UTILIDAD DE LA SECUENCIACIÓN MASIVA PARA EL ESTUDIO DE

BIOMARCADORES A PARTIR DE ADN CIRCULANTE EN PACIENTES CON

CÁNCER DE PULMÓN

Clara Pérez-Barrios, Miguel Barquín Del Romo, Ricardo Sánchez Pérez, Alejandro Rodríguez,

Nieves Ortiz, María Del Carmen Turpín, Mariano Provencio, Atocha Romero Alfonso

Hospital Universitario Puerta de HierroCongreso Nacional Laboratorio Clínico 2018

INTRODUCCIÓN

Tsao AS et al. J Thorac Oncol. 2016

Medicina personalizada en cáncer de pulmón:

• Fármacos dirigidos hacia dianas

moleculares: TKIs

• EGFR, ALK, ROS1

• ADN circulante:

- Estudios no invasivos

Tecnologías de alta sensibilidad <1%

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OBJETIVOS

Evaluar la utilidad de un kit de secuenciación masiva para el estudio de mutaciones

somáticas relacionadas con cáncer de pulmón a partir de ADN circulante obtenido

de sangre.

Oncomine™ Lung cfDNA Assay

- LOD=0,1%

- 169 hotspots

- 11 genes:

ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1,

MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53Congreso Nacional Laboratorio Clínico 2018

MATERIAL Y MÉTODOS

- Muestras: 10 pacientes y 2 controles sanos.

- Extracción de ADN circulante: sistema Maxwell® RSC ccfDNA Plasma kit.

- NGS: kit Oncomine™ Lung cfDNA Assay y secuenciación en un equipo Ion S5™

Sequencer.

- Confirmación de las mutaciones por PCR digital QuantStudio 3D.

Mutados EGFR en tratamiento con TKIs

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RESULTADOS

NGS

• 10 pacientes:

-19 mutaciones

-Mediana de frecuencia

alélica mutada (MAF)= 0,29%

• Controles sanos:

- No mutaciones

TP53(n=4)

EGFR(n=15)

Sensitizing(n=9)

Resistencia(n=6)

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RESULTADOS

NGS vs dPCR

- 17 mutaciones confirmadas por dPCR

MAF=13,42 % MAF=13,54%

0 5 10 15 20 25

16

14

12

10

8

6

4

2

0

dPCR

NG

S

Pearson´s r= 0,991

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CONCLUSIONES

• La NGS de alta sensibilidad permite la detección y cuantificación de mutaciones

relacionadas con cáncer de pulmón a partir de ADN circulante, lo que facilita el

estudio de biomarcadores de forma no invasiva.

• La PCR digital es una buena alternativa para la confirmación de los resultados

obtenidos por secuenciación masiva.

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¡¡Gracias !!

@LiquidBiopsyLab

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