Present. bioinformatica final
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BIOL 4368 – Sección 040
Dr. Carlos Ríos
Roger Torres Luvir Lugo
Cristina Hernández Omayra Ramírez
Lourdes Miguel Yaneska Seín
Luis Acevedo Xavier Albino
http://microgroup8.blogspot.com
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Enfermedad Gen Cromosoma
Parkinson
PARK10 1
PARK3 2
PARK8 12
PARK11 2
PARK12 X
PARK16 1
PARK2 6
PARK7 1
PARK6 1
PARK4 4
PARK9 1
PRK1 11
Enfermedad Gen Cromosoma
Anemia Falciforme
HBB 11
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Enfermedad Gen Cromosoma
Alzheimer
PSEN2 1
AD14 1
AD13 1
AD15 3
COL25A1 4
HF3 6
HFE 6
AD10 7
AD12 8
AD11 9
AD6 10
AD7 10
AB128931 11
AD5 12
PSEN1 14
BPPF 17
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Enfermedad Gen Cromosoma
Alzheimer
AD9 19
AD2 19
AD8 20
APP 21
BG319612.1 21
AK295373.1 21
AK312336.1 21
DN995202.1 21
DN998302.1 21
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Enfermedad Gen Cromosoma
Cystic Fibrosis
S100A8 1
HS489756 7
R00050.1 13
CFM1 19
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a. Organismo del cual proviene la secuencia :•Rhodobacter sphaeroides
b. Número de genes presentes en la secuencia: •Hay 2 genes presentes en la secuencia: ccmF y ccmH.
c. Función sugerida de alguno de los genes:•ccmF – putatitive heme lyase•ccmH – putative c- tipe cytochrome disulfide oxidoreductase
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d. Seleccione 20 nucleótidos de cualquier región de uno de los genes.
•ccmF – Comienza en la posición 725•MIVEFGHFAL VLSLAVAFVQ
e. Seleccione los amino ácidos que desee de una de las secuencias de proteínas presentes.
•mrlaalllaa llatpafavq pdeilpdpal earardisqg lrclvcrneniddsnaqlar
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¿Cuáles fueron los tres primeros “hits” obtenidos?
Nucleótidos
Proteínas
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Los primeros“hints” de secuencias de nucleótidos, como podemos ver corresponden a diferentes especies de bacterias.
El valor de ∆E value más bajo es de la bacteria Rhodobacter.
Este valor nos ayuda a comprobar que la identidad de la secuencia de nucleótidos que utilizamos le pertenece a esta especie de bacteria mencionada en la premisa anterior.
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Los primero “hints” de secuencias de aminoácidos que podemos ver son componentes del citocromo c de la bacteria Rhodobacter sphaeroides .
Los “hints” que podemos observar nos ayudan a comprobar nuevamente la identidad de la bacteria ya antes mencionada, ya que poseen valores de ∆E valuemenores de 0.
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Genome
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
http://expasy.cbr.nrc.ca/tools/scnpsit1.html