7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN: Nuevas tecnologas de
secuenciacin masivaAndrea PueblaUnidad de Genmica
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN
PROYECTO GENOMA HUMANO
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN por Mtodo de Sanger
Secuenciacin de ADN por terminadores de la polimerizacin
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN
Desarrollo de Secuenciadores automticos y Robots de manejo de lquidos
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN
PROYECTO GENOMA HUMANO
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Multiplex por etiquetado
Pirosecuenciacin
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=related
Preparacin de ADN
Amplificacin por emPCR
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=relatedhttp://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E&feature=relatedhttp://454.com/img/content/AmpliconDiagram.gif7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Bibliotecas Genmicas :
Pair ends
Mate pairs
http://454.com/img/content/paired-end-library.gifhttp://454.com/img/content/paired-end-library.gifhttp://454.com/img/content/paired-end-library.gifhttp://454.com/img/content/paired-end-library.gif7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Multiplex por etiquetado
http://454.com/img/content/AmpliconDiagram.gif7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Un fragmento= Una cuenta.
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Bibliotecas genmicas
454 ROCHEemPCR:
Amplificacin por PCR en Emulsin
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Un fragmento= Una cuenta.
7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Un fragmento= Una cuenta.
Procesamiento de datos y anlisis
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Un fragmento= Una cuenta.
Procesamento de datos y anlisis
Procesamiento de datos y anlisis
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
PIROSECUENCIACION: 454 ROCHE
Instituto de Biotecnologa
Preparacin del ADN: Fragmentacin.Bibliotecas genmicas
Un fragmento= Una cuenta.
Procesamento de datos y anlisis
Procesamiento de datos y anlisis
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
Instituto de Biotecnologa
HiSeq 2000 System Performance Parameters
Read Length
Single Flow
Cell Run
Time
Dual Flow
Cell Run
Time
Dual Flow
Cell
Output
1 x 36 bp ~ 1.5 days ~ 2 days 95-105 Gb
2 x 50 bp ~ 4.5 days ~ 5.5 days 270-300 Gb
2 x 150 bp ~ 8.5 days ~ 11 days 540-600 Gb
Throughput
Up to 55 Gb per day for a 2 x 150 bp run.
Reads
Up to three billion clusters passing filter and up to six billion
paired-end reads
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
Instituto de Biotecnologa
1 o 2 clulas de flujo
8 canales
0.11.0 g (single- and paired-endreads), 10 g (Mate Pair reads).
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Sntesis: Illumina
Instituto de Biotecnologa
Illumina HiSeq 2000
Up to 1 billion clusters
0-600 Gb with 8 day run time
$690K, ~$10000 per human genome sequencing 4 cameras, 50 MB/s of imaging, 4 x 625 MB images every 30
seconds32 TB if raw images stored
http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=1
http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=1http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y&NR=17/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies
Instituto de Biotecnologa
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http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related
Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies
Instituto de Biotecnologa
http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related
http://appliedbiosystems.cnpg.com/Video/flatFiles/699/index.aspxhttp://appliedbiosystems.cnpg.com/Video/flatFiles/699/index.aspxhttp://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=relatedhttp://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=relatedhttp://appliedbiosystems.cnpg.com/Video/flatFiles/699/index.aspxhttp://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM&feature=related7/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
Secuenciacin por Ligacin: SoLID Life Technologies
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
COMPARACION 3 SISTEMAS SECUENCIACION DE ALTO RENDIMIENTO
Instituto Nacional de
TecnologaAgropecuaria
Instituto de Biotecnologa
Roche (454) Illumina SOLiD
Chemistry Pyrosequencing Polymerase-based
Ligation-based
Amplification Emulsion PCR Bridge Amp Emulsion PCR
Paired ends Yes Yes Yes
Mb/run 600 Mb 600 Gb 200 Gb
Time/run 9 h 11 days 10 days
Read length 600 bp 150 bp 50 bp
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
COMPARACION DE LA CALIDAD DE LAS LECTURAS
Instituto de Biotecnologa
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
OTROS SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO
Instituto de Biotecnologa
PACific BIOsciences
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Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
OTROS SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO: Secuenciacin de molula simple
Instituto de Biotecnologa
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http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO
Instituto de Biotecnologa
Ion Torrent ( Life Technologies)
http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
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http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO
Instituto Nacional de
TecnologaAgropecuaria
Instituto de Biotecnologa
Ion Torrent
Life Technologies
http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
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http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
Secuenciacin de ADN de alto rendimiento
SEGUNDA GENERACIN DE SECUENCIADORES DE ALTO RENDIMIENTO
Instituto de Biotecnologa
Nanotecnologa: Oxford Nanopore
http://www.youtube.com/embed/eQ2ng5gZf94
http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=1
http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=1http://www.youtube.com/watch?v=_rRrOT9gfpo&NR=17/23/2019 Secuenciacion NGS FitopatMolec.2012
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Unidad de Genmica
GRUPO DE TRABAJO
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