Asunción Gómez-Pérez, Olga Giraldo, Idafen Santana, Daniel Garijo

Ontology Engineering Group (Universidad Politécnica de Madrid)

14 October 2015

Publicación de datos y métodos científicos en investigacion

Source: Fanelli, D. PLoS One. 2010 Apr 7;5(4):e10068.

Fuente:Nature Reviews Drug Discovery 10, 712 (September 2011)

Fuente: Nature 483, 531–533 (29 March 2012)

¿Por qué publicamos datos? Reproducibilidad

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• El Consorcio Europeo ha promovido dar ayuda para publicar artículos como Open Data en sus proyectos

• NSF no acepta propuestas de proyecto sin un plan de gestión de datos.

• Creación de “Data Journals”

• Sin embargo, la mayoría de las revistas que mencionan datos o software en sus páginas web normalmente promueven que se compartan datos, pero no obligan a ello.

Esfuerzos para promover la publicación de datos

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Prácticas actuales para publicar datos

Scientific Data

DATA REPOSITORY…

JOURNAL

…

Repositorios de datos:• Descripción de los datos almacenados.• Preservación de datos.• Los datos se vuelven citables (DOI)

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¿Qué hay de los métodos usados para producir los datos?

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Lab bookExperiment Lab book

Digital Log

Workflow

Experiment

A

B

A) Protocolos de Laboratorio

B) Flujos de trabajo cienticíficos

Protocolos de Laboratorio

• Similares a recetas de cocina• Tienen los ingredientes: reactivos y muestras • Capturan el equipo necesario• Contienen el tiempo estimado que se necesita• Contienen los pasos críticos de un

experimento

• Repositorios de protocolos: MethodsX (Elsevier), Protocol Exchange (Nature) o Cold Spring Harbor Protocols (CSHP).

• Incubate the centrifuge tubes in a water bath.

• Incubate the samples for 5 min with shaking.

• Rinse DNA in 1-2 ml of wash.

• Incubate at -20C overnight.

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Flujo de trabajo científico

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Lab bookExperiment• Plantilla que contiene la secuencia de actividades necesarias para llevar a cabo un experimento científico computacional (Deelman et al., 2009). Se compone de:• Pasos• Entradas• Resultados intermedios• Salidas

• Los flujos de trabajo se guardan en repositorios como MyExperiment, Crowdlabs, Galaxy or The LONI Pipeline

Deelman, E., Gannon, D., Shields, M., and Taylor, I. (2009). Workflows and e-science:An overview of workflow system features and capabilities. Future Generation Computer Systems, 25(5):528{540.

Capturando el contexto de los experimentos: Research Objects

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Research Object: • Agregación de recursos que están relacionados con una misma investigación

Cómo relacionamos los protocolos de laboratorio o los flujos de trabajo científicos con sus recursos y publicaciones? Necesitamos contexto.

Usage conditions (License)

¡No nos olvidemos de la infraestructura!

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Lab bookExperiment Lab book

Digital Log

Workflow

Experiment

¡No capturada en el flujo de trabajo científico!

Capturada en el protocolo de laboratorio

CLOUD

Reproducibilidad de infrastructura

• Reproducibilidad de experimentos científicos

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FORMEREQUIPMENT

ANNOTATE REPRODUCE

SEMANTIC ANNOTATIONS

EQUIVALENT EXECUTION ENVIRONMENT

• “Its about capturing, preserving, reusing and curating” [Goble 2012]

Use case

• Objetivo

Amazon

Entorno de ejecución de

flujos de trabajo

Anotación Reproducir

Anotacionessemánticas

Entornos de ejecución

equivalentes

Future Grid

Vagrant

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Resumen

• Publicación de una investigación:• Publicación de datos

• Publicación de métodos• Protocolos de laboratorio• Flujos de trabajo científicos

• Publicación del contexto• Research Objects

• Publicación de la Infraestructura

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Asunción Gómez-Pérez, Olga Giraldo, Idafen Santana, Daniel Garijo

Ontology Engineering Group (Universidad Politécnica de Madrid)

14 October 2015

Publicación de datos y métodos científicos en investigacion