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Realización de un árbol filogenético con elRealización de un árbol filogenético con el programa megaprograma mega

Lai alfaro tang 2012161002, Viviana Estupiñan Garzón 2012161021 y Karen Sampayo cañas 2012161044

Estudiantes de medicina de la universidad del magdalena

Resumen:

El día viernes trece de septiembre del 2013, se realizo en el laboratorio de Histopatología, la practica número cuatro de genética, en donde se hicieron unas series de exposiciones, entre las cuales se encontraba la del programa MEGA, en la que se explicaba su importancia, la forma de obtenerlo y la manera de utilizarlo. Después de esto el docente Álvaro Acosta, con el fin de que cada grupo de laboratorio aprendiera a utilizar el programa los coloco la tarea de realizar un árbol filogenético con dicha herramienta, el cual está presente en este artículo.

Palabras claves:

MEGA, árbol filogenético y alineamiento de secuencias.

aBSTRACT:

On Friday, September 13, 2013, was conducted in the laboratory of Histopathology, practice genetic number four, where he made a series of exhibitions, among whom was the MEGA program, which explained its importance , how to get and how to use it. After this the teacher Alvaro Acosta, so that each lab group learned to use the program placed the task of performing a phylogenetic tree with this tool, which is present in this article.

Keywords:

MEGA, phylogenetic tree and sequence alignment.

Introducción:

Las siglas MEGA significan Molecular Evolutionary Genetic Analysis (Molecular Evolutiva Análisis De Genética) es un programa que se utiliza para llevar a cabo la alineación de secuencias, inferir árboles filogenéticos, bases de datos basadas en la web, las tasas de estimación de

la evolución molecular, inferir secuencias ancestrales, y las pruebas de hipótesis evolutivas.

Un alineamiento de secuencias es la herramienta más usada en bioinformática y uso va desde la identificación de regiones o dominios en un par de secuencias hasta la comparación de un grupo de

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Elaboración de Árbol FilogenéticoElaboración de Árbol Filogenético con MEGAcon MEGA

secuencias para análisis evolutivos y de filogenia3. Es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados. El alineamiento de secuencias biológicas consiste en establecer un segmento entre ellas donde el número de coincidencias sea máximo. Cuando se analizan secuencias es común utilizar los términos similitud y homología de forma indiscriminada, pero estos dos términos hacen referencia a conceptos distintos4.

Un árbol filogenético es un árbol que muestra las relaciones evolutivas entre varias especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común2. Como su nombre indica, se trata de dibujos con aspecto de árbol; en la base del tronco estaría el antepasado común de todos los organismos, y de él partirían unas ramas, de las cuales saldrían ramas más finas, y de éstas ramitas, etc., hasta llegar a las especies actuales, dispuestas en los extremos de las últimas ramificaciones5. Es una clasificación científica de las especies basada únicamente en las relaciones de proximidad evolutiva entre las distintas especies, reconstruyendo la historia de su diversificación (filogénesis) desde el origen de la vida en la Tierra hasta la actualidad. Para construir este tipo de clasificación se recurre ahora

generalmente al método cladístico, ideado por Willi Hennig.

Materiales:

Tener la herramienta MEGA instalado en un computador.

Métodos:

Arboles filogenéticos con información del MEGA.

1. Se le da click a philogen, luego de le da click a constuct/test neighboor

2. Se busca el ejemplo del MEGA que se desee utilizar, se le da aceptar, luego aparece un cuadro en donde se le da click a compute.

3. Y aparece el árbol filogenético.

Árbol filogenético, con la información del BLAST:

1. Click en BLAST seleccionar secuencia. Se busca la secuencia que se quiere utilizar.

2. Dar click en FAST, luego en Add to alignment

3. De da click en secuencia de proteína, seguido de FAST nuevamente. Así sucesivamente.

4. Luego se le da click n alineamiento en el icono de la w.

5. Se guarda.

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Elaboración de Árbol FilogenéticoElaboración de Árbol Filogenético con MEGAcon MEGA

6. Se le da click a philogen, luego de le da click a constuct/test neighboor.

7. Se busca lo guardado anteriormente. Luego aparece

un cuadro en donde se le da click a compute.

8. Y aparece el árbol filogenético.

Resultados:

La elastina humana gen del exón 13

Especies y alineamiento:

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Elaboración de Árbol FilogenéticoElaboración de Árbol Filogenético con MEGAcon MEGA

Discusión y Conclusión:

Salieron dos subgrupos. La elastina humana en su exon 13 se parece más a la del cerdo (sus scrofa) especies como el ratón, el toro y otra especie bovina están en otro subgrupo y tienen menor relación con la elastina humana.

El ratón novergicus y el felis catus (gato) tienen similitud para el exón de esa proteína pues están en la misma línea.

Pan troglodites (especie de chimpance) está en el mismo subgrupo de la elastina 13 humana y tiene un ancestro común para ese grupo.

Bibliografía:

1. Disponible en: http://www.megasoftware.net/

2. Filogenia Arbol Filogenetico y Clandroma. Disponible en: http://igbio.net84.net/Actividades%20web%20Lim/1bcarbolfilogenetico/1bcarbolfilogenetico.html

3. Universidad de los Andes. Venezuela. Bioinformatica. Alineamientos de Secuencias:Http://Eventos.Redclara.Net/Indico/Getfile.Py/Access?Resid=21&Materialid=Slides&Confid=224

4. Universidad Nacional E Colombia Bogotá. Biblioteca computacional .Alineamiento De Secuencia. Disponible en: http://www.virtual.unal.edu.co/cursos/ingenieria/2001832/lecciones/alineamiento.html

5. Universidad De Almería. Area De Botánica. Evolución, Filogenia, Cladística. Disponible e

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Elaboración de Árbol FilogenéticoElaboración de Árbol Filogenético con MEGAcon MEGA

n:http://www.ual.es/GruposInv/ myco-ual/clados.htm