Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012

7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012

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Secuenciacin de ADN: Nuevas tecnologas de

secuenciacin masivaAndrea PueblaUnidad de Genmica

Instituto de Biotecnologa


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Secuenciacin de ADN

PROYECTO GENOMA HUMANO



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Secuenciacin de ADN por Mtodo de Sanger

Secuenciacin de ADN por terminadores de la polimerizacin



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Secuenciacin de ADN

Desarrollo de Secuenciadores automticos y Robots de manejo de lquidos



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Secuenciacin de ADN

PROYECTO GENOMA HUMANO



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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento

PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE



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Multiplex por etiquetado

Pirosecuenciacin

http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=related

Preparacin de ADN

Amplificacin por emPCR
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=relatedhttp://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=relatedhttp://454.com/img/content/AmpliconDiagram.gif


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Preparacin del ADN: Fragmentacin.


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Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas


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Bibliotecas Genmicas :

Pair ends

Mate pairs
http://454.com/img/content/paired-end-library.gifhttp://454.com/img/content/paired-end-library.gifhttp://454.com/img/content/paired-end-library.gifhttp://454.com/img/content/paired-end-library.gif


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Multiplex por etiquetado
http://454.com/img/content/AmpliconDiagram.gif


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Un fragmento= Una cuenta.


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Bibliotecas genmicas

454 ROCHEemPCR:

Amplificacin por PCR en Emulsin


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Procesamiento de datos y anlisis


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Procesamento de datos y anlisis



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Procesamento de datos y anlisis



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Secuenciacin por Sntesis: Illumina



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HiSeq 2000 System Performance Parameters

Read Length

Single Flow

Cell Run

Time

Dual Flow

Cell Run

Time

Dual Flow

Cell

Output

1 x 36 bp ~ 1.5 days ~ 2 days 95-105 Gb

2 x 50 bp ~ 4.5 days ~ 5.5 days 270-300 Gb

2 x 150 bp ~ 8.5 days ~ 11 days 540-600 Gb

Throughput

Up to 55 Gb per day for a 2 x 150 bp run.

Reads

Up to three billion clusters passing filter and up to six billion

paired-end reads


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1 o 2 clulas de flujo

8 canales

0.11.0 g (single- and paired-endreads), 10 g (Mate Pair reads).


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Illumina HiSeq 2000

Up to 1 billion clusters

0-600 Gb with 8 day run time

$690K, ~$10000 per human genome sequencing 4 cameras, 50 MB/s of imaging, 4 x 625 MB images every 30

seconds32 TB if raw images stored

http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=1
http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=1http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=1


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Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies



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http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related




http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related
http://appliedbiosystems.cnpg.com/Video/flatFiles/699/index.aspxhttp://appliedbiosystems.cnpg.com/Video/flatFiles/699/index.aspxhttp://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=relatedhttp://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=relatedhttp://appliedbiosystems.cnpg.com/Video/flatFiles/699/index.aspxhttp://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related


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COMPARACION 3 SISTEMAS SECUENCIACION DE ALTO RENDIMIENTO

Instituto Nacional de

TecnologaAgropecuaria


Roche (454) Illumina SOLiD

Chemistry Pyrosequencing Polymerase-based

Ligation-based

Amplification Emulsion PCR Bridge Amp Emulsion PCR

Paired ends Yes Yes Yes

Mb/run 600 Mb 600 Gb 200 Gb

Time/run 9 h 11 days 10 days

Read length 600 bp 150 bp 50 bp


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COMPARACION DE LA CALIDAD DE LAS LECTURAS



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OTROS SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO


PACific BIOsciences


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OTROS SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO: Secuenciacin de molula simple



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http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94


SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO


Ion Torrent ( Life Technologies)

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94


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Instituto Nacional de

TecnologaAgropecuaria


Ion Torrent

Life Technologies

http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94


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Nanotecnologa: Oxford Nanopore


http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=1
http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=1http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=1


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Unidad de Genmica

GRUPO DE TRABAJO


CONTACTOS

[email protected]. Norma Paniego:

[email protected]

Vernica NishinakamasuPablo VeraNatalia Aguirre

Andrea PueblaDirectora: Norma Paniego

GRACIAS!
mailto:[email protected]:[email protected]:[email protected]:[email protected]

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