hasta π calculado

ò protocolo Bcast

enviar i/C/N cálculo remoto recv suma / acumular

óô õ�ö ÷ øù úû üöý û þ þ øÿ ö�� 48

Cálculo de п

código MPITB (partes de Mast.m / Work.m)

MPI_Barrier(NEWORLD);tic

Psum=0; Sum=0;

for numt=1:C MPI_Recv(Sum,MPI_ANY_SOURCE,...

TAG,NEWORLD); Psum=Psum+Sum;end Psum=Psum/N;

T=toc;

MPI_Barrier(NEWORLD);

[info rank]=MPI_Comm_rank(NEWORLD);

width=1/N; lsum=0; i=rank-1:C:N-1; x=(i+0.5)*width; lsum=sum(4./(1+x.^2));

MPI_Send(lsum,0,TAG,NEWORLD);

�� 49

�� ! � " " �# ��$ %&' 50




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

() *+ , -. / 01 + 2 0 3 3 -4 +�5 678 51

Test de prestaciones

ping-pong: send-recv repetidamente, variando tamaño

9: ; <= >

for SZ=0:ND-1 array=zeros(SZ,1); MPI_Barrier(WORLD);

for i=1:NTIMES MPI_Recv(array,0,TAG,WORLD); MPI_Send(array,0,TAG,WORLD); end

clear arrayend

for SZ=0:ND-1 array=zeros(SZ,1); MPI_Barrier(WORLD); T=clock; for i=1:NTIMES MPI_Send(array,1,TAG,WORLD); MPI_Recv(array,1,TAG,WORLD); end T=etime(clock,T); Data(SZ+1).time=T/2/NTIMES; clear arrayend

?@ AB C DE FG HBI G J J DK B�L MNO 52

Prestaciones“Performance of parallel toolboxes”, VecPar'02, Porto

Latencia 1.8x

Overhead 20%@ 1500B

PQ RS T UV WX YSZ X [ [ U\ S�] ^_` 53

Análisis WaveletVersiones color(3x)/grises(4x), con/sin servidor

a�b ced fg ceh b d ij ig ceh i

k l m n l o m p q r

s q t q r l r u

vd b w x ceh b y h c h

B/W

RGB

B/W

RGB

z { | } ~{ �

}z �

� � ~ �{ �

�� 54

cluster oxigeno

switch BayStack 100Mbps8 Pentium II + servidor

� 333MHz, 128MB, no HD

� 400MHz, 128MB, 14GB

�� ¡ �¢ �¢� �£¤¥ ¦� �¢�§ £ £� ¨©ª ¦� � �� ¡ �¢ �¢� � £¤¥ ¦� �¢� § £ £� ¨©ª ¦� �

«¬ ®¯° ««¬ ± «¬ ² «¬ ³ «¬ ´

«¬ µ «¬ ¶ «¬ · «¬ ¸

«¬ ¹º» ¼½

¾¿ ÀÁÂ ÃÄ ÅÆÇ ÁÈ Æ É É ÃÊ Á�Ë ÌÍÎ 55

Algoritmo paralelo no trivial (4x)

2↓1

2↓1

2↓1

2↓1

1↓2

1↓2

1↓2

1↓2

ÏÐÑÒÓÔ ÔÔÕ ÓÔÖ×Ø ÐÒÙ ÔÚÛÜÝ ÛÞ Ô ÏÐßà×Ø Ôá × Ù Ôâãäå ß Ð ÏÏÐÑÒÓÔ ÔÔÕ ÓÔÖ×Ø ÐÒÙ ÔÚÛÜÝ ÛÞ Ô ÏÐßà×Ø Ôá × Ù Ôæ ã âå ß Ð ÏÏÐÑÒÓÔ ÔÔÕ ÓÔÖ×Ø ÐÒÙ ÔÚÛÜÝ ÛÞ Ô ÏÐßà×Ø Ôá × Ù Ôâãäå ß Ð ÏÏÐÑÒÓÔ ÔÔÕ ÓÔÖ×Ø ÐÒÙ ÔÚÛÜÝ ÛÞ Ô ÏÐßà×Ø Ôá × Ù Ôæ ã âå ß Ð Ï

çè éêë ìí îïð êñ ï ò ò ìó ê�ô õö÷ 56

Prestaciones (ASTC-HPC'01, Seattle-WA, USA)

øùûúü ýÿþ � �� ø� � �� ø �

��

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pq rs�t u vw

(9.16s)

(14.6s)

xy z{ |2} ~ �� x� � �� x �

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áâ ãä�å æ çè

(27.43s)

(44.06s)

éê ëíì î ïð ñ òó ì ô ò õ õ ïö ìø÷ ùúû 57

Control del pH

üþý

ÿ�� ÿ� ü � � �� ü� � �� ü�� ü � � � �� !" # $�% &(') * ' " # # $ ! *) ! % +-, . /0 ' . 1) ' .) +-2 $ ! * 3) ! /') +�4 ') 5 + 0 # . 6

789 : ;9

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® ¯i°± ²³ ´µ¶ °· µ ¸ ¸ ²¹ °»º ¼½¾ 58

Prestaciones

¿ÁÀ

ÂÃ ÂÄ ÂÅ Æ ÇÈÉ È Ê Æ Ç ÈÉ È ËÌÁÍ

ÎÏ ÎÐ ÎÑ Ò ÓÔÕ Ô Ö Ò ÓÔ Õ Ô × ØÙ ÚÛ Ü ÝÞ ßà Øá Ø Ø ØÙ Ø Ú ØÛ Ø Üá ØÙ ÚÛ Ü ÝÞ ßà Ø áØ ØØÙ Ø ÚØÛ Ø Ü

á ØÙ ÚÛ Ü ÝÞ ßà Ø á Ø Ø ØÙ Ø Ú ØÛ Ø ÜáÜ áØ á áØ Ü áÙ á áÙ Ü áÚ á áÚ Ü á

Û á áÛ Ü áÜ á áÜ Ü áÝ á áÝ Ü áÞ á áÞ Ü á

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'(*) +,-. /. 0 /1 23 4 256 78 96 1

' () + ,- . /. 0 /:; 3 4 2 56 78 96 1' () + ,- . /. 0 / 1 23 4 2 56 78 96 1

<= >@? A BC D EF ? G E H H BI ?KJ LMN 59

NanoElectrónica

OQP RTS UV WX YZ [\ X ] ^_X Ya` b Oc de f f fhg i c i j kl m c ] no Z W pS Z g qc ` b Oc

rs tu t v vxw vy{z t |y~} � } � � t �} � �� y �� t � � �� } �xw � �y �� v� � |w u �

�� @� � �� K¡ ¢£¤ 60

cluster superman

¶· ¸@¹ º »¼ ½¾ ¿¹À ¾ Á Á »Â ¹KÃ ÄÅÆ 62

modelo nanoelectrónico

ÇÈ É@Ê Ë ÌÍ ÎÏ ÐÊÑ Ï Ò Ò ÌÓ ÊKÔ ÕÖ× 63

Prestaciones

ØÚÙ ÛÜÞÝ ßà

ØÚÙ Û ÛÝ Ûà

ØÚÙ áâ Ý ãà

Ø äåçæ å Øè æ åçé ê á ÛÝ ëà

ìí î@ï ð ñò óô õïö ô ÷ ÷ ñø ïKù úûü 64

Econometría

ý þxÿ �� ÿ ��

�� !"$# %& �& " " � " � '( ( )� * � � ' '( ) %+ *& * � ( � ,

-. / -0 1 / - 0 23 4 -5 - / / 2 /6 78 9 9 :$;

<>= ? @= AB C D ?

E F @G H G ? I G J @K D=L M GON IP QN R I ITS = L = M K M G ?

UV WYX Z [\ ]^ _X` ^ a a [b Xdc efg 65

Prestaciones

hi jYk l mn op qkr p s s mt kdu vwx 66




MPITB (MPI Toolbox)

Diseño

Utilidades

Ejemplo

Aplicaciones

Conclusiones

yz {Y| } ~� �� |� � � � ~� |d� �� 67

Conclusiones

Octave / LAM / MPITB son libres

� clusters cada vez más comunes

� HPC abierta a mayor audiencia

Octave/MPITB, entorno científico HPC

� rápido aprendizaje MPITB / utilidades (incluso docencia)

� utilidades son M-files, se puede contribuir / modificar / reutilizar

� rápido prototipado aplicaciones (incluso investigación)

� overhead mínimo, no hay otra Toolbox Octave comparable

� MPITB ya era la mejor para MATLAB, comparando con otras

� eficiencia según granularidad aplicación, hasta 101x con 120 nodos

http://atc.ugr.es/javier-bin/mpitb

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