InstalacióndeGromacs,Avogadro,VMDyungraficadorenMac.Autor:Dr.JoséGuillermoMéndezBermúdez1.IntalacióndeGromacs.Para la instalación de este paquete se necesita que la máquina tenga instaladoMacPorts.Parasaberqueestainstaladosolounotienequeteclearenunaterminal$portsiestainstalada,lessaleunaleyendaconlaversióndeportquetieneelequipo.MacPorts2.3.4Enteringinteractivemode...("help"forhelp,"quit"toquit)[Users/porpe]>Nota:Voyadarelcomandoparadesintalarport,estoesparaqueseveandesdecerocomoseinstalaport.Paradesintalarport,escribalosiguiente:$sudoport-fpuninstallinstalledledamosenter,estosolosehacecuandonosetengaPort,yaquepuededesinstalarsoftwarequeyafueinstaladoenelequipo.Ahora,parainstalarport,tenemosqueiralapáginadeinternetMacPorts

Entramosalapaginaprincipal:TheMacPortsProject-Home

NosvamosaInstallingMacPorts,partesuperiorizquierda

Uno tiene que seguir los pasos que indica en la página, instalar xcode y estar deacuerdoconlalicencia,luegoinstalarlaversióndeport.Siunonolopuedeinstalar,lopuedeinstalardespués,cuandolopidaelsistema.Para instalar laversióndeport,busquemoslaversióndenuestrosistemaoperativodenso leclicen iconodemanzanayentrarenacercadeesteMac,nosdespliega lasiguientepantalla

La versión de mi equipo es 10.9.5, es decir Mavericks, esa versión de portdescargamoseinstalamosennuestroequipo.Tardaraunosminutos.Ledamosclicalpaquetedescargadoyloinstalamos

Alterminarlainstalaciónllegaráestemensaje

AhorasipodemosinstalarGromacs$sudoportinstallgromacsalfinalsalenestasleyendas--->Installinggromacs@5.1.4_1+accelerate

--->Activatinggromacs@5.1.4_1+accelerate--->Cleaninggromacs--->Updatingdatabaseofbinaries--->Scanningbinariesforlinkingerrors--->Nobrokenfilesfound.Laúltima líneanosdicequese instalocorrectamente, líneasmásatrásnos indica laversióndegromacsinstalada,la5.1.4,paraverqueestainstaladatecleamos$gmxgrompp

YaestainstaladogromacsenMac.2.VMDParainstalarVMDunotienequeentraralapáginaoficial

Luegotenemosestapágina

EntramosaDownloadVMDenlaparteizquierdaynosaparecelosiguiente:

SeleccionamoslaversióndeVMDparaMacdisponible:MacOS X OpenGL (32-bit Intel x86) (Apple MacOS-X (10.4.7 or later) with hardware OpenGL (native bundle))

Para continuar tenemos que dar el Username (TallerDM_2017) y el Password(TallerDM_2017)y conesoes suficiente.Siunoquiere registrarse individualmentetienen uno que dar un Username y Password diferentes, luego pedirá datos delusuario

UnavezquellenamostodoslosdatosledamosclicenRegister.

Finalmenteaceptamoslostérminosdelicencia:IamJoséG.Méndez-BermúdezandIagreetothetermsofthisLicense:YempezaráabajarelVMD,unavezcompletadalaacciónseveráestoensuequipo

Ledamosclicparadescomprimiryabriráunapantalla,severáenescritoriodeestaforma:

ArrastramoselíconodeVMD1.9.3aAplicaciones

Para comprobar que esta instalado abrimos VMD desdeAplicaciones, lo cual nosdesplegará.Cerramoslanotificación.

Laformadeabrirlobienesconctrlbotónderechoyledamosenabrir

Ledamosabrir,luegonuevamenteledamosdobleclicalaaplicaciónydesplegarálosiguiente

YestarálistoparausarelVMD.3.AvogadroVamosalasiguientepágina

EntramosaGetAvogadro

LedamosclicalaversiónparaMac.Unavezquebajaseverálosiguiente

Lo abrimos y lo descomprimirá. Tendremos la siguiente pantalla desplegada(izquierda),arrastramoselíconodeAvogadroaAplicaciones

AlabrirAvogadroenAplicacionesdesplegaráunanotificación,ledamosaceptar.

Laformadeabrirlobienesconctrlbotónderechoyledamosenabrir

nuevamenteledamosdobleclicalaaplicaciónydesplegarálosiguiente

YaestalistoparatrabajarenAvogadro.4.GraficadorParaelgraficadorpuedeteclearlassiguientesopciones:

1. $sudosportinstallgrace.

2. InstalardatagraphperoestesolosepuedeadquirirenlatiendadeMAC.

3. Bajarelarchivoqtgracedelared.