Laboratorio Agrobiotecnología Centro de Investigación ...

Laboratorio AgrobiotecnologiacuteaCentro de Investigacioacuten Agropecuaria Divisa

Carmen Bieberach Forero Zanya Aguilar Reyes Axel Villalobos Calixto Guerra Beroy Rita Gonzaacutelez Herrera Joseacute Hernaacuten Campos

Sandra Sopalda Prince Yanelkys Barrera Gonzaacutelez Ricardo Hernaacutendez Rojas Arnulfo Gutieacuterrez Gutieacuterrez

Cafeacute cientiacuteficoAplicaciones de la biotecnologiacutea en la agricultura 24 de mayo 2018

Centro de Investigacioacuten Agropecuaria DivisaLaboratorio Agrobiotecnologiacutea

1987

Conservacioacuten de germoplasma

Micropropagacioacuten

Investigacioacuten


Banco de germoplasma in vitro de especies agaacutemicas (1989)

Colecciones

bull Camote (Ipomoea batatas) 17

bull Plaacutetano (Musa AAB) 8

bull Ntildeame (Dioscorea alata D trifida) 27

bull Papa (Solanum tuberosum) 97

bull Yuca (Manihot esculenta) 46

Zanya Aguilar Reyes Calixto Guerra Beroy Joseacute Hernaacuten Campos Ricardo Hernaacutendez Rojas Yanelkys Barrera Gonzaacutelez Arnulfo Gutieacuterrez Gutieacuterrez

Coacutedigo Nombre del cultivar

D1 Darieacuten

D2 JamaicaD3 Diamante 6322 D4 CocoD5 Criollo babosoD6 Cristal

D7 CabuyaD8 Mano de Tigre

D9 Blanco PeluacuteD10 LisoD11 EspinosoD12 GelatinaD13 Colorado Peludo

D14 Mulato ColoradoD15 Morado


D16 PapaD17 NegroD18 Caballo O

D19 Paleta

D21 KabushaD22 Caballo R

D23 DulceD34 Dt ntildeampiacute blanco

D35 Dt ntildeampiacute morado

D38 AeacutereoD43 HBD44 SedaD46 Clon 94D50 CulebroD51 Monja

Coleccioacuten de Dioscorea sp

Banco de germoplasma in vitro de especies agaacutemicas


bull Rendimiento y adaptacioacuten Brasilentildea criolla

IDIAP Y1450-17 CG-1450-4

bull Materia seca (almidoacuten) IDIAP Y1505-17 MCol-1505

bull Uso agroindustrial (hojuelas) IDIAP Y523-174 CM-523-7

bull Betacarotenos Yema de huevo criolla

Coleccioacuten de yuca Variedades Origen

Introducidas del CIAT en 2009 liberadas en 2017

Camote biofortificado

alto contenido de betacarotenos

rendimiento superior a 30 T ha-1

bull IDIAP C03-17 CIP 1066031 piel rosada pulpa anaranjada

bull IDIAP C90-17 CIP 1060901 piel morada pulpa anaranjada



Saneamiento(termoterapia +

meristemas )Micropropagacioacuten Aclimatacioacuten

Cultivo en casa de vegetacioacuten

Zanya Aguilar Reyes Calixto Guerra Beroy Joseacute Hernaacuten Campos Yanelkys Barrera Gonzaacutelez

Saneamiento Micropropagacioacuten AclimatacioacutenCultivo en casa de

vegetacioacuten

Meristemas plaacutentulas semilla

Micropropagacioacuten de papa

Micropropagacioacuten de ntildeame

Investigacioacutenbull Seleccioacuten asistida por marcadores moleculares

bull Caracterizacioacuten molecular

bull Identificacioacuten de genes (resistencia y otras caracteriacutesticas)

bull Identificacioacuten de microrganismos

bull Desarrollo de protocolos de micropropagacioacuten

bull Generacioacuten de liacuteneas doble haploides de arroz

1

2

3

4

Reactivosbull Oligonucleoacutetidos 1 microM bull Taq polimerasa 1ubull MgCl2 3 mMbull dNTPs 400 microMbull Buacutefer 1Xbull ADN 100 ng

95

607272

60

PCR y Secuenciacioacuten (NGS)

ldquoInnovacioacuten tecnoloacutegica para el desarrollo sostenible del agro y la soberaniacutea alimentariardquo

Cruces para resistencia a Xanthomonas oryzae

Progenitores

bull IDIAP 38

bull Xa1 Xa3 Xa5

Cruce Nuacutemero de plantas

Muestra Seleccioacuten

Xa1 x I38 390 39 12

Xa3 x I38 230 23 12

Xa5 x I38 200 20 1

Progenitores

bull IDIAP 145-05

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I145 300 29 1 + 11

Xa3 x I145 200 17 9 + 4

Xa5 x I145 250 25 19

Seleccioacuten asistida por marcadores moleculares

Carmen Bieberach Forero Zanya Aguilar Reyes Viacutector Camargo Sandra Sopalda Prince

Xa3 ndash BDTG18

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 23 M

600600

Anaacutelisis del cruce Xa3 x IDIAP 38 iniciador BDTG18

Xa1 ndash BDTG10

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 M

800800


Caracterizacioacuten molecular

bull Caracterizacioacuten molecular de variedades de arroz (mejoradas y criollas)bull Resistencia a Xoobull Resistencia a Magnaporthe grisaebull Resistencia a Burkholderia glumaebull Resistencia a Rizoctonia

bull Identificacioacuten de genes de quitinasas en cultivares de ntildeame

bull Identificacioacuten de genes de resistencia a begomovirus en tomate criollo

bull Identificacioacuten de genes en hiacutebridos nacionales de maiacutez dulce (su1 se1 sh2)

1500

1000

500600

200

M 3 9 10 12 15 18 20 28

IDIAP 38

Anaacutelisis de la variedad IDIAP 38 para resistencia a Xoo

bull gt I38-20CTATTTGGAACATCTCCCTCTCCATATTCGAAGTCATATCCAACAAGCTAAGTGGTACACTGCCTACAATGCATTCAGTAATCTTCCTAGTCTGCAGGAGGTATACATGTATTACAACCAGTTTCATGGTCGTATCCCGGCATCGATAGGTAATGCTTCCAACATCTCAATATTACCATTGGTTTAAACTCTTTTAGCGGTGTTGTTCCACCGGAGATTGGAAGGATGAGAAATCTTCAGAGACTAGAGCTTCCAGAAACTCTTTCGGAAGCTGAAGAAACAAATGATTGGAAATTCATGACGGCATTGACAAATTGCTCCAATCTTCAAGAAGTGGAACTGGGAGGTTGTAAATTTGGTGGAGTCCTCCCTGATTC

Descripcioacuten Ident Accesioacuten NCBI

Oryza sativa grupo Indica cultivar Shuhui498

secuencia del cromosoma 11 99 CP0181671

Oryza sativa receptor kinase-like protein gene family

member E complete cds99 U727241

PREDICTED Oryza sativa Japoacutenica probable LRR receptor-

like serinethreonine-protein kinase At3g47570

(LOC9271075) mRNA

98 XM_0157613521

Oryza sativa grupo Japoacutenica cultivar Nipponbare

cromosoma 1198 AP0149671


cromosoma 11 clone OSJNBa0038B2298 AC1369564

Oryza sativa grupo Indica cultivar RP Bio-226 cromosoma

1 93 CP0126091

Anaacutelisis de la secuencia de IDIAP 38

Gen Cr MarcadorTamantildeo (pb) Variedades

con bandas esperado observado

Pi-9 6 RM 541 158 159-162 9

Pi-1 11 RM 224 157 139-191 15

Piz-5 6 RM 527 233 221-240 11

Pi-b 2 RM 208 173172-188 7

Pi-ta 12 RM 247 131 139-181 8

Pi33 8 RM 72 166 0

Pi-27(t) 1 RM 259 162 161-183 14

Pitp(t) 1 RM 246 116 102-121 13

Pi-kh 11 RM 206 147 138-175 4

Pb1 11 S273 133 135-142 15

Pi21 4 Pi21b 972 977 -997 3

Caracterizacioacuten de variedades de arroz (marcadores para resistencia a Magnaporthe grisae)

Carmen Bieberach Forero Sandra Sopalda Prince

Identificacioacuten de un gen de quitinasa en cultivares de ntildeame (Dioscorea sp)

M D3 D6 D9 D11 D15 D13 D14 D19 M D14 D11 D48

Carmen Bieberach Forero Zanya Aguilar Reyes Rita Gonzaacutelez Herrera

M D3 D6 D8 D9 D11 D13 D14 D15 D19 D48-2 M D3 D6 D8 D9 D11 D13 D14 D15 D19 D48-2

400400

Q10 Q11

Imagen UVP02059 del 24 de marzo de2017Marcador K180 Amresco (100-3000 pb)

Identificacioacuten de un gen de quitinasas en cultivares de ntildeame (Dioscorea sp)

D3 alineamiento

Dioscorea oppositifolia gene for chitinase complete cds

Sequence ID AB1027141Length 1631Number of Matches 1

Related Information

Range 1 391 to 750

Alignment statistics for match 1

Score Expect Identities Gaps Strand

523 bits(283) 1e-144 335360(93) 3360(0) PlusPlus

Query 1 GTTCTCTCCGGTCTCTTCTCCAGCTCTGTTGTGGCACAAAACTGCAAGTGCGACACCACC 60 D3

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Sbjct 391 GTTCTCTCCGGTCTCTTCTCCAGCTCTGCCGTGGCACAAAACTGCCAGTGCGACACCACC 450 AB1027141

Query 61 ACCTACTGCTGCAGCCAGTATGGCTACTGCGGCAACAGCTACGACTACTGTGGACCTGGA 120

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Sbjct 451 ATCTACTGCTGCAGCCAGCATGGCTACTGCGGCAACAGCTACGACTATTGTGGACCGGGA 510

Query 121 TGCCAAGCCGGTCCTTGTTGGGTTCCTTGCGAAGGAAACGGCACCTTAA-AGTTACTGAT 179

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Sbjct 511 TGCCAAGCCGGTCCTTGTTTGGTTCCTTGCGAAGGAAACGGCACCTTAACAGTTAGTGAT 570

Query 180 ATTGTAACACAGGACTTTTGGGACGGAATTGCATCGCAAGCCGCTGACAACTGTCCTGGT 239

||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| | |||

Sbjct 571 ATTGTAACACAGGACTTTTGGGACGGAATTGCATCACAAGCCGCTGCCAACTGTTCCGGT 630

Query 240 AAAGGCTTCTACACCCGGTCTGCCTTCCTT-AAGCCATTTCCGCGTACCCTGAATTTGGC 298

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Sbjct 631 AAAGGCTTCTACACCCTGTCTGCCTTCTTAGAAGCCGTTTCGGCTTACCCTGGCTTTGGC 690

Query 299 ACC-AATGCACCGACGATGACAGAAAGAGAGAGATTGCAGCTTACTTCGCCCATGTCACC 357

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Sbjct 691 ACCAAATGCACCGACGAAGACAGAAAGAGAGAGATTGCAGCTTACTTCGCCCATGTCACC 750

GTTCTCTCCGGTCTCTTCTCCAGCTCTGTTGTGGCACAAAACTGCAAGTGCGACACCACCACCTACTGCTGCAGCCAGTATGGCTACTGCGGCAACAGCTACGACTACTGTGGACCTGGATGCCAAGCCGGTCCTTGTTGGGTTCCTTGCGAAGGAAACGGCACCTTAAAGTTACTGATATTGTAACACAGGACTTTTGGGACGGAATTGCATCGCAAGCCGCTGACAACTGTCCTGGTAAAGGCTTCTACACCCGGTCTGCCTTCCTTAAGCCATTTCCGCGTACCCTGAATTTGGCACCAATGCACCGACGATGACAGAAAGAGAGAGATTGCAGCTTACTTCGCCCATGTCACC

CultivarReferencia NCBI

AB1027141 ()D3 Diamante 6322 93

D6 Cristal 90D9 Blanco Peluacute 91

D13 Colorado Peludo 87

D14 Mulato Colorado 92

D19 Paleta 90

Desarrollo de protocolo de micropropagacioacuten de pifaacute

(Bactris gasipaes )

C Bieberach Forero Joseacute Hernaacuten Campos Yanelkys Barrera

Identificacioacuten de microorganismos (patoacutegenos de plantas)

Teacutecnicas PCR y secuenciacioacutenbull Colletotrichum en ntildeame

bull Burkholderia de arroz

bull Colletotrichum acutata en cafeto

Carmen Bieberach Forero Felipe Gonzaacutelez Ochoa Rito Herrera Vega

Rita Gonzaacutelez Herrera Axel Villalobos Corteacutes

Identificacioacuten de genes en hiacutebridos nacionales de maiacutez dulce (su1 se1 sh2)

M 1 3 4 5 6 8 10 11 13 14 15 16 17 18 19 20 M

1000

36 hiacutebridos analizados12 tienen el gen su18 tienen el gen sh2Proyecto Conservacioacuten de germoplasma

Carmen Bieberach Forero Sandra Sopalda Prince Omar Alfaro

Contribucioacuten de la biotecnologiacutea al desarrollo agropecuario

Informacioacuten sobre las caracteriacutesticas de variedades

Conservacioacuten de la variabilidad geneacutetica de los cultivos para ofrecer a la agricultura nacional genotipos con caracteriacutesticas para diversos usos

Multiplicacioacuten masiva de plantas de alta calidad fitosanitaria para la produccioacuten de semilla vegetativa

Apoyo a los proyectos de mejoramiento geneacutetico

Yanelkys Barrera Calixto Guerra Sandra Sopalda J Hernan Campos Zanya Aguilar

Rita Gonzaacutelez ZanyaAguilar Axel Villalobos LissyAvila Carmen Bieberach

Centro de Investigacioacuten Agropecuaria DivisaLaboratorio Agrobiotecnologiacutea

1987



Investigacioacuten



Colecciones








D1 Darieacuten







D19 Paleta









IDIAP Y1450-17 CG-1450-4


















vegetacioacuten










1

2

3

4


95

607272

60




Progenitores

bull IDIAP 38

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I38 390 39 12

Xa3 x I38 230 23 12

Xa5 x I38 200 20 1

Progenitores

bull IDIAP 145-05

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I145 300 29 1 + 11

Xa3 x I145 200 17 9 + 4

Xa5 x I145 250 25 19



Xa3 ndash BDTG18

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 23 M

600600


Xa1 ndash BDTG10

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 M

800800







1500

1000

500600

200

M 3 9 10 12 15 18 20 28

IDIAP 38










(LOC9271075) mRNA

98 XM_0157613521






1 93 CP0126091




Pi-9 6 RM 541 158 159-162 9

Pi-1 11 RM 224 157 139-191 15

Piz-5 6 RM 527 233 221-240 11

Pi-b 2 RM 208 173172-188 7

Pi-ta 12 RM 247 131 139-181 8

Pi33 8 RM 72 166 0

Pi-27(t) 1 RM 259 162 161-183 14

Pitp(t) 1 RM 246 116 102-121 13

Pi-kh 11 RM 206 147 138-175 4

Pb1 11 S273 133 135-142 15

Pi21 4 Pi21b 972 977 -997 3




M D3 D6 D9 D11 D15 D13 D14 D19 M D14 D11 D48



400400

Q10 Q11



D3 alineamiento



Related Information

Range 1 391 to 750



523 bits(283) 1e-144 335360(93) 3360(0) PlusPlus


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AB1027141 ()D3 Diamante 6322 93




D19 Paleta 90


(Bactris gasipaes )









M 1 3 4 5 6 8 10 11 13 14 15 16 17 18 19 20 M

1000












Colecciones








D1 Darieacuten







D19 Paleta









IDIAP Y1450-17 CG-1450-4


















vegetacioacuten










1

2

3

4


95

607272

60




Progenitores

bull IDIAP 38

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I38 390 39 12

Xa3 x I38 230 23 12

Xa5 x I38 200 20 1

Progenitores

bull IDIAP 145-05

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I145 300 29 1 + 11

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Xa3 ndash BDTG18

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 23 M

600600


Xa1 ndash BDTG10

M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 M

800800







1500

1000

500600

200

M 3 9 10 12 15 18 20 28

IDIAP 38










(LOC9271075) mRNA

98 XM_0157613521






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Pi-9 6 RM 541 158 159-162 9

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Pi-ta 12 RM 247 131 139-181 8

Pi33 8 RM 72 166 0

Pi-27(t) 1 RM 259 162 161-183 14

Pitp(t) 1 RM 246 116 102-121 13

Pi-kh 11 RM 206 147 138-175 4

Pb1 11 S273 133 135-142 15

Pi21 4 Pi21b 972 977 -997 3




M D3 D6 D9 D11 D15 D13 D14 D19 M D14 D11 D48



400400

Q10 Q11



D3 alineamiento



Related Information

Range 1 391 to 750



523 bits(283) 1e-144 335360(93) 3360(0) PlusPlus


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AB1027141 ()D3 Diamante 6322 93




D19 Paleta 90


(Bactris gasipaes )









M 1 3 4 5 6 8 10 11 13 14 15 16 17 18 19 20 M

1000











D1 Darieacuten







D19 Paleta









IDIAP Y1450-17 CG-1450-4


















vegetacioacuten










1

2

3

4


95

607272

60




Progenitores

bull IDIAP 38

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I38 390 39 12

Xa3 x I38 230 23 12

Xa5 x I38 200 20 1

Progenitores

bull IDIAP 145-05

bull Xa1 Xa3 Xa5



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600600


Xa1 ndash BDTG10

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800800







1500

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M 3 9 10 12 15 18 20 28

IDIAP 38










(LOC9271075) mRNA

98 XM_0157613521






1 93 CP0126091




Pi-9 6 RM 541 158 159-162 9

Pi-1 11 RM 224 157 139-191 15

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Pi-kh 11 RM 206 147 138-175 4

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M D3 D6 D9 D11 D15 D13 D14 D19 M D14 D11 D48



400400

Q10 Q11



D3 alineamiento



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523 bits(283) 1e-144 335360(93) 3360(0) PlusPlus


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AB1027141 ()D3 Diamante 6322 93




D19 Paleta 90


(Bactris gasipaes )









M 1 3 4 5 6 8 10 11 13 14 15 16 17 18 19 20 M

1000












IDIAP Y1450-17 CG-1450-4


















vegetacioacuten










1

2

3

4


95

607272

60




Progenitores

bull IDIAP 38

bull Xa1 Xa3 Xa5



Xa1 x I38 390 39 12

Xa3 x I38 230 23 12

Xa5 x I38 200 20 1

Progenitores

bull IDIAP 145-05

bull Xa1 Xa3 Xa5



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M 3 9 10 12 15 18 20 28

IDIAP 38










(LOC9271075) mRNA

98 XM_0157613521






1 93 CP0126091




Pi-9 6 RM 541 158 159-162 9

Pi-1 11 RM 224 157 139-191 15

Piz-5 6 RM 527 233 221-240 11

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Pitp(t) 1 RM 246 116 102-121 13

Pi-kh 11 RM 206 147 138-175 4

Pb1 11 S273 133 135-142 15

Pi21 4 Pi21b 972 977 -997 3




M D3 D6 D9 D11 D15 D13 D14 D19 M D14 D11 D48



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D3 alineamiento



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