MANUAL DE USO Servidor de Cálculo TAYLOR

Tabla de contenido 1 Filosofía de trabajo ........................................................................................................... 2 2 Solicitar cuenta de acceso ................................................................................................. 2 3 Espacios de trabajo en disco para los usuarios ................................................................. 2

3.1 Directorio /scratch .................................................................................................... 2 3.2 Directorio /home ....................................................................................................... 3

4 Acceso al servidor ............................................................................................................. 3 4.1 Ubuntu ...................................................................................................................... 3 4.2 Windows Xp ............................................................................................................. 5 4.3 Acceso gráfico .......................................................................................................... 8

5 Consejos y trucos ............................................................................................................ 10 5.1 Crear alias en la terminal ........................................................................................ 10 5.2 Visualiza e interactuar con programas que corren en el servidor ........................... 11 5.3 Conexión sin necesidad de autentificarse ............................................................... 12 5.4 Lanzadores en el escritorio ..................................................................................... 13

6 Software instalado ........................................................................................................... 14

Filosofía de trabajo El servidor de cálculo TAYLOR es un recurso compartido por toda la comunidad CIMNE de

Castelldefels, por este motivo se recomienda hacer uso de él siguiendo las siguientes pautas:

• No utilizarlo como aplicación remota para la edición de proyectos. Utilizarlo como herramienta de cálculo.

• Siempre y cuando sea posible, trabajar con archivos ejecutables: no implican el uso de ninguna aplicación extra. Así el uso del servidor será exclusivamente para lanzar cálculos y no para crear/editar proyectos.

• Si es necesario utilizar alguna aplicación para realizar las simulaciones, como por ejemplo GID, primero crear el proyecto en local y copiar los archivos del proyecto en el directorio adecuado del servidor (ver Capítulo 5).

Solicitar cuenta de acceso Los usuarios que quieren hacer uso del servidor de cálculo en Linux deberán rellenar el formulario que se encuentra en la wiki de CIMNE Castelldefels, dentro del apartado Recursos Informáticos. Se puede descargar el formulario en el siguiente enlace (descargar formulario) y enviarlo a sistemas.castelldefels@cimne.upc.edu Desde sistemas se responderá con un nombre de usuario y contraseña para acceder.

Espacios de trabajo en disco para los usuarios

Directorio /scratch Cada usuario dispone de un espacio personal en del directorio de trabajo común /scratch. Dentro de este directorio personal (/scratch/usuario) no hay límite en la cantidad de espacio de disco a utilizar. Si hay limitaciones en el tiempo que un fichero puede estar en el servidor sin ser utilizado.

MUY IMPORTANTE: borrado de ficheros en /scratch El tiempo máximo que un fichero puede estar almacenado (sin ser usado) en el servidor de cálculo es de 15 días. Si un fichero no es usado, es decir, editado o accedido en este periodo, será borrado automáticamente. De esta forma se evita que el servidor de cálculo se utilice como unidad de almacenamiento remoto, ya que este no es su propósito.

Directorio /home Cada usuario dispone de su directorio personal /home/usuario. Este directorio se utiliza para almacenar ficheros de configuración del sistema, para tal efecto se ha definido un tamaño máximo de directorio de 20Mbytes.

Acceso al servidor

Al servidor de cálculo se puede acceder desde sistemas Linux y Windows.

Ubuntu

Desde Ubuntu (o cualquier distribución Linux) se puede acceder al servidor por consola y/o a través de entorno gráfico. Normalmente el nombre de usuario de nuestra máquina coincide con el nombre de usuario del servidor, en este caso no hará falta especificar el usuario si nos conectamos por ssh. Además, si tenemos bien configurado las DNS de Cimne Castelldefels, no hará falta que recordemos la dirección IP, solo el nombre del servidor.

Acceso por consola Para iniciar una sesión en consola en el servidor abrir un terminal en Ubuntu: Aplicaciones → Accesorios → Terminal y escribir el comando ssh usuario@192.168.100.13 o bien ssh taylor, a continuación introducir el password de usuario (ver la siguiente figura).

Existen algunas aplicaciones que necesitan ejecutarse en modo grafico o tenerlo disponible, para activarlo únicamente deberemos accederemos por ssh añadiéndole la opción -X:

ssh -X usuario@192.168.100.13

o bien si tenemos bien configurado las DNS y el nombre de usuario coincide: ssh –X taylor

Transferencia de archivos

Para transferir archivos se puede utilizar una aplicación gráfica ya instalada en Ubuntu. Ir a Lugares → Conectar con el servidor y realizar la configuración de la figura.

Una vez conectado al servidor, aparece éste como una unidad remota en el navegador de ficheros.

Windows Xp

Para acceder desde sistemas Windows XP se recomienda la aplicación putty. Configurándola de la siguiente manera

Como siempre hace falta autenticarse para conectarse al servidor.

Transferencia de archivos Para transferir archivos entre el ordenador local y el servidor se recomienda utilizar WinSCP. Después de su instalación hay que configurándolo de la siguiente: En la primera conexión con el servidor aparece una advertencia de seguridad, únicamente hace falta confirmar que confiamos en el sitio apretando el botón Yes.

Una vez conectado aparece una ventana con dos paneles: en el izquierdo navegamos por nuestro ordenador local y en el derecho navegamos por el servidor.

Acceso gráfico

Nxclient es un programa que nos dejará loguearnos en el servidor e interactuar como si fuera en nuestra propia máquina. Por su consumo de red, solo estará permitido utilizarlo en la red local, desde fuera de cimne, mejor utilizar putty.

Para poder acceder a nuestra sesión de modo grafico tanto en windows como en linux, deberemos descargarnos e instalar el software nxclient de:

ftp://orchid/programas/acceso_remoto/nxclient/ (orchid192.168.100.17)

Una vez instalado, crearemos una sesión de la siguiente manera:

Accederemos al menú de aplicaciones y buscaremos “NX connection Wizard” y rellenaremos los campos:

Donde el nombre de la sesión le pondremos una que identifique el servidor y la dirección y la conexión será 192.168.100.13 y la opción LAN

En la siguiente pantalla nos aseguraremos de poner como escritorio GNOME, puesto que no hay ningún otro instalado y nos podría dar error.

Por último, si queremos que nos haga un icono en el escritorio con esta configuración dejaremos marcada la opción Create shortcut on desktop. Solo faltará loguearnos en la siguiente pantalla y acceder. Para los siguientes accesos, ejecutaremos NX client en el menú de aplicaciones, y elegiremos la sesión que acabamos de crear, en mi caso Taylor server

Consejos y trucos

Existen diferentes trucos que agilizarán y harán más cómodo nuestro trabajo en el servidor y en nuestra máquina local.

Crear alias en la terminal

Existen algunos programas o comandos que utilizamos a menudo que para ejecutarlos hay que poner largas rutas o un sinfín de opciones. Cuando se da este caso y se utiliza muy a menudo es muy aconsejable crear alias en la terminal. Un alias, sería como definir un sinónimo, por ejemplo:

gid = /usr/local/GiD10x64/gid

Cp_MyPc = scp -r carpeta_resultados sistemas@Mi_IP:/home/sistemas/resultado

En estos dos casos, cuando tecleamos gid y Cp_MyPc, se ejecutarán las acciones que hemos definido evitándonos teclear largas rutas.

Para definir estos alias hay que editar el fichero /home/usuario/.bashrc, y añadir los alias en la siguiente línea donde aparece #alias l='ls -CF' de la siguiente manera:

alias nombre='comando'

Así que nuestros alias anteriores quedarían así

alias gid='/usr/local/GiD10x64/gid'

Visualiza e interactuar con programas que corren en el servidor

Una ventaja de trabajar en Linux es que podemos hacer correr programas en el servidor y visualizarlos en nuestra pantalla, sin necesidad de tener que abrir nxclient. Esto liberará nuestro sistema de carga, puesto que se ejecuta en el servidor, y podremos trabajar como si estuviéramos trabajando con nuestro pc local. Para poder hacer esto, necesitaremos abrir una sesión ssh de manera gráfica y a continuación seleccionar el comando o programa que queramos utilizar. Ejemplo:

ssh -X usuario@taylor /usr/local/GiD10x64/gid

o bien ssh -X usuario@taylor y dentro de la sesion ejecutar el comando o programa

Esto nos abrirá la ventana de gid en nuestro escritorio, y la ejecución de este se hará en el servidor.

Esta herramienta también puede ser muy útil para la visualización del vuestras carpetas y archivos y la transferencia de ellos.

Conexión sin necesidad de autentificarse

Para poder acceder a la sesión ssh sin necesidad de introducir la contraseña, seguiremos los siguientes pasos:

1) Pensarnos password para crear la llave RSA, en mi ejemplo será: L1av3s5H

2) En nuestro PC, abriremos una terminal y escribiremos en ella:

ssh-keygen -t rsa

ssh-keygen -t dsa

donde en los dos comandos aceptaremos todo por defecto, dando le al intro en todas las opciones, excepto en passphrase que introduciremos nuestro password.

Añadiremos las llaves a nuestro PC introduciendo lo siguiente:

eval `ssh-agent`

echo $SSH_AUTH_SOCK

ssh-add

Al ejecutar en nuestro PC ssh-add nos pedirá otra vez la llave, en la opción de passpharase. Debería salirnos algo así. Enter passphrase for ….: Identity added: …. Identity added: ….. En el servidor debemos crear la carpeta .ssh en nuestro home. Para ello, nos conectamos a este vía termina y la crearemos con el comando mkdir .ssh.

Desde nuestro PC copiaremos las llaves creadas al servidor con el siguiente comando:

scp /home/Usuario/.ssh/*.pub usuario@taylor:/home/usuario/.svn

Y de nuevo, en el servidor, las importaremos mediante la terminal, tipeando lo siguiente:

cd .ssh/

cat id_dsa.pub >> authorized_keys2

cat id_rsa.pub >> authorized_keys2

A partir de ahora, cuando iniciemos una sesión por ssh no hará falta que introduzcamos la contraseña

Lanzadores en el escritorio

Existen numeras aplicaciones o comandos que podemos substituir y ejecutar mediante un icono, agilizando el tiempo de trabajo. Para ello, iremos al escritorio y con un click del botón derecho elegiremos en el menú ' crear un lanzador'.

Obtendremos la siguiente imagen:

Donde los campos a rellenar, serán:

Nombre: Pondremos un nombre identificativo de la acción que realizará

Comando: El código o comando que escribiríamos en la terminal para ejecutarlo

Comentario: Una descripción de este comando en el caso de que queramos especificarlo

Podemos cambiar la imagen del lanzador accediendo a la imagen del muelle.

Os dejo una serie de comandos que os puedes ser útil:

- gnome-terminal -x ssh usuario@taylor

Esto hará que se abra una terminal accediendo por ssh al servidor Taylor y si tenemos implementado la conexión sin contraseña, accederemos directamente

-/usr/local/GiDx64/gid <opciones> <fichero>

Nos ejecutará gid directamente. Puede ser útil, si utilizamos siempre las mismas opciones sobre un fichero.

-ftp://orchid/programas/ (orchid 192.168.100.17)

Si en la opción de tipo le elegimos lugar, podemos conectarnos a unidades ftp mediante un único click de ratón

Todos los comandos y programas se pueden ejecutar desde un lanzador. Podemos mirar los comandos que ejecuta el menú de Ubuntu, arrastrando el lanzador al escritorio y mirando las propiedades de este.

Software instalado

Se ha hecho una primera instalación de aplicaciones y paquetes básicos. Si se necesita algún software especial ponerse en contacto con sistemas.castelldefels@upc.edu

Aplicaciones con entorno gráfico GID 9.2.3b GID 10.1.0 Kdevelop

Paquetes (los más importantes) Python v2.5 Tclsh 8.4 TkWish OpenMPI gcc 4.1 4.2 gfortran Intel fortran