Tutorial para correr matriz de Brooks etal1994 en TnT
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Abrimos la matriz en formato TNT
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Si el archivo se encuentra en el formato correcto, nos dará un mensaje como este.
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Podemos ver la matriz con este comando
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También podemos usar el Block de notas o Notepad.
Aquí se notan los comandos para ver los nombres de caracteres y sus estados.
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Ahora vamos a realizar una búsqueda para < 15 taxa (Enumeración implícita). En este caso se evalúan TODOS los posibles arboles dicotómicos.
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Una vez realizada la búsqueda, se aprecia la longitud y número de árboles más parsimoniosos.
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Ahora podemos ver el o los árboles más parsimoniosos.
Y podemos apreciar los caracteres sobre el mapa y las reconstrucciones de cada estado:
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Este comando nos muestra las sinapomorfías en el árbol.
Recuerden que los caracteres se cuentan a partir de el 0 (y no 1).
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S y na p o mo r p h i e s f o r t r e e 0
Al l i g a t o r
T u r t l e
S n a k e
L i z a r d
B i r d
Ma mma l
Amp h i b i a n
7 , 8
0 , 4
9
1 , 2 , 3
1
5
5 , 9
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Este comando nos muestra las reconstrucciones de cada estado por carácter.
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T r e e 0 , c h a r . 0 ( 1 s t e p s ) - S k u l l _ j o i n t
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nT woO neAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 1 ( 2 s t e p s ) - Hi n d _ d i g i t s
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n> = _ 4< = _ 4Au s e n tAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 2 ( 1 s t e p s ) - Gi z z a r d
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nAu s e n tP r e s e n tAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 3 ( 1 s t e p s ) - B l a d d e r
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nP r e s e n tAu s e n tAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 4 ( 1 s t e p s ) - Wa s t e _ t y p e
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nUr e aUr i cAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 5 ( 2 s t e p s ) - Me t a b o l i s m
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nEc t oEnd oAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 6 ( 1 s t e p s ) - Eg g
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nAu s e n tP r e s e n tAmb i g u o u s
![Page 18: Tutorial para correr matriz de Brooks etal1994 en TnT](https://reader033.fdocuments.es/reader033/viewer/2022052700/55a0e7451a28abfa238b47e9/html5/thumbnails/18.jpg)
T r e e 0 , c h a r . 7 ( 1 s t e p s ) - He mi p e n i s
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nAu s e n tP r e s e n tAmb i g u o u s
![Page 19: Tutorial para correr matriz de Brooks etal1994 en TnT](https://reader033.fdocuments.es/reader033/viewer/2022052700/55a0e7451a28abfa238b47e9/html5/thumbnails/19.jpg)
T r e e 0 , c h a r . 8 ( 1 s t e p s ) - Q u a d r a t e _ f u s i o n
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a nP r e s e n tAu s e n tAmb i g u o u s
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T r e e 0 , c h a r . 9 ( 2 s t e p s ) - T e mp o r a l _ h o l e s
Al l i g a t o r
T u r t l e
S na k e
L i z a r d
Bi r d
Ma mma l
Amp h i b i a n012Amb i g u o u s