INFORME DE PRÁCTICA

1. Comparación T_0515 con la secuencia 4. Tiene como dominios en común:

PLPDE_III_ODC_DapDC_like - acceso no especifico PLPDE_III_DapDC - acceso no especifico PLPDE_III - acceso no especifico PLPDE_III_MccE_like - acceso no especifico PLPDE_III_CANSDC – acceso especifico: Tipo III piridoxal 5-fosfato (PLP), dependiente de la enzima

Carboxynorspermidina descarboxilasa (CANSDC) cataliza la descarboxilación de carboxynorspermidina, el último paso en la biosíntesis de norspermidina.

PLPDE_III superfamilia: Tipo III piridoxal 5-fosfato (PLP) dependen de las enzimas está compuesto principalmente de proteínas de dos dominio con similitud a bacterias racemasas alanina (AR), incluidas las eucariotas ornitina descarboxilasas (ODC), procariotas descarboxilasas (diaminopimelato DapDC), la biosíntesis de arginina descarboxilasas (ADC), carboxynorspermidina descarboxilasas (CANSDC), y proteínas similares.

Orn_DAP_Arg_deC superfamilia: Piridoxal-dependiente descarboxilasa, C-terminal de la hoja de dominio. Estos piridoxal-dependiente descarboxilasa actúan sobre ornitina, lisina, arginina y sustratos similares.

nspC multidominio: carboxynorspermidina descarboxilasa. Esta proteína está relacionada con diaminopimelato descarboxilasa.

LysA multidominio: Diaminopimelato descarboxilasa [el transporte de aminoácidos y el metabolismo

2. Comparación T_0516 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común:

TenA - acceso no especifico TENA_THI-4 - acceso no especifico: Los miembros de esta familia se encuentran en todos los tres filos de la vida:

las arqueobacterias, las eubacterias y las eucariotasEl THI-4 proteínas, que participa en la biosíntesis de la tiamina, es también un miembro de esta familia.

HemeO – superfamilia: Hemo oxigenasa cataliza el paso limitante en la degradación del hem en bilirrubina, es esencial para el reciclaje de hierro de hemo. Esta familia incluye bacteriana HO, así como las isoformas de mamíferos HO-1, y 2-HO. .

PTZ00347 – multidominio

3. Comparación T_0517 con la secuencia 3. Tiene como dominios en común:

DrsE_2 acceso no especifico: DsrE es una pequeña proteína soluble en participar en la reducción de azufre intracelular. La familia también incluye proteínas YrkE.

COG2044- acceso no especifico: predicción de peroxiredoxina DrsE – superfamilia: DsrE es una pequeña proteína soluble en participar en la reducción de azufre intracelular. Esta

familia también incluye FRSD.

4. Comparación T_0518 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común

DUF1080 – acceso no especifico: Esta familia tiene similitud estructural con una endo-1 ,3-1 ,4-beta-glucanasa que pertenece a la familia de glicósido hidrolasa 16.

Glyco_hydrolase_1 – superfamilia: Las hidrolasas O-glicosil son un amplio grupo de enzimas que hidrolizan el enlace glicosídico entre dos o más hidratos de carbono, o entre un carbohidrato y un resto no-carbohidrato.

5. Comparación T_0519 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común

FRQ1 – multidominio: Ca2 +proteína de unión (EF-mano superfamilia). Mecanismos de transducción de señales o la división del citoesqueleto celular / y partición de cromosomas o de predicción de la función general.

6. Comparación T_0520 con la secuencia 3. Tiene como dominios en común

CHD – acceso especifico: Dominios catalíticos de la ciclasas mononucleotidil (MNC), también llamados dominios de homología ciclasa (CHDS), forman parte de la clase III ciclasas nucleotidyl

Nucleotidyl_cyc_III - acceso no especifico: Clase III ciclasas nucleotidyl son los más grandes, el grupo más diverso de ciclasas nucleotidyl (Carolina del Norte), que contiene proteínas de procariotas y eucariotas. Se pueden dividir en dos grupos principales: el ciclasas mononucleotidyl (MNC) y los ciclasas diguanylate (DGC).

Guanylate_cyc – acceso no especifico

Nucleotidyl_cyc_III – superfamilia CyaA – multidominio: adenilato ciclasa CYCc – multidominio: Presente en dos copias en mamíferos adenilil ciclasas. Dos residuos (Asn, Arg) se cree que

participan en la catálisis TOMM_kin_cyc – multidominio: Tiene un dominio quinasa en el N-terminal de 300 aminoácidos, seguido por un

dominio de homología ciclasa, seguido por regiones sin definiciones de dominio con nombre.

7. Comparación T_0521 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común

EH – acceso no especifico: Eps15 homología de dominio, se encuentra en las proteínas implicadas en la endocitosis, el transporte de vesículas y la transducción de señales.

EFh- superfamilia: de diversidad de sensores de calcio y moduladores de la señal de calcio, la mayoría de los ejemplos de este modelo de alineación con 2 manos activas canónicas EF. Ca2 + unión induce un cambio conformacional en el motivo EF-mano, que conduce a la activación o inactivación de las proteínas diana. EF-manos tienden a ocurrir en parejas o con mayor número de copias.

FRQ1-multidominio PTZ00183 –multidominio

8. Comparación T_0522 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común

FHIT – acceso no especifico: FHIT, proteínas relacionadas con la familia HIT llevar a un motivo HxHxH / Qxx (x, es un aminoácido hidrofóbico), Sobre la base de la secuencia, el sustrato de especificidad, estructura, evolución y el mecanismo, las proteínas de HIT se clasifican en tres ramas: la rama de Pista, la rama Fhit, y la rama GalT

HINT_subgroup – acceso no especifico: (histidina tríada de la proteína de unión de nucleótidos) subgrupo: Los miembros de este CD pertenecen a la superfamilia de las hidrolasas tríada de histidina que actúan sobre la alfa-fosfato de ribonucleótidos.

HIT_like superfamilia: superfamilia de hidrolasas de nucleótidos y transferasas, que actúan sobre la alfa-fosfato de ribonucleótidos

9. Comparación T_0523 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común

PAS – acceso especifico: parecen en arqueas, las eubacterias y eucariotas. Es probable que la identificación lo más sorprendente de un dominio PAS fue que en EAG-como K + canales.

PAS_4 – multidominio sensory_box- multidominio: Este cuadro sensorial, o el dominio caja S ocupa la porción central del dominio PAS,

pero se distribuye más ampliamente. A menudo se repite en tándem. Conocidos grupos prostéticos unidos en el dominio S-box incluyen hemo en el FixL sensor de oxígeno, en el FAD NIFL sensor de potencial redox, y un cromóforo 4-hydroxycinnamyl en proteínas fotoactivo amarillo.

10. Comparación T_0524 con la secuencia 5. Tiene como dominios en común

Aldose_epim – acceso especifico: son enzimas clave del metabolismo de los hidratos de carbono, que catalizan la interconversión de la alfa-y beta-anómeros de hexosas como la glucosa y la galactosa.

Aldose_epim_Ec_YphB – acceso no especififo: Las proteínas similares a Escherichia coli se YphB uncharacterized miembros de la superfamilia de aldosa-1-epimerasa. Aldosa 1-epimerasas.

Aldose_epim_Ec_YihR – acceso especifico Aldose_epim_lacX- acceso no especifico: Las proteínas similares a Lactococcus lactis lacX no se caracterizaron los

miembros de la superfamilia aldosa-1-epimerasa Aldose_epim_Slr1438- acceso no especifico: proteínas similares a Synechocystis Slr 1438 nos son caracterizadas

miembros de la superfamilia aldosa-1-epimerasa Galactose_mutarotase_like - acceso no especifico: Esta reacción epimerización es el primer paso en la vía Leloir de

cuatro pasos, que convierte la galactosa en glucosa importante metabólicamente. Aldose_epim – superfamilia GalM -multidominio