Guia d’ús avançat - v. 3

Duració: 29’13/04/2016

PUBMED permet l’accés gratuït a 25 milions de cites de bases de dades bibliogràfiques de ciències de la salut, etc. MEDLINE, la principal font de la National Library of Medicine dels Estats Units, comprèn 19 milions de referències d’articles de revistes publicades des de 1946 fins a l’actualitat, el 91% en anglès.My NCBI permet personalitzar l’ús de PUBMED gravant perfils d’interès, i agregar alertes al nostre correu-e per a seguir temes actuals.La llista amb els resultats de PubMed no inclou el text complet de l’article. Si més no, la vista Abstract mostra enllaços al text complet de l’editor o el distribuïdor de les revistes.L’accés al text complet pot requerir una subscripció.Algunes revistes s’ofereixen en accés lliure.

Recomanem usar els navegadors Mozilla Firefox o Google Chrome. PubMed no funciona amb Internet Explorer.

Quan escrivim en el quadre de cerca el sistema mapeja i ens suggereix múltiples propostes d’autoescriptura.

Triem la que més s’ajusta amb el cursor.

Introduïm el terme o la frase en la finestra de cerca i cliquem el botó SEARCH

Hem ordenat els resultats per rellevància però també es podrien haver ordenat cronològicament, per data de publicació

Podem usar operadors lògics (AND, OR, NOT), en majúscules sempre, per orientar la cerca:

percutaneous transluminal angioplasty AND (renal OR kidney)

PubMed preveu la cerca d’articles usant filtres que són molt habituals: tipus d’article, idioma, dates de publicació,...

Hem marcat el filtre per limitar la cerca prèvia als darrers 5 anys i el resultat és més petit.

Cerca avançada

Els registres de Pubmed estan de forma latent formats per uns camps característics que són directament interrogables.

Camps latents característics de PubMed (format MEDLINE) Una etiqueta els identifica (AU per autor, etcètera)

L’opció Avançada/Advanced serveix per:1. Cercar per autors, revistes, etc. (camps concrets)2. Cercar a través dels descriptors MeSH (Medical

Subject Headings)3. Consultar col·leccions específiques com el subset

de Cancer, sida, bioètica, o l’àrea de Clinical Queries

En la finestra del Search builder podem obtenir amb els menús desplegables tots els noms dels camps i consultar l’índex de cada camp.

L’índex s’obre per la paraula o frase més aproximada a la paraula que hem teclejat en el Search Builder. En 7689 registres apareix la seqüència “vall d’hebron”. Amb el cursor podem marcar-la i clicant el botó “Search” aconseguiríem visualitzar una llista amb els resultats.

Mitjançant el Search Builder i els índexs podem anar incorporant elements a la finestra de cerca i combinar-los. Després el botó Search ens porta als resultats.

Una cerca a través dels descriptors MeSH (Medical Subject Headings) ens permet capturar informació d’una manera més consistent, més metòdica i més rigorosa.

El thesaurus de MeSH conté uns 26.000 termes i s’actualitza cada any.

Podem consultar la base de dades de MeSH i els detalls referents a cada descriptor o bé usar l’índex corresponent directament.

Un MeSH Major Topic és un MeSH Term que està marcat amb un asterisc (*) i que es considera un tema principal de l’article. En l’exemple veiem que “Asthma” és un Major Topic de la publicació i que a més a més porta el MeSH subheading “Rehabilitation”. Els termes sense asterisc és que són secundaris.

També podem fer la mateixa cerca des de MeSH Database

Visualitzacióde resultats

Els articles d’accés gratuït s’indiquen amb l’expressió “Free article”També podem veure en aquesta presentació o vista “Summary” l’idioma original de la publicació.

En la vista “Abstract” tenim més informació. Per exemple si l’Hospital té accés a determinades publicacions per subscripció, etc. ho distingim pel logo.

Vista “Abstract”

Text complet

Captura de registres

My NCBI

My NCBI és un instrument de PubMed que permet que ens registrem i així retenir la informació recollida per un usuari amb les seves preferències.

Obrir un compte en My NCBI és gratuït

Existeix l’opció d’usar el nostre compte de Google si no volem crear un compte nou.

Quan volem conservar un conjunt de registres bibliogràfics en PubMed podem fer-ho amb la funció Clipboard, que només ens deixa retenir fins a 500 registres i es perden si estem inactius 8 hores seguides.La funció Collections és pel contrari per a usuaris que s’han registrat a My NCBI i permet conservar indefinidament una o vàries col·leccions de registres, i a més a més compartir-les, marcar favorits, etc. No hi ha límit de col·leccions.

Podem compartir una col·lecció de registres configurant-la com a “pública” i proporcionant la URL o enllaç directe a col·laboradors nostres.Podem veure que es pot generar un arxiu de text o de base de dades (csv); també podem depurar registres, afegir, etc.

Tenir un compte en My NCBI també ens permet gravar una cerca (la seva estratègia) per a poder-la executar en el futur.

La funció Save Search genera un formulari on podem inscriure les nostres preferències per a rebre continuadament els resultats que es van incorporant a PubMed sobre el nostre tema en un correo-e personal.

Per últim, una altra funció de My NCBI útil és My Bibliography, dissenyada específicament per a guardar registres d’un autor com a tal i editar-los en llistes.

Captura de registres

Podem capturar els resultats de la cerca, sigui a partir de la llista total, sigui fent una selecció de la llista marcant els botó de selecció

Quan enviem registres a una adreça de correu-e no podem enviar més de 200 registres per missatge, però es poden enviar per fraccions, de 200 en 200.

La icona de Zotero en la barra d’adreces ens permet guardar un article o uns resultats en el nostre gestor bibliogràfic

Amb el botó WEB IMPORTER (WI) de Mendeley a la barra d’adreces guardem un article o uns resultats en el nostre gestor bibliogràfic.

Altres funcions

Enllaç permanent a un article

Una forma de crear un enllaç permanent a un registre és amb un URL que contengui l’expressió http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ i el número PMID. P.e.:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19010894

L’ octubre de 2010 PubMed va incorporar imatges en els articles que pertanyen a les publicacions de Pubmed Central, de lliure accés

PubMed ofereix diversos canals RSS per a obtenir fàcilment informació continuada sobre un tema, etc.

Més informació:

Canese K, Weis S. Pubmed: The Bibliographic Database. In: The NCBI Handbook [Internet] 2nd ed. Bethesda: National Center for Biotechnology Information, 2013 [citat 16 de març de 2016] Accessible a: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK153385/

Elaborat per: Marta-R. Domínguez Senramrdominguez@vhebron.net