Introducción

Medicina traslacional

Descubrimientos biológicos integrativos

Información genómica Nuevas tecnologías moleculares Información fenotípica de

pacientes

Aportar al entendimiento de las enfermedades humanas

Desarrollo de nuevas técnicas diagnósticas y

tratamientos

Biobancos

Introducción

Biobancos en la investigación

Colecciones de tejido en centros del cáncer en hospitales

Grandes biobancos en redes de investigación multicéntricos

Pequeños biobancos basados en ensayos clínicos

Gran cantidad de información

Introducción

Biobanco 1996: colección de varios tipos de

muestras biológicas

Biobanco en 2006: colección de material biológico e información

asociada, con información de almacenamiento organizada y

sistematizada de una población o un gran subconjunto de la

población

Varios artículos han sido publicados en los últimos 5 años sobre tecnologías de información, ninguno provee un catálogo de requerimientos que debe tener una IT para satisfacer todos los escenarios a los que se puede enfrentar un Biobanco

Métodos

Revisión bibliográfica

NumerosasLos aspectos relevantes sobre IT han sido combinados con aspectos de organizacionales, éticos y seguridad

Enfoque en los requerimientos básicos para manejo de muestras, localizaciones de almacenaje e información clínica como también procesos relacionados con la adquisición de la muestra, transporte, almacenaje, aseguramiento de la calidad y documentación fenotípica.

Las IT varían de acuerdo a tipo de Biobanco

Métodos

Seguridad en la IT

Separación de los poderes de información

Seudonimización

Manejo de identidad basada en los servicios de terceros de confianza, que mantienen los datos de identidad y seudónimos separados de la base de datos médicos y genéticos

Separación física de la información de identidad de la información médica

Separación física de la información de la muestra almacenada, los análisis genéticos y la información médica

MétodosCon el fin de generar un catálogo de requerimientos, se formó un panel de especialistas:

Dos especialistas clínicos con gran experiencia en Biobancos, patología y laboratorios

Dos especialistas informáticos con gran experiencia en infraestructuras IT para redes de investigación médica

Moderador: autor principal de este artículo, especialista en informática médica

TAREAS

Recoger un gran número de requerimientos en la primera ronda de muestreo

Crear un conjunto de categorías para tales requerimientos

Categorizar y estructurar la lista de requerimientos dentro de la segunda ronda de muestreo

Resultados

150 funcionalidades

3 categorías principales y 20 subcategorías

Asignación de cada requisito a una de

las 20 subcategorías

Revisión de catálogo: eliminación de redundacias e inconsistencias

Los biobancos establecidos se encuentran insertos en hospitales

universitarios y en grandes instituciones de investigación no

universitarias Biobancos de hospitales universitarios están insertos en un entornos de TI

muy heterogéneo

Catálogo es aplicable para guiar los procesos logísticos y

médicos de los biobancos

Para la gran heterogeneidad de proyectos de investigación de hospitales

universitarios se debe crear una estructura genérica

Un biobanco se puede enfrentar a diversos escenarios

Almacén de datos

clínicosEncriptación

Módulo de gestión (LIMS)

Definición específica por proyecto de investigación y contexto de almacenamiento

Antes de la incorporación de un nuevo proyecto, el administrador de la IT debe configurarlo de acuerdo a las necesidades de éste.

Creación de roles y funcionalidades

Definir los tipos de datos que serán ingresados

Definición los flujos de trabajo para seguir el procesamiento, transporte y

almacenaje de muestras

Dentro de un hospital, la adquisición de la muestra puede realizarse a través de: consultas médicas, salas de hospitalización, dentro de departamentos de diagnósticos (ejemplo: endoscopías) y pabellones.

Almacenamiento en tiempo corto

Adquisiciones de muestras por estudios multicéntricos, ambientes más complejos y menos estandarizados

Muchas variables a considerar: contenedores, tiempos en diferentes espacios físicos, mantención de temperatura, mucho mayor flujo de datos hasta el almacenamiento final

Cuanto más preciso el registro de las variables del proceso a los largo de la vida útil de la muestra, más precisa será la extracción de información,

la que es necesaria para fines clínicos y de investigación

Abrir interfaces para enlazar con la manipulación pre analítica de muestras de alto estándar y robots de

almacenamiento

Biobancos pequeños

Biobancos grandes

Manejo manual del almacenamiento de muestras

Incorporación de robots

Seminario 3

Progresos importantes en el campo de la investigación en salud

Realizar medicina personalizada guiada por biomarcadoresy la habilidad para establecer nuevas medidas preventivas o

tratamientos para aplicarlas al paciente correcto en el momento correcto

Metodologías bioinformáticas avanzadas

Desarrollo de modelos animales para estudiar enfermedades humanas

Establecimiento de plataformas “ómicas”

Biobancos

Progreso de la biomedicina

Clasificación de Biobancos:

Colecciones de biomaterial dentro de la atención clínica directa

Creados por proyectos de investigación dedicados a una enfermedad particular

Meta-biobancos

• En años anteriores, muchas investigaciones se han enfocado en establecer IT para biobancos dedicados a proyectos o redes

• Ninguna de ellas se ha enfocado en describir una arquitectura IT aplicable a los distintos escenarios a los que se enfrenta un biobancoestablecido en un hospital universitario

Objetivo

Ilustrar los requerimientos basándose en las soluciones IT de biobancosde múltiples proyectos del Hospital Universitario de Erlangen y proponer una red IT genérica de biobanco, que puede ser adaptada por otras instituciones de investigación de acuerdo a sus necesidades con el fin de realizar un uso más eficiente de fuentes de tecnología de información

En el Hospital de Erlangen se estableció durante la última década un sistema de registro médico

electrónico (EMR)

DEPARTAMENTOS

NecesidadesPlataforma estratégica para

todo el Hospital Universitario y la Facultad de Medicina

Creación del software

CCC GCKD

DPKKColoNet

Consortium

Plataforma

Resultado

Sistema de gestión de Biobanco (BMS)

Sistema de gestión de ensayos clínicos certificado por GCP

EMR del Hospital Universitario

i2b2

PID generator

CCC

GCKD

DPKK

ColoNet