El Dr. Pedro Julio Collado Vides, investigador del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM – Campus Morelos y Miembro de la Academia de Ciencias de Morelos, ganador del PREMIO NACIONAL DE CIENCIAS Y ARTES 2011 en el campo IV. Ciencias Físico-Matemáticas y Naturales.

El Premio Nacional de Ciencias y Artes es, sin duda, el reconocimiento más importante que otorga el Gobierno Mexicano para enaltecer las destacadas aportaciones que mexicanas y mexicanos de excepción realizan para el desarrollo nacional. Desde 1945, la Nación expresa cada año su elevado reconocimiento a las mexicanas y a los mexicanos más sobresalientes por su obra en las letras, las bellas artes, la historia y las ciencias sociales, las ciencias exactas y la tecnología. También se hacen acreedores a este premio quienes, con sus actividades creativas o comunicativas, contribuyen a la difusión, preservación y engrandecimiento de las artes y las tradiciones populares de nuestro país. De acuerdo con la resolución del Presidente de la República, Felipe Calderón Hinojosa, con fundamento en los artículos 16 y 19, fracción V de la Ley de Premios, Estímulos y Recompensas Civiles, el galardonado con el Premio Nacional de Ciencias y Artes 2011 en el Campo IV. Ciencias Físico-Matemáticas y Naturales es el Dr. Pedro Julio Collado Vides, Investigador del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM – Campus Morelos y Miembro de la Academia de Ciencias de Morelos.

El H. Consejo de Premiación fue presidido por el Secretario de Educación Pública e integrado por el Consejo Nacional para la Cultura y las Artes; la Universidad Nacional Autónoma de México; la Universidad Autónoma Metropolitana; el Instituto Politécnico Nacional; el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología; la Asociación Nacional de Universidades e Institutos de Enseñanza Superior; El Colegio Nacional; el Fondo Nacional para el Fomento de las Artesanías; la Dirección General de Culturas Populares del Consejo Nacional para la Cultura y las Artes y la Dirección General de la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas.

Semblanza

El Dr. Julio Collado completó sus estudios de Licenciatura en Investigación Biomédica Básica en 1983, Maestría en Fisicoquímica en 1985, y el Doctorado en Investigación Biomédica (con especialidad en Biomatemáticas, 1989) en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Posteriormente, realizó una estancia de tres años en el laboratorio del Dr. Boris Magasanilk en el Departamento de Biología del Massachusetts Institute of Technology (MIT), con el apoyo de una beca posdoctoral otorgada por el Centro Internacional Fogarty. En 1992, el Dr. Collado fue reconocido como Investigador por la Fundación John Simon Guggenheim y se incorporó como Investigador Titular al Centro de Investigación de la Fijación del Nitrógeno, situado en el Campus Morelos de la UNAM en Cuernavaca.

El Dr. Collado se desempeña como Catedrático de bioinformática en la UNAM, en el área de regulación de la expresión génica en bacterias, y su trabajo ha sido reconocido tanto en México como en el extranjero. Sus principales contribuciones incluyen un modelo gramatical de regulación genética y el modelo computacional de la regulación del inicio de la transcripción en Escherichia coli contenido en la base de datos RegulonDB. Su enfoque sobre regulación genética ha contribuido a generar algoritmos para predecir operones, así como la aplicación de métodos de bioinformática para predecir promotores y sitios de pegado de reguladores transcripcionales y el análisis de la red de regulación y sus propiedades globales. Contribuyó a la anotación de la regulación del genoma completo de E.coli publicado en Science en 1997. Actualmente cuenta con cerca de 100 artículos publicados en revistas arbitradas, un aproximado de 5000 citas y más de 13 capítulos en diferentes libros. Por otro lado, el Dr. Collado ha editado dos libros con la MIT Press: "Integrative Approaches to Molecular Biology", editores. Collado-Vides J., Smith T. y Magasanik B. (1996), y "Gene Regulation and Metabolism: Post-Genomic Computational Approaches", editores. Collado-Vides J. y Hofestadt R. (2002).

Julio Collado es miembro regular de la Academia Mexicana de Ciencias, fue Presidente Fundador de la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas (2000), ha sido reconocido con el Premio Universidad Nacional en Investigación en Ciencias Naturales 2004, y con el premio Scopus Elsevier 2007 por las numerosas citas a sus publicaciones. Asimismo, su laboratorio es responsable del Nodo Mexicano de EMBnet, y de 2005 a 2009 ocupó el cargo de Director del Centro de Ciencias Genómicas. 

También ha sido miembro de la Mesa Directiva de la Sociedad Internacional de Biología Computacional.  Ha formado parte de comités organizadores de congresos internacionales en su campo, y ha sido organizador de varios congresos internacionales. Los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos lo han invitado en tres distintas ocasiones, como único extranjero en paneles de evaluación de donativos en las áreas de genómica, biología computacional, tecnología y modelado; también ha evaluado solicitudes de donativos para la National Science Foundation, Human Frontiers, el Proyecto Alemán del Genoma Humano (DHGP), así como propuestas para publicación de libros con la MIT Press, entre otros. En 2002 fue invitado a formar parte de la International E.coli Alliance.

El Dr. Collado-Vides es uno de los pocos investigadores en nuestro país a quienes los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos (NIH) ha otorgado donativos en calidad de Investigador Principal. En 2007 recibió el “Robert F. Kennedy Visiting Professorship of the Americas” por parte de la Universidad de Harvard, y en 2009 fue invitado a contribuir en la sección inaugural de Biología Computacional en el Journal of Bacteriology. Actualmente es Presidente de la recién fundada Sociedad Iberoamericana de Bioinformática.

El Dr. Collado-Vides ha sido tutor de estudiantes de licenciatura y posgrado; varios de ellos son actualmente investigadores tanto en la misma UNAM, como en Cuba, Canadá, Estados Unidos, Francia, España y Bélgica. Participó en la creación de la Licenciatura en Ciencias Genómicas de la UNAM, donde colabora como coordinador y profesor en el área de bioinformática y ha coordinado cursos dirigidos a profesores de la Escuela Nacional Preparatoria de la UNAM con el propósito de introducir la genómica en la educación media superior.

Semblanza: Dr. Pedro Julio Collado Videshttp://www.ccg.unam.mx/es/ComputationalGenomics

El Dr. Julio Collado realizó todos sus estudios en la UNAM, donde ha hecho su carrera desde que regresó en 1992 de una estancia posdoctoral de tres años en MIT. El Dr. Collado es referencia nacional y latinoamericana, y reconocido a nivel mundial en la bioinformática, disciplina renacentista de creciente relevancia en las ciencias genómicas. Los rasgos fundamentales de su carrera cientí"ca son los siguientes:

Obra original altamente citada. La obra del Dr. Collado se caracteriza por su gran originalidad desde el inicio de su carrera, con contribuciones pioneras que han contribuído a la bioinformática de la genómica microbiana. El modelo gramatical de la regulación producto de su doctorado, se fundamenta en el posdoctorado con la demostración matemática, sentando la base teórica para algoritmos novedosos en genomas microbianos que desarrolla a su regreso en México. Al mismo tiempo hace la primer recopilación integrativa de promotores microbianos en un trabajo ya clásico altamente citado, incluso en libros de texto de biología molecular, el cual constituye la semilla de las bases de datos RegulonDB y EcoCyc, ambas referencia internacional en el tema. Nace así la bioinformática de la regulación genética microbiana, con predicciones y análisis a nivel del genoma completo de Escherichia coli, contribución del Dr. Collado a la publicación en Science en 1997 del genoma de dicha bacteria. Dicho artículo es el más citado en la primer década posterior a su publicación. No es de sorprender que la obra del Dr. Collado, comprendiendo más de un centenar de publicaciones internacionales, tenga a la fecha 8695 citas (8020 sin autocitas), con un índice H de 32, siendo aún un investigador relativamente joven. Así por ejemplo, un artículo en la revista Nature en el 2008 cita siete distintos trabajos del Dr. Collado. Su laboratorio modela computacionalmente la red de regulación transcripcional del genoma de E. coli a través de RegulonDB y EcoCyc, que aglomeran más citas que las bases de datos de modelos biológicos clásicos como son la levadura o la mosca Drosophila.

El Dr. Collado ha generado y sigue generando cambios conceptuales y nuevos métodos en la forma de modelar y concebir la regulación microbiana: el enfoque “sintáctico” o modular de la regulación es ya un concepto establecido en la regulación tanto microbiana como de organismos superiores; la visión de sitios próximos y remotos publicada en 1992, mantiene su validez a la fecha; el análisis genómico pionero en Escherichia coli de la regulación genética es ya rutina en las ciencias genómicas; el conocimiento organizado en RegulonDB es fundamental para buena la biología de sistemas de la regulación microbiana, así como para generar y evaluar nuevos conceptos y métodos bioinformáticos a nivel genómico de redes de regulación. Recientemente, el Dr. Collado acuñó un nuevo concepto integrativo en biología molecular, el de “genetic sensory-response units” con un impacto que solo sabremos en años venideros.

Pionero e impulsor de la bioinformática y la genómica en México.

Al regreso de su estancia posdoctoral e incorporación como investigador Titular A en la UNAM en 1992, es el primer investigador dedicado a la bioinformática en nuestro país. En el 2000 logra el reconocimiento de su laboratorio como el Nodo Nacional de Bioinformática mexicano dentro de la agrupación internacional EMBNET. En colaboración con colegas experimentalistas, se conforma un equipo de trabajo que publica el primer genoma completo secuenciado en nuestro país, el de la bacteria Rhizobium etli adora de nitrógeno. Este trabajo, realizado en su totalidad en México, marca el inicio de la participación de México en las Ciencias Genómicas y a su vez genera una dinámica que culmina, por un lado, con la creación de la Licenciatura en Ciencias Genómicas (LCG) y por el otro con la transformación del Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno (CIFN) en el actual Centro de Ciencias Genómicas (CCG). El Dr. Collado y personal ligado a su laboratorio han diseñado e impartido los cursos de bioinformática y computación de la LCG desde su inicio. No hay duda que la LCG es un pilar fundamental para el

futuro de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país, con egresados ya reconocidos en las mejores instituciones del mundo en el área. Crea la Sociedad Mexicana de Ciencias Genómicas (2001-2004), y es designado Director del Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM (2005-2009), tomando la responsabilidad del período inicial de una de las instituciones pioneras de la genómica y la bioinformática en nuestro país. Más allá de nuestras fronteras, egresados de su laboratorio son actualmente investigadores en Canadá, Francia, Bélgica, España, Cuba y México. Las contribuciones académicas del Dr. Julio Collado, realizadas predominantemente en México, su labor institucional y visión, atestiguan una trayectoria ejemplar, guía para las nuevas generaciones de cientí"cos mexicanos.

Reconocimiento de prestigio nacional e internacional.

La elevada calidad de su trabajo le ha granjeado reconocimientos de gran prestigio nacional e internacional a temprana edad, como son el Premio Universidad Nacional por Investigación en Ciencias Naturales a sus 48 años, (2005) y el Robert F. Kennedy Visiting Professorship de la Universidad de Harvard (2007), otorgado a literatos como Carlos Fuentes y Mario Vargas Llosa y a muy pocos cientí"cos latinoamericanos. Ha sido miembro del Board of Directors de la International Society for Computational Biology y es Presidente fundador de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática. Es de los pocos investigadores en nuestro país con donativos del NIH como investigador responsable desde 1999 a la fecha. Obtuvo el Premio Scopus de Elsevier en el 2007, y el Reconocimiento Thomson Reuters-CINVESTAV (2009) por el artículo más citado en la última década en México en biología molecular. Fue invitado en la sección inaugural de Computational Biology del Journal of Bacteriology, junto con pocos líderes más de bioinformática a nivel mundial. Es miembro del Sistema Nacional de Investigadores desde 1992 y designado nivel 3 desde 2001 (a sus 44 años). Fue becario de la Fundación John Simon Guggenheim (1992), entre otros reconocimientos.

El Dr. Collado es el cientí"co mexicano de mayor prestigio nacional e internacional en su área, con una obra incisivamente original, altamente citada, pionera y ahora clásica; pilar del surgimiento de la bioinformática y las ciencias genómicas en nuestro país.

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