ANÁLISIS DE GENOMAS DE PATÓGENOS.

Patricia Landaverde

Es todo el ADN que un organismo contiene. 1920, Hans Winkler abreviatura de palabras gene ycromosoma.

Tamaño de algunos tipos de genomas

Organismo Tamaño Genoma

(pares de bases)

Fago

λ 5×104

Escherichia coli 4×106

Levadura 2×107

Caenorhabditis elegans 8×107

Drosophila melanogaster 2×108

Humano 3×109

Prueba genéticaTratamiento de enfermedadGenómica microbianaBioarqueología.Antropología Evolución PaleogenéticaFilogenómica

• Genealogia de genes• Dificultad para unir

diferentes tipos de analisis.

• Hay información que escapa a la capacidad de genes individuales “función de intrones”, arreglos genomicos, realciones epigeneticas, etc.

• Con la revolución de la tecnología, ya existen nuevas herramientas.

• ION TORRENT

http://www.iontorrent.com/

Es una plataforma de análisis de genomas en interface Unix.Unix, es un sistema adaptable y libre, de uso para redes (internet, y . . workstation, etc)

Objetivo. Comparar el resultado generado por diversos programas. Usa modelos para procariota y eucariotas.

Se utiliza la herramienta de comparación de Artemis (ACT).Se utiliza para comparar la secuencia posición y arreglos genómicos de secuencias de especies diferentes.Se analiza:

Evolución genómica y para buscar o probar modelos de genes.

Sirve para revisar y comparar la calidad de diferentes secuencias que pueden ser de la misma especie. Complicaciones en el ensablaje del genoma.Puede indicar sitios con problemas de secuenciacion o SNP.

Utiliza lenguaje de programación de DOS, UNIX y PERL (Practical Extraction Report Language).Esto debido a la cantidad de información que reta la capacidad de los programas de análisis.

Como una aplicación derivada del análisis de arreglos genómicos y presencia y ausencia de secuencias.Se espera resolvería problema de filogenia del gen vs filogenia de especie.

Permite busqueda de información de genes, blast, dominios en una proteina.Pagina de EMBL-EBI que contiene secuencias de genomas.