INFORME DE PROGRESO TÉCNICO Y...

INFORME DE PROGRESO TÉCNICO Y FINANCIERO

Convenio INVEMAR- Secretaría General de la Organización de Estados Americanos (SG/OEA):

Donaciones para digitalización de datos Red Temática de Especies y Especímenes de IABIN

Santa Marta, 29 de septiembre de 2007

Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras “José Benito Vives De Andréis”

Vinculado al Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial

Convenio INVEMAR – Secretaría General de la Organización de Estados Americanos (SG/OEA): Donaciones para digitalización de datos Red Temática de Especies y Especímenes de IABIN

DIRECTIVOS DEL INVEMAR FRANCISCO A. ARIAS ISAZA Director General CARLOS A. PINILLA GONZÁLEZ Subdirector de Recursos y Apoyo a la Investigación JESÚS A. GARAY TINOCO Subdirector de Coordinación de Investigaciones GABRIEL R. NAVAS SUÁREZ Coordinador (E) Programa Biodiversidad y Ecosistemas Marinos (BEM) LUISA F. ESPINOSA DÍAZ Coordinadora Programa Calidad Ambiental Marina (CAM) MARIO E. RUEDA HERNÁNDEZ Coordinador Programa Valoración y Aprovechamiento de Recursos Marinos Vivos (VAR) PAULA C. SIERRA CORREA Coordinadora Programa Gestión para la Investigación de Zonas Costeras (GEZ) GEORGINA GUZMÁN OSPITÍA Coordinadora Programa Geociencias Marinas (GEO)

Cerro Punta de Betín Santa Marta – COLOMBIA Apartado Aéreo 1016 http://www.invemar.org.co

INFORME DE PROGRESO TÉCNICO-FINANCIERO

GRUPO DE INVESTIGADORES ERIKA MONTOYA-CADAVID ADRIANA GRACIA C. ANDREA POLANCO F. GABRIEL NAVAS S. JULIÁN PIZARRO P. JULIO BOHÓRQUEZ N. LEONARDO ARIAS A. LUZ MARINA MEJÍA L. MARTHA DÍAZ R. MIGUEL MARTELO L. MILENA BENAVIDES S. PAOLA FLÓREZ R.

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RESUMEN EJECUTIVO

Convenio INVEMAR-SG/OEA: Digitalización de datos REyE de IABIN 1. Titulo:

Difusión del conocimiento de la biodiversidad marina y costera colombiana. 2. Fecha de ejecución:

29 de marzo 2007- 29 de octubre 2007 3. Entidades participantes

• INVEMAR – Museo de Historia Natural Marina de Colombia (MHNMC) • Secretaria General de la Organización de Estados Americanos (SG/OEA) – Departamento

de Desarrollo Sostenible. 4. Área de influencia

Caribe-Pacífico colombianos 5. Recursos

Valor total del acuerdo: US $20,451.00 5. Objetivos:

a. Ingresar en el Sistema de Información sobre Biodiversidad Marina (SIBM) 10000 registros geo-referenciados de especimenes que se encuentran en el MHNMC acorde a los estándares de la Red Temática de Especies y Especímenes (REyE) de IABIN.

b. Implementar herramientas que permitan el acceso público en diferentes niveles al Sistema de Información del MHNMC en un ambiente controlado a través del INTERNET.

c. Apoyar la iniciativa institucional para el desarrollo del Sistema de Información de Metadatos que permita a los usuarios determinar la relevancia de un grupo de datos dependiendo de sus necesidades.

RESUMEN Desde el 29 de marzo del 2007 se encuentra en ejecución el acuerdo entre la Secretaría General de la Organización de Estados Americanos y el INVEMAR, mediante el cual se pretende difundir el conocimiento de la biodiversidad marina y costera de Colombia a través de la Red Temática de Especies y Especimenes de IABIN (REyE). La meta es documentar 10000 registros biológicos, 1500 nombres científicos, 1500 nombres vernaculares y 200 referencias bibliográficas. El proyecto comprende una etapa de digitalización y otra de acople de la información al portal de IABIN para que pueda ser consultada a través del INTERNET. Durante la primera etapa se validaron los datos disponibles por medio de la búsqueda exhaustiva de información secundaria y la asesoría de expertos y curadores, dicho proceso permitió la georreferenciación de 350 nuevas estaciones y la digitalización de 8044 nuevos registros, acorde a los criterios establecidos por la REyE; así mismo se han incluido 1130 nombres comunes en español e inglés, y se ha complementado el tesauro con 576 nombres de especies, 113 géneros y 41 familias. Por otra parte, se implementó la herramienta CASSIA para documentación de metadatos alimentándola con 180 conjuntos de datos. Adicionalmente se crearon mecanismos que facilitan la consulta de registros biológicos a través de búsquedas avanzadas en 50 atributos relacionados, y permiten también la documentación de datos de la hoja de vida de los autores que contribuyen con información, hecho que promueve los derechos de autor y estimula la participación de los investigadores. A la fecha se ha cumplido en un 100% con el cronograma y objetivos propuestos y se ha avanzado aproximadamente en un 40% con las actividades previstas para la etapa final.

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EXECUTIVE SUMMARY

Convenio INVEMAR-SG/OEA: Digitalización de datos REyE de IABIN

1. Project title: Disseminating knowledge on Colombian Marine and Coastal Biodiversity

2. Duration: 29 de marzo 2007- 29 de octubre 2007

3. Institutions: • Marine and Coastal Research Institution of Colombia INVEMAR – Colombian Marine

Natural History Museum (MHNMC) • General Secreteriat of the Organization of American States (SG/OAS) – Department of

Sustainable Development. 4. Influence Area:

Colombian Caribbean-Pacific 5. Resources:

Total Cost of agreement: US $20,451.00 5. Objetives:

a. To include 10000 geo-referenced records of important marine specimens held in the MHNMC into the Colombian SIBM following the IABIN standards for the Species and Specimens Thematic Network (SSTN)

b. To implement tools that allows public access to the MHNMC information system at several levels in a controlled environment through the INTERNET.

c. Partially support the institutional initiative to deploy the Metadata Information System in order to offer a mechanism that allows the users to define the relevance of a group of data, depending of their needs.

SUMMARY Since March 29, 2007 an agreement between the General Secretariat of the Organization of American States and INVEMAR to disseminate the knowledge of the Colombian marine and coastal biodiversity through the Specimen and Species Thematic Network of IABIN (SSTN) is in execution. The goal is to document 10000 biological registries, 1500 scientific names, 1500 common names and 200 bibliographical references. The project includes the digitalization of the information and its connection to the IABIN home page, so that it can be consulted through the INTERNET. During the first stage, available data were validated through an exhaustive search of secondary information and the advice of experts and curators. This process allowed the georeference of 350 new stations and the digitalization of 8044 new registries, according to the criteria established by SSTN. Similarly, 1130 common names in Spanish and English were included, and the thesaurus with names of 576 species 113 genera and 41 families was complemented,. Additionally, the Cassia tool was implemented for metadata documentation, adding 180 new data sets. Mechanisms to facilitate the search for biological registries included in the MHNMC through advanced searches in 50 related attributes were also created. This allows the documentation of data such as the résumé of the authors who contribute with information, which promotes the author rights and stimulates the participation of researchers. To date, we have fulfilled a 100% of the chronogram and proposed objectives, and additionally we have advanced in approximately 40% of the activities anticipated for the final stage.

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METODOLOGÍA Y ACTIVIDADES


El proyecto está siendo desarrollado en dos etapas, en primera instancia la digitalización de datos y posteriormente la adecuación y acople de la información digitalizada a través del portal IABIN para la libre consulta en INTERNET. La metodología de trabajo durante la ejecución de la primera etapa consistió básicamente en la búsqueda exhaustiva de información secundaria, validación e ingreso de los datos en la base del SIBM siguiendo los estándares de la REyE. A continuación se detallan las actividades llevadas a cabo. 1. Georreferenciación de las estaciones y validación de coordenadas de los registros biológicos almacenados en el sistema. A lo largo de la primera etapa la revisión y validación de estaciones fue una actividad continúa; se verificaron un total de 806 estaciones y se le asignaron coordenadas geográficas a otras 350. Para ello, se recopiló la información necesaria a partir de los informes finales de proyectos realizados por el INVEMAR u otras instituciones, de artículos científicos, tesis y demás publicaciones relacionadas. Con este mismo objeto fueron revisadas 3580 fichas de especies del MHNMC. La georreferenciación para estaciones de las cuales no se tenía información puntual de sus coordenadas, se realizó por medio del programa Google Earth y ArcGIS 9.0 (sistema de coordenadas WGS-1984), basándose en los datos de localidad, profundidad y hábitat de las especies colectadas en dicha estación; para este procedimiento se contó con la asesoría de un ingeniero catastral. 2. Corrección de inconsistencias y digitalización de los registros biológicos faltantes. Se revisaron en total 13758 registros del MHNMC, distribuidos en 2200 moluscos, 1520 equinodermos, 308 cnidarios, 5190 peces, 2300 crustáceos, 350 poríferos y 1900 algas. A partir de este material se detectaron los registros sin documentar de 1260 peces, 1890 de algas, 600 de crustáceos, 160 de moluscos y 40 de equinodermos. La información correspondiente a estos registros biológicos faltantes fue complementada y corregida, con el objeto de cumplir con el estándar mínimo de documentación para el ingreso en el SIBM, el cual es compatible con los estándares de la REyE. Adicionalmente se verificó la existencia y ubicación física dentro de la colección del museo de 6200 lotes de especimenes. 3. Digitalización nuevos registros. La documentación de nuevos registros biológicos se hizo teniendo en cuenta los criterios de “nuevos datos” definidos por IABIN, de tal forma que el 50% de la información corresponde con datos que no habían sido digitalizados antes; el restante 50% no se encontraba disponible en INTERNET y requería ser actualizada y corregida para cumplir con los estándares mínimos establecidos por IABIN. La digitalización se hizo en matrices de EXCEL previamente diseñadas con los campos definidos por el estándar de documentación y posteriormente fueron cargadas al SIBM. 4. Identificación de material. Material de peces y moluscos correspondiente a 110 registros biológicos fue identificado y catalogado para su ingreso tanto en la colección del MHNMC como en el SIBM.

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5. Complementación y actualización de Archivos de Autoridad Taxonómica (nombres científicos faltantes). Para que el SIBM reconociera el ingreso de los nuevos registros fue necesario documentar el nombre de las especies con su respectivo autor en los diccionarios de los diferentes grupos. Para ello se consultaron las más confiables bases de datos especializadas para cada grupo y se complementó la información con las referencias bibliográficas usadas como guía por los diferentes curadores para alimentar el tesauro de su competencia. Los nombres fueron finalmente validados por los curadores y especialistas del MHNMC. De modo general se usaron las bases de datos Catalogue of Life 2007 Annual Checklist (http://www.catalogueoflife.org/annual-checklist/search.php), Integrated Taxonomic Information System - ITIS (http://www.itis.gov), Smithsonian National Museum of Natural History, Department of Invertebrate Zoology Collections (http://acsmith.si.edu/emuwebizweb/pages/nmnh/iz/DtlQuery.php), The European Register of Marine Species, MarBEF Data Sysems-ERMS (http://www.marbef.org/data/) y Universal Biological Index and Organizer uBIO (http://www.ubio.org/). Consultas más específicas fueron realizadas como se describe a continuación: Para Crustáceos se siguió la clasificación suprafamiliar sugerida por Martin y Davis (2001) y para los géneros y especies se consultó la base de datos del Flandes Marine Institute of België (http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=search) En el caso de los moluscos se siguió a Abbott y Boss (1989) y las bases de datos MALACOLOG 4.1.0 (http://www.malacolog.org/), CEPHBASE (http://www.cephbase.utmb.edu) y OBIS Indo-Pacific Molluscan Database (http://data.acnatsci.org/obis/find_mollusk.html). Para Echinodermata: se siguió la clasificación de Mortensen (1928-1977), Deichmann (1930), Paul y Smit (1984) Baker et al. (1986), Messing y Dearborn (1990), Clark y Downey (1992), Hendler et al. (1995) y la base de datos del Instituto Smithsonian ya mencionada. Para corales: Hexacorallians of the World (http://hercules.kgs.ku.edu/Hexacoral/Anemone2/), Octocoral Research Center (http://www.calacademy.org/research/izg/orc_home.html). Para peces: la clasificación fue hecha acorde a lo propuesto por Nelson (2006) y los catálogos en línea de California Academy of Sciences Ichthyology (http://www.calacademy.org/research/ichthyology/catalog/fishcatsearch.html) y Fishbase (http://www.fishbase.org/search.php). 6. Enriquecimiento del archivo de nombres vernaculares. El ingreso de nombres vernaculares tanto en español como en inglés se llevó a cabo con base en la información consultada tanto en bases de datos mencionadas, como en los artículos científicos y los Libros Rojos de Peces e Invertebrados de Colombia.

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RESULTADOS PROGRAMADOS Y ALCANCES


Objetivo 1: Ingresar en el Sistema de Información sobre Biodiversidad Marina (SIBM) 10000 registros georreferenciados de especímenes que se encuentran en el MHNMC acorde a los estándares de la Red Temática de Especies y Especímenes (REyE) de IABIN.

Compromiso para el primer informe: Digitalización de al menos 5000 registros georreferenciados y validados por los expertos.

Resultado: A la fecha se han digitalizado 8044 registros biológicos, de los cuales 4044 son documentados por primera vez y 4000 corresponden a registros cuya información fue complementada y/o corregida con el objeto de cumplir con el estándar mínimo de documentación, ajustándose así al criterio de nuevo registro establecido por la REyE. Los resultados fueron obtenidos a partir de 31 proyectos llevados a cabo por el INVEMAR y otras instituciones, cuyo material se encuentra depositado o referenciado en el Museo de Historia Natural Marina de Colombia (MHNMC). La información fue digitada en matrices de EXCEL diseñadas con los campos de ingreso requeridos por el SIBM y que son compatibles con los requerimientos para la documentación de especies y especímenes de IABIN (REyE), cada matriz incluye los siguientes datos: nombre del proyecto donde se obtuvo el material, número de catálogo, número consecutivo en la colección del MHNMC, sección a la que pertenece, identificación de la especie al nivel taxonómico más bajo posible, número de ejemplares en el lote, modo de adquisición, entidad de donde proviene la muestra, lugar de captura (georreferenciado), profundidad, fecha de colecta, persona o entidad que colectó, fecha de identificación, persona que identificó, estado del material al colectarse, método de captura, técnica de identificación, modo de preservación y tipo de material. La documentación de estos registros implicó alimentar los diccionarios de especies (Tesauros) con 576 nuevas especies, 113 géneros, 41 familias y otros 31 epítetos correspondientes a diferentes categorías taxonómicas (Clase, Orden, Subphylum, etc.). De manera complementaria fueron ingresados 1130 nombres comunes (en español e inglés) de peces e invertebrados. Otros 1230 registros se encuentran parcialmente digitados y con ellos se espera el ingreso de aproximadamente 150 nuevos epítetos específicos al tesauro.

Toda la información ha sido validada por los curadores y expertos de los respectivos grupos en el MHNMC, así como por el administrador del SIBM y el Coordinador de bases de datos del Sistema de Información. Los 8044 registros se encuentran listos para ser cargados en el sistema y una vez esté disponible la herramienta que será proporcionada por el equipo técnico de la REyE para ser usada como conector entre el SIBM y el portal de IABIN, se procederá al acople de los conjuntos de datos para que puedan ser consultados por los usuarios libremente en la INTERNET.

Objetivo 2: Implementar herramientas que permitan el acceso público en diferentes niveles al Sistema de Información del MHNMC en un ambiente controlado a través del INTERNET.

Resultado: En el marco del proyecto, se realizaron tareas orientadas a facilitar el acceso a los registros biológicos avalados por evidencia conservada en el MHNMC, mediante el desarrollo e incorporación de mecanismos de búsqueda y representación de la información. Específicamente, el

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usuario tiene opción de efectuar búsquedas avanzadas utilizando criterios para seleccionar valores en alrededor de 50 atributos del registro biológico. También es posible ver una rápida representación espacial de la distribución de la información filtrada. Como servicio adicional se establecieron mecanismos que permiten la navegación en ambas direcciones entre el Catálogo de Especies y los datos relativos a los Registros Biológicos almacenados en el sistema. A fin de fomentar la participación de investigadores en la iniciativa SIBM, es posible ahora obtener datos concretos de la hoja de vida de aquellos que contribuyen con información. El mecanismo promueve el reconocimiento de los derechos de autor y aumenta la visibilidad en el ámbito científico de los investigadores. Objetivo 3. Apoyar la iniciativa institucional para el desarrollo del Sistema de Información de Metadatos que permita a los usuarios determinar la relevancia de un grupo de datos dependiendo de sus necesidades. Resultado: Para la generación de metadatos se instaló y configuró la herramienta CASSIA, desarrollada por el Instituto Alexander von Humboldt, para la documentación de conjuntos de datos de interés para el análisis de la biodiversidad. Al momento se han documentado 130 nuevos conjuntos de datos correspondientes a imágenes provenientes de sensores remotos y 50 conjuntos de datos derivados de proyectos de información adelantados por el SIBM.

LECCIONES APRENDIDAS, PROBLEMAS Y SOLUCIONES VIABLES Tiempo de ejecución de la propuesta. En el caso particular del presente convenio, se comprometió la sistematización de un volumen de información adecuado para los siete meses contemplados de ejecución del proyecto; sin embargo, debido a que se consideró como fecha de inicio el momento de la firma del convenio y no la fecha del primer desembolso, se presentó una recarga de trabajo no presupuestada dado que ya habían transcurrido casi dos meses del plazo estipulado al iniciar actividades. Por esto se recomienda en futuras negociaciones el establecer los plazos de ejecución tomando como punto de partida de las actividades la fecha del primer desembolso de recursos. Herramientas técnicas. Aunque es claro que a la fecha la REyE aún se encuentra en proceso de desarrollo y optimización de las herramientas de digitalización y conectores que deben usarse para la documentación de información en IABIN, es importante que en lo sucesivo los proveedores de datos cuenten con dichas herramientas desde el inicio del proyecto, a fin de que el equipo técnico de ambas partes (proveedores y REyE) puedan hacer los ajustes a que haya lugar con suficiente tiempo y evitar retrasos al final de los proyectos.

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