Aplicaciones del paquete estadstico R en el rea de la gentica clnica

David de Ua Iglesias23 y 24 de octubre de 2014

Quin y qu hace Health in Code

Gentica clnica en cardiologa

Paquete Bioconductor

CNVs - Copy number variations

APLICACIONES DEL PAQUETE ESTADSTICO R EN EL REA DE LA GENTICA CLNICAVI JORNADAS DE USUARIOS DE R SANTIAGO DE COMPOSTELA

223/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops

Caso clnico 2. Anlisis con exomeDepth

Quin y qu hace Health in Code

Spinoff de la Universidad de A Corua que nace en 2006

Especializada en el diagnstico gentico en enfermedades cardiovasculares

Enfermedades familiares de causa gentica que afectan al miocardio

Suelen tener una presentacin clnica muy heterognea con una evolucin difcil de predecir

Diagnstico gentico y medicina individualizada Diagnstico gentico y medicina individualizada

Causa importantes de muerte sbita, especialmente en individuos jvenes

Equipo multidisciplinar formado por mdicos, bilogos, bioinformticos e informticos.

Clientes en prcticamente toda Espaa, y a nivel internacional en UK, Irlanda, Dinamarca, Italia, Israel, Grecia, Alemania, Argentina, Qatar, etc

323/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Gentica clnica en cardiologa (1 de 2)

Los test genticos son tiles

Revolucin en la prctica mdica

Muchos problemas limitan su aplicacin

Conocimiento y entorno muy complejo

En continua evolucin tecnolgica y del knowhow

Diagnstico complejo: Clnica heterognea, fenotipos solapantes, Diagnstico complejo: Clnica heterognea, fenotipos solapantes,

Imprescindible conocer las variantes y mutaciones genticas

Difcil prognosis

Posibilidad de proponer terapias adecuadas

Son enfermedades familiares! Consejo al caso ndice y a los familiares.

En Guas y Recomendaciones de la Sociedad Europea de Cardiologa

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R 4

Gentica clnica en cardiologa (2 de 2)

La NGS gran salto tecnolgico. De pocos genes al Genoma

Volumen masivo de informacin

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R 5

GenesTranscriptos

Dominiospathways

GENOMA PROTEOMA FAMILIA POBLACIN

BIOCONDUCTOR (1 de 2)

623/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

BIOCONDUCTOR (2 de 2)

Coleccin de paquetes de R para elanlisis y la comprensin de datos genmicos masivos

723/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

CNVs Copy Number Variations (1 de 3)

Lecturas del genoma y coberturas

823/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

CNVs Copy Number Variations (2 de 3)

Variantes estructurales donde un locus ve alterado su estatus de ploida aumentando su nmero de copias o disminuyendo.

Complemento al estudio convencional de variantes

Papel importante en los estudios genticos. Por ejemplo en el Sndrome de Marfan.Sndrome de Marfan.

923/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

CNVs Copy Number Variations (3 de 3)

Imprescindible normalizar

1023/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (1 de 7)

Mujer 22 aos.

A los 18 meses: Ectopia lentis/ Subluxacin del cristalino.

Escoliosis

Pectus Excavatum asimtrico Pectus Excavatum asimtrico

Ecocardiograma alterado. Cardiopata.

Posible Sndrome de Marfan (del 70 al 85% de causa gentica)

Estudio gentico NGS negativo (30 genes relacionados con enfermedad artica)

1123/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (2 de 7)

Copy Number estimation by a Mixture Of PoissonS

Un modelo para cada locus explica la cobertura a travs de las muestras.

Enfoque bayesiano. Descomposicin en copy numbers enteros y ruido.enteros y ruido.

Disponible libremente en bioconductor.

1223/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (3 de 7)

1323/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (4 de 7)

Rsamtools::countBam

1423/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (5 de 7)

1523/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (6 de 7)

1623/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (7 de 7)

Resultado Positivo. Detectada deleccin en FBN1

1723/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (1 de 8)

2 pacientes no relacionados

Fenotipo Displasia Arritmognica de Ventrculo Derecho

Estudio gentico NGS negativo (230 genes analizados)

1823/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (2 de 8)

Modelo beta-bionomial para explicar la cobertura

Seleccin de conjunto de referencia para maximizar la potencia de deteccin

Emplea libreras de bioconductor . Disponible en CRAN

1923/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (3 de 8)

2023/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (4 de 8)

2123/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (5 de 8)

2223/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (6 de 8)

2323/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (7 de 8)

2423/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (7 de 8)

Confirmada deleccin del Exn 8 de PKP2

2523/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Aplicaciones del paquete estadstico R en el rea de la gentica clnica

Muchas Gracias

Preguntas?Preguntas?

2623/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R