Propiedades de regiones eucromaticas y heterocromaticas
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Propiedades de regiones eucromaticas y heterocromaticas
Heterocromatina Facultativa (fHC) retiene el potencial de pasar a eucromatina
Cambios dinámicos entre varios estados de la cromatina
Arquitectura nuclear: distribución de zonas de distintas densidad cromatinica
corte retina Tinción DNA
cromocentros y lamina nuclear
Zonas de alta densidad en cromatina condensada
En bastones hay un solo cromocentro en el centro del núcleo
En las demás células varios cromocentros y una lámina perinuclear
Distribución de bandas C, G y R
C: Major satellite repeats (MSR)
G: L1 (major class of long interspersed repeats)
R: B (major class of short interspersed repeats in euchromatin)
Conos Células ganglionares fibroblastos
Arquitectura nuclear: distribución de zonas de distintas densidad cromatinica
Arquitectura nuclear: distribución de genes
genes silenciosos
genes activos
genes housekeeping
cromocentros
lamina DAPI
En células ganglionares los genes están subrepresentados en la superficie nuclear, mientras que en bastone están enriquecidos en la periferia
El locus de la -globina de gallina
HS constitutivo
Eucromatina o heterocromatina: diferente HS a la DNAsa I
LCR: Locus control region
Estos elementos son reguladores (enhancers) transcripcionales complejos que regulan la expresión de genes que se expresan ordenadamente durante el desarrollo o diferenciacion. Los LCRs se caracterizan por tener múltiples DHS (DNAseI hipersensitive sites). Se distinguen de los enhancers por su capacidad de conferir a un transgen un nivel de expresión independientemente de la posición donde se inserte y proporcional al numero de copias
Se atribuye a los LCRs un rol dominante en la apertura de la cromatina, una fuerte actividad enhancer y la capacidad de establecer dominios de modificación de histonas.
b t
b b b
b
b
t
DNAsa I HS en el locus de la -globina de gallina
b: bazo
t: timo
kb
NF-M murine neurofilamente gene inactivo
Análisis de la sensibilidad generalizada a la DNAsa I durante el desarrollo
expresión DNAsa I
DNAseI-chip method
para estudiar la distribución genómica de
DHS
hibridar simultaneamente con una biblioteca formada por un DNA cortado al azar, sin haber tratado con DNAsaI
Identificación a escala genómica de sitios de DHS en células CD4+ T
Correlacion DHS (celeste) con nivel de expresionDistribución de la posicion de los DHS
Ubicación de los DHS alrededor del TSS
Localizacion de las mono-, di- y tri-metilaciones en K9 en células MEF
3mK9 localiza en regiones pericentromericas
2mK9 y 1mK9 localizan en regiones eucromaticas
HMT G9a dirige las mono- y di-metilaciones en K9
HMT Suv39h1 y Suv39h2 dirigen las trimetilaciones en K9
DN: doble mutante
Arquitectura nuclear: distribución de las modificaciones de histonas
marcador de eucromatina marcadores de heterocromatina
Cambios en las modificaciones de histonas al pasar de eu a hetero cromatina
HP1 y sus interacciones
WT anti-HP1 DAPI anti-HMT
myc3-SUV39H1 -- myc3H324L mutante inactiva de SUV39H1
mapeo de alta resolucion de la localizacion de Swi6 (HP1) en el locus Mat de S.pombe
Distribución de la H3-K9 metilada en el locus Mat
Distribución de la H3-K4 metilada en el locus Mat
Distribución de Swi6, H3-K9 met o H3-K4 met en el locus Mat al delecionar los elementos aislantes
Distribución de las proteínas de ClrC
Cul4
Rik1
Raf1
Raf2
Rbx1
Clr4
Clr4 HMT escribe y lee
cromo domain
SET domain
Clr4
Figure 7 Model showing RNAi-mediated nucleation and spreading of heterochromatin. RNAi factors such as RITS, RDRC and Dicer, involved in processing of repeat transcripts (red line) into siRNAs, are required for targeting of ClrC to the heterochromatic repeats. siRNA-bound Ago1 is likely to specify the targeting of RITS to nascent repeat transcripts. RITS then facilitates ClrC loading. Rik1 might also directly associate with the repeat transcript and/or some part of the elongating RNAPII complex, thus promoting ClrC loading to nucleate heterochromatin. After the initial methylation of H3K9 by ClrC, Clr4 bound to H3K9me could modify adjacent nucleosomes creating additional binding sites for ClrC and other chromodomain proteins including Swi6 and Chp2 (HPs), which in turn mediate recruitment of factors such as SHREC, thereby promoting higher-order chromatin organization. Swi6 could further contribute to long-range heterochromatin spreading by promoting higher-order chromatin organization by forming oligomers and stabilizing the ClrC binding to chromatin. Boundary DNA elements block inappropriate spreading of heterochromatin into euchromatic regions. Green flag, histone acetylation; red lollipops, H3K9me
Modelo de nucleación y propaganción de heterocromatina