SynbioSSSynthetic Biology Software Suite

Conceptos previos

- REGISTRY OF STANDARD BIOLOGICAL PARTS:

• Colección de “ladrillos” biológicos para diseñar nuevos organismos o rediseñar los existentes.

¿Qué es un biobrick?

· Secuencias de ADN con una función específica.· No hay por qué conocer la secuencia de pares

de bases por la que está formado, sólo su funcionalidad-> Abstracción.

Biobrick: Ejemplos

SynbioSS

• Software de simulación biológica

• Tres módulos:– Desktop Simulator– Designer– SynbioSS Wiki

SynbioSS: Módulos

SynbioSS: ¿Cómo funciona?

SynbioSS: Requisitos

• Windows• Mac• Distribuciones Unix en general

SynbioSS: Designer

• Transforma el diseño hecho con Biobricksen un fichero SBML o netCDF.

SynbioSS: Desktop

• Crea simulaciones a partir de un fichero SBML o netCDF.

• Permite crear o modificar estos ficheros de reacciones.

SynbioSS: Wiki

• Base de datos• Almacena reacciones y datos cinéticos.

• Con ello se pueden modificar las reacciones existentes en un fichero o crear uno desde cero.

SBML y SBGN

• Systems Biology Markup Language: Lenguaje de marcas para definir modelos biológicos computacionalmente.

• Systems Biology Graphical Notation: Notación gráfica para representar procesos biológicos y relaciones.

SBML: Ventajas

• No convierte el modelo en un conjunto de EDO's.

• Cada programa interpreta el código como quiere:– SynbioSS lo interpreta como EDO's.– Otros lo usan para generar gráficos (SBGN)– Etc...

SBML: Ejemplo<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<sbml level="2" version="3" xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2/version3">

<model name="EnzymaticReaction">

<listOfUnitDefinitions>

<unitDefinition id="per_second">

<listOfUnits>

<unit kind="second" exponent="-1"/>

</listOfUnits>

</unitDefinition>

<unitDefinition id="litre_per_mole_per_second">

<listOfUnits>

<unit kind="mole" exponent="-1"/>

<unit kind="litre" exponent="1"/>

....

SBML: Esquema

• ¿Qué hay en todo éste código?• Listas de definición de:

– Funciones– Unidades– Compartimentos– Especies– Reacciones– ...

SBGN

• Dispone de tres tipos de representaciones gráficas:

– PD: Process Description– ER: Entity Relationship– AF: Activity Flow

SBGN: Process Description

• Muestra como varias entidades bioquímicas reaccionan entre sí a lo largo del tiempo.

• Procesos secuenciales y en paralelo.

SBGN: Process Description

SBGN: Entity Relationship

• Permite ver todas las relaciones en las que participan varias entidades.

• Independientemente del tiempo.

SBGN: Entity Relationship

SBGN: Activity Flow

• Describe cómo ciertas actividades biológicas influencian o son influenciadas por otras.

• Bueno para representar el efecto de las perturbaciones (genéticas o ambientales).

SBGN: Activity Flow

SBML - SBGN

• Algunos programas transforman ficheros SBML en gráficos SBGN y viceversa.

• En concreto utilizan los diagramas PD.