Práctica 1 Análisis Bioinformático Liñan

7/24/2019 Prctica 1 Anlisis Bioinformtico Lian

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MODELIZACINDE

BIOMOLCULAS

ANLISISBIOINFORMTICODEUNASECUENCIADE

AMINOCIDOSPERTENECIENTE

AUNAPROTENATRIPSINA

E.A.P. de Gentica y Biotecnologa

LIMA-PER

2015

ALUMNO: ARTURO LIAN TORRESCDIGO DE ALUMNO: 10100069PROFESOR: MSc GUSTAVO A. SANDOVAL

Ao de la Diversificacin Productiva y del Fortalecimiento de la Educacin


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ANLISIS BIOINFORMTICO DE UNA SECUENCIA DE AMINOCIDOS PERTENECIENTE A UNA PROTENA TRIPSINA

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INTRODUCCIN AL ANLISIS BIOINFORMTICO DE SECUENCIASPROTEICAS

El anlisis bioinformtico de secuencias proteicas es el estudio que abarca desde un anlisis deparmetros bioqumicos hasta la prediccin de la estructura tridimensional de una protena. Lainformacin bsica sobre la estructura de una protena proviene de su secuencia, con la secuencia sepueden calcular los parmetros bioqumicos e identificar sus dominios y analizarlos por separado. Losdominios de protenas son tiles para la asignacin de funciones a las protenas que no han sidocaracterizadas. Se propone la prediccin de la estructura secundaria de una protena como un pasointermedio en la prediccin de la estructura terciaria cuando no se conoce o no hay estructurastridimensionales homlogas disponibles en el PDB (Protein Data Bank). La funcin de una protenaest altamente correlacionada con su estructura terciaria, por lo tanto, el conocimiento de la estructuraes crtica para la anotacin funcional de las protenas no caracterizadas (1).

Para el anlisis bioinformtico de secuencias proteicas existen diversidad de herramientasbioinformticas.

Para el anlisis de parmetros bioqumicos se puede emplear la herramienta ProtParam(http://www.expasy.org/tools/protparam.html)que es provista por ExPASy World Wide Web server.ProtParam calcula varias propiedades fisicoqumicas (parmetros bioqumicos) a partir de la secuenciade aminocidos de una protena. Los parmetros calculados incluyen peso molecular, pI terico, lacomposicin de aminocidos, composicin atmica, coeficiente de extincin, la vida media estimada,el ndice de inestabilidad, el ndice aliftico y el promedio general de hidropaticidad (GRAVY) (2) (3). El uso reciente de esta herramienta se evidencia, por ejemplo, en el trabajo de Soltani et al.2013,titulado Cloning, Nucleotide Sequencing and Bioinformatics Study of NcSRS2 Gene, an Immunogen

from Iranian Isolate ofNeospora caninum (4).

Luego de realizar el anlisis de parmetros bioqumicos se procede al anlisis de comparacin desecuencias. Este anlisis se puede iniciar por un anlisis de dominios conservados, con este objetivoexiste la herramienta PROSITE (http://prosite.expasy.org/), que se compone de entradas quedescriben los dominios de protenas, las familias y los sitios funcionales, as como patrones asociadosy perfiles para identificarlos. PROSITE se complementa con ProRule, un conjunto de reglas, lo queaumenta el poder discriminatorio de estos perfiles y patrones, proporcionando informacin adicionalacerca de aminocidos crticos estructuralmente y/o funcionalmente. Las reglas de ProRule permitenlas anotaciones de secuencias de protenas (como sitio activo y residuos de unin a ligandos) y lascondiciones en las que se aplican (por ejemplo el requirimiento de residuos de aminocidosespecficos) (5). Adems de PROSITE, existen otros servidores web para la determinacin dedominios de protenas, tales como Pfam y SMART (3). En el trabajo por Soltani et al.2013 usaronPROSITE para anlisis de dominios conservados (4).

Despus del de anlisis con PROSITE, se puede proceder a un anlisis de comparacin de secuenciasproteicas, para ello debemos contar con un nmero considerable de secuencias adicionales homlogas,en cierto nivel, a nuestra secuencia problema. Para obtener secuencias adicionales se usa laherramienta BLAST, que es un acrnimo de "Bsic Local Alignment Search Tool". La herramienta
http://www.expasy.org/tools/protparam.htmlhttp://www.expasy.org/tools/protparam.htmlhttp://www.expasy.org/tools/protparam.htmlhttp://prosite.expasy.org/http://prosite.expasy.org/http://prosite.expasy.org/http://prosite.expasy.org/http://www.expasy.org/tools/protparam.html


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BLAST, basada en el algoritmo de SmithWaterman, permite encontrar alineamientos locales ptimostomando como base una secuencia problema y enfrentndola a una base de datos. Al realizar elanlisis de comparacin de secuencias se pueden hallar sitios conservados de un modo ms especficoy sugerir la funcin de una protena desconocida a travs de homlogos anotados hallados mediantelos alineamientos locales ptimos obtenidos por el BLAST(6).

Una vez que se obtienen un nmero considerable de secuencias similares a nuestra secuenciaproblema, se procede a la alineacin mltiple de secuencias para la determinacin de regionesconservadas entre secuencias. Con la herramienta ClustalW se realiza el alineado y con la herramientaBoxShade el alineamiento es coloreado para identificar residuos idnticos, similares y diferentes entresecuencias(7).

Luego del anlisis de la estructura primaria (secuencia de aminocidos) se procede al anlisis de laestructura secundaria Para predecir la estructura secundaria se puede utilizar el servidor de anlisisNPS@ (Network Protein Sequence Analysis, http://npsa-pbil.ibcp.fr/). En este servidor se puedenutilizar muchos algoritmos para predecir la estructura secundaria en protenas, tales como hierarchical

neural network, double prediction method, discrimination of protein secondary structure class,Garnier, Gibrat, multivariate linear regression combination, PHD, Predator, y SOPM(8)(9).

Finalmente, se procede al anlisis de la estructura terciaria. Para el anlisis de la estructura terciaria sedebe realizar un alineamiento estructural. Primero mediante la secuencia problema se busca algunaestructura con cierto grado de homologa con respecto a nuestra secuencia problema, en la base dedatos PDB (10), se copia el ID de dicha estructura, luego se ingresa al servidor MMDB(http://ncbi.nlm.nih.gov/Structure/MMDB/mmdb.shtml) (11) y se busca la estructura de dichaprotena, se descarga la estructura en formato Cn3D, por ltimo, se visualiza y se realiza elalineamiento estructural de nuestra secuencia problema con la estructura homloga en cierto grado(12).

En el presente anlisis se eligi una secuencia perteneciente a una protena tripsina perteneciente a ungusano nodular Oesophagostomum dentatum, para determinar sus parmetros bioqumicos,identificar si hay presencia de dominios conservados y sitios activos, compararla con otras secuenciasy alinearlas para determinar la presencia de regiones conservadas, predecir su estructura secundaria yterciaria.
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RESULTADOS DEL ANLISIS

El anlisis bioinformtico de una protena tripsina con nmero de accesin en el GenBank KHJ75563

y de secuencia:

MHGYAYSNKRTINHNVDSGWGMTKENGRRADALREIHVPILPFAQCNNMAHYGGRVHMPSMICAGYTQGVVDSCQGDSGGPLMCTSVGGNWEVHGLVSWGIGCGRPGHPGVYSNVHAAMPWIQLELAKLREQH

Se muestra a continuacin:

PARMETROS BIOQUM ICOS

Varios de los parmetros bioqumicos de la protena estudiada se calcularon utilizando la herramientaProtParam. Los resultados del anlisis se muestran en la Tabla 1.

Tabla 1. Parmetros bioqumicos de la protena tripsina calculados en ProtParam.

Nmero de aminocidos 133Peso molecular 14498.4pI terico 7.74Residuos cargados negativamente (Asp + Glu) 9Residuos cargados positivamente (Arg + Lys) 10Vida media estimada 30 horas (reticulocitos de mamfero, in vitro)

>20 horas (levadura, in vivo)

>10 horas (Escherichia coli,in vivo)ndice de inestabilidad 48.95

El nmero de aminocidos de la tripsina en anlisis es de 133, presenta un peso molecular de 14498.4Da (14.5kDa), su punto isoelctrico terico es 7.74, cuenta con 9 aminocidos de carga negativa y 10

de carga positiva, el tiempo en que tarda la mitad de la cantidad de la tripsina en desaparecer en una

clula despus de su sntesis es de 30 horas mamferos, ms de 20 horas para levaduras y ms de 10

horas para E. coli, y la estimacin de la estabilidad de dicha protena en un tubo de ensayo es dada

por su ndice de inestabilidad 48.95.

COMPARACIN DE SECUENCIAS

La secuencia de la tripsina en estudio se analiz con la herramienta PROSITE para la determinacinde dominios conservados y sitios activos. Se hall un dominio propio de las tripsinas, que abarcdesde el aminocido 1 hasta el 127; y dos puentes disulfuro, el primero entre el aminocido 46 y 63, yel segundo entre el aminocido 74 y 103, y el sitio activo en el aminocido 78 (Figura 1).


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Figura 1. Anlisis de dominios conservados con PROSITE, se muestra el dominio de tripsina. (a) Enverde se resaltan las cistenas que forman el primer puente disulfuro y en (b) se resaltan las que formanel segundo. Tanto en (a) y (b) el rombo rojo indica el sitio activo.

Al analizar la secuencia con la herramienta BLAST del NCBI tambin se determin el dominio detripsina, pero en este caso abarca desde el aminocido 18 al 122 (Figura 2).

Figura 2. Anlisis de la secuencia con la herramienta BLAST. Se observa la presencia del dominio de

tripsina.

Del empleo de la herramienta BLAST, se tomaron 4 secuencias adicionales similares del GenBankpara comparar secuencias y analizar las regiones conservadas entre las secuencias. En la Tabla 2 semuestran los valores de cobertura, identidad y nmero de accesin de dichas secuencias.

(a)

(b)


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Tabla 2. Descripcin, cobertura, identidad y nmero de accesin de las secuencias tomadas delGenBankpara el anlisis de regiones conservadas a travs de comparacin de secuencias.

Descripcin Cobertura Identidad Nmero de accesinTrypsin [Ancylostoma ceylanicum] 83% 87% EPB77417.1Trypsin [Dictyocaulus viviparus] 86% 71% KJH44418.1Serine proteinase [Meloidogyne incognita] 85% 59% ABQ02009.1Protein TRY-1 [Caenorhabditis elegans] 86% 59% NP 494910.2

Para el anlisis de comparacin de secuencias y determinar regiones conservadas se realiz unalineamiento mltiple, de las secuencia problema y de las secuencias 4 secuencias adicionales tomadasdel GenBank (Tabla 2), con la herramienta ClustalW y para la presentacin del alineamiento se us laherramienta BoxShade (Figura 3). Las regiones conservadas se muestran en negro, los gruposqumicos conservados en plomo, donde no hay regiones conservadas no hay sombreado y los gaps se

simbolizan por un guion (-). Regiones conservadas de las cistenas que forman los puentes disulfurosse muestran en rojo y la conservacin de la serina que forma el sitio activo en mostaza.

PREDICCIN DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA

Para predecir la estructura secundaria se utiliz el servidor de anlisis NPS@ con el algoritmo PHD.En la Figura 4 se muestra el resultado obtenido del servidor NPS@, en azul se muestran losaminocidos que forman alfa hlices (Hh) que son 24 (18.05%), en rojo se muestran los aminocidosque forman lminas beta (Ee) que son 47 (35.34%) y en amarillo se muestran los aminocidos que no

forman una estructura definida (Cc) que son 62 (46.62%).

PREDICCIN DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA

Mediante la secuencia de la tripsina en estudio se busc en la base de datos PDB alguna estructura concierto grado de homologa con respecto a nuestra secuencia problema, el ID de dicha estructura seingres al servidor MMDB del NCBI y se busc la estructura de dicha protena, se descarg laestructura para visualizarla en la herramienta Cn3D y se realiz el alineamiento estructural de nuestrasecuencia problema con la estructura homloga en cierto grado, con la finalidad de predecir laestructura terciaria de nuestra tripsina en estudio. La secuencia con cierto grado de homologa a

nuestra tripsina en estudio posee un PDB ID 2F91, est formada por dos polmeros: una tripsina de237 aminocidos y un inhibidor de serina proteasas I/II de 35 aminocidos, y posee dos ligandos: ioncadmio e ion cloruro; su estructura fue determinada por difraccin de rayos X con un nivel deresolucin de 1.20 (13). El alineamiento se realiz con el polmero de 237 aminocidos. Delalineamiento estructural en las Figuras 5, 6 y 7 se observan 3 regiones conservadas.


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Figura

3.

Presentacindealineamientomltipledelas5secuenc

iasenBoxShade.


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Figura 4. Anlisis de estructura secundaria mediante el algoritmo PHD del servidor NPS@. En azul semuestran las alfa hlices, en rojo las lminas beta y en amarillo las estructuras formadas al azar.

Figura 5. Alineamiento estructural de nuestra tripsina en estudio y la estructura con cierto grado de homologatomada del PDB. En amarillo se muestra la primera regin conservada que forma un Random coil.


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Figura 6. Alineamiento estructural de nuestra tripsina en estudio y la estructura con cierto grado de homologatomada del PDB. En amarillo se muestra la segunda regin conservada que forma un Random coil.

Figura 7. Alineamiento estructural de nuestra tripsina en estudio y la estructura con cierto grado de homologatomada del PDB. En amarillo se muestra la tercera regin conservada que forma un Random coil.


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DISCUSIN

PARMETROS BIOQUM ICOS

La tripsina es una enzima digestiva que pertenece a la familia de serina proteasas (Familia S1 de

peptidasas de eucariotas) (EC 3.4.21.4) (14). Hidroliza el enlace amida de las protenas y pptidospreferentemente en el extremo C-terminal de la lisina y la arginina. Adems puede hidrolizarcompuestos acilo, amidas, anilinas, steres, tiosteres y fosfonatos. Su sitio activo posee la triadacataltica de los residuos His57, Asp102 y Ser195 que son especficos de esta clase de las serinaproteasas (15). El tamao de la tripsina vara dependiendo de la especie, por ejemplo en el GenBank seencuentra depositada una secuencia de una protena tipo tripsina de 478 aa (GB: ADP89566.1) de unplatelminto Taenia solium(16), la protena tripsina, en el presente estudio, perteneciente al nematodoOesophagostomum dentatum tiene un tamao de 133 aminocidos (GB: KHJ75563.1) (Tabla 1), elartculo cientfico, de ttulo Draft genome of the hookworm Oesophagostomum dentatum (Mitrevaet al.), a partir del cual se obtuvo esta secuencia no est publicado, la informacin que se tiene en elGenBank no menciona si es una secuencia parcial y tampoco el mtodo de obtencin de la secuencia

proteica. Sin embargo, al hacer una bsqueda en el GenBank sobre otras secuencias de tripsina delmismo parsito se deduce que es una secuencia parcial, ya que hay otras secuencias de mayor tamaopara la tripsina de este parsito (GB: KHJ94221.1, KHJ92485.1, entre otras) y que se obtuvo portraduccin in silico, esta ltima informacin se obtiene al ingresar su ID GB en Unitprot(http://www.uniprot.org/uniprot/A0A0B1RR60).

Del anlisis de la secuencia de 133 aminocidos, el peso molecular es de 14.5 kDa, lo cual la clasificacomo una protena de bajo peso molecular, el pH al cual la tripsina tiene carga neto cero es 7.74 (pI) yesto concuerda con la mayor presencia de aminocidos con carga positiva que negativa, la vida mediaestimada en un sistema de eucariotas es de 30 horas para mamferos y ms de 20 horas para levaduras,sin embargo segn el ndice de inestabilidad (48.95) esta protena es considerada como inestable, elpunto de corte para considerar si una protena es estable o inestable segn este ndice es 40 (4).

La inestabilidad de esta protena tripsina se debe a que es una enzima extracelular (secretada). Lasenzimas extracelulares poseen una vida media que es limitada por la estabilidad de pH y temperaturade un medio externo (17). En contraste, las enzimas intracelulares poseen el microambiente protectorde las clulas que les permite estar en un ambiente inico y un estado de hidratacin relativamenteconstantes (18), es por eso que de manera general se dice que las enzimas extracelulares no sonestables o lo son en menor nivel que las intracelulares.

COMPARACIN DE SECUENCIAS

Del anlisis realizado en PROSITE, se observ que la protena analizada tiene un dominio de tripsinapropio de la familia S1 de peptidasas. Adems presenta puentes disulfuro, y se sabe que la formacinde enlaces disulfuro entre residuos de cistena se producen durante el plegado de muchas protenas queentran en la va secretora, se piensa que la presencia de estos enlaces le confieren estabilidad cuandolas protenas secretadas se exponen al medio extracelular (19). La localizacin de su sitio activo recaeen el aminocido 78, que es una serina, sin embargo, el sitio activo las serina proteasas de la familiaS1 de las peptidasas est caracterizado por una triada cataltica de los residuos His57, Asp102 ySer195 (15), la ausencia de la histidina y el cido asprtico en el sitio activo se debera a que la
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secuencia analizada es parcial y por ende no se cuenta con parte de la secuencia que tendra a la His57y Asp102.

Mediante el anlisis con la herramienta BLAST tambin se determin la presencia del dominiotripsina, pero este fue localizado entre los aminocidos 18 y 122, esto puede deberse a que el BLAST

ejecuta un anlisis ms riguroso que el PROSITE al comparar la secuencia problema con lassecuencias en la base de datos del GenBank.

Las secuencias seleccionadas (Tabla 2) del GenBank, incluyendo la secuencia problema, alineadas enla herramienta ClustalW y visualizadas en la herramienta BoxShade muestran de una manera msrigurosa regiones conservadas, con el PROSITE y el BLAST se determinaron regiones conservadasmuy amplias por analizar solo la secuencia problema. En la Figura 3 se observan las regionesconservadas entre las secuencias alineadas, el dominio grande que se determin analizando solamentela secuencia problema se redujo a varios dominios menor tamao. Tenemos secuencias conservadas de13 aminocidos (DSCQGDSGGPLMC), de 7 aminocidos (VSWGIGC) y otras de menor tamao. Sedestaca la conservacin de las cistenas que forman los dos puentes disulfuro y la conservacin de la

serina del sitio activo; la conservacin de dichas regiones funcionales y de importancia estructural sonbsicas de familias de protenas (20)(21).

PREDICCIN DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA

La protena tripsina estudiada muestra mayor presencia de Random Coil que alfas hlice y lminasbeta, esto es caracterstico de las protenas tripsina. Para comprobar la mayor presencia de Randomcoil en la estructura secundaria caracterstica de las protenas tripsina se analiz la estructura de dossecuencias de tripsinas con PDB ID: 1UTN (22) y 2F91 (13) pertenecientes a las especiesBos taurus

y Pontastacus leptodactylus, respectivamente. En la primera se determin 48.56% de Random coil,21.40% de alfas hlice y 30.04% de lminas beta, y en la segunda se determin 48.95% de Randomcoil, 2.95% de alfas hlice, y 48.10% de lminas beta.

PREDICCIN DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA

Se eligi la secuencia de 237 aminocidos que corresponde a la tripsina para el alineamientoestructural. Las regiones conservadas entre la estructura de la tripsina (2F91) y la secuencia estudiadade tripsina (GB: KHJ75563.1) muestra conservacin de 3 regiones estructurales Random coil. Seobtuvo un bajo grado de homologa, a pesar de que se est tratando con serina proteasas que poseen unalto grado de homogeneidad estructural en cuanto a conformacin tridimensional, lo que sugiere unarelacin evolutiva (23) . Por ejemplo, las serina proteasas siempre poseen una trada de aspartato,histidina y serina junto a la depresin del sitio activo (24). Este bajo nivel de homologa se puededeber a que el alineamiento estructural se dio entre una estructura de tripsina de un cangrejo de ro yuna secuencia parcial de tripsina de una especie de nemtodo, adems en el primer caso la estructurase determin por difraccin de rayos X, y en el segundo caso no hay estructura determinada y susecuencia proteica proviene de una traduccin in silico. Sin embargo, pese al bajo grado de homologa,la presencia de los sitios conservados de puentes disulfuro y el sitio activo de serina se observan en elalineamiento con Cn3D y esto se correlaciona con el resultado mostrado en BoxShade.


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CONCLUSIONES

El anlisis bioinformtico de la secuencia proteica parcial confirma que se trata de una enzimatripsina. Esta secuencia parcial indica que se trata de una protena de bajo peso molecular que presentams residuos cargados positivamente que negativamente y el ndice de inestabilidad es bajo por ser

una enzima extracelular. Esta secuencia posee un dominio de tripsina, 2 puentes disulfuro y un sitioactivo. La protena presenta en mayor porcentaje estructuras secundarias Random coil. No se obtuvoun grado alto de homologa en la prediccin de estructura terciaria.

BIBLIOGRAFA

1. Pavlopoulou A, Michalopoulos I. State-of-the-art bioinformatics protein structure prediction tools(Review). Int J Mol Med. septiembre de 2011;28(3):295-310.

2. Walker JM, editor. Protein Identification and Analysis Tools on the ExPASy Server - Springer.

Humana Press; 2005 [citado 13 de abril de 2015]. Recuperado a partir de:http://link.springer.com/protocol/10.1385%2F1-59259-890-0%3A571

3. Yang Z, Yu Y, Yao L, Li G, Wang L, Hu Y, et al. DetoxiProt: an integrated database fordetoxification proteins. BMC Genomics. 30 de noviembre de 2011;12 Suppl 3:S2.

4. Soltani M, Sadrebazzaz A, Nassiri M, Tahmoorespoor M. Cloning, Nucleotide Sequencing andBioinformatics Study of NcSRS2 Gene, an Immunogen from Iranian Isolate of Neosporacaninum. Iran J Parasitol. enero de 2013;8(1):114-27.

5. Sigrist CJA, de Castro E, Cerutti L, Cuche BA, Hulo N, Bridge A, et al. New and continuingdevelopments at PROSITE. Nucleic Acids Res. enero de 2013;41(Database issue):D344-7.

6. Altschul SF. BLAST Algorithm. En: John Wiley & Sons Ltd, editor. eLS [Internet]. Chichester,UK: John Wiley & Sons, Ltd; 2014 [citado 13 de abril de 2015]. Recuperado a partir de:http://doi.wiley.com/10.1002/9780470015902.a0005253.pub2

7. Young DJ, Edgar CD, Murphy J, Fredebohm J, Poole ES, Tate WP. Bioinformatic, structural, andfunctional analyses support release factor-like MTRF1 as a protein able to decode nonstandardstop codons beginning with adenine in vertebrate mitochondria. RNA. junio de 2010;16(6):1146-55.

8. Xiong Y, Mei W, Kim E-D, Mukherjee K, Hassanein H, Barbazuk WB, et al. Adaptive expansionof the maize maternally expressed gene (Meg) family involves changes in expression patterns and

protein secondary structures of its members. BMC Plant Biol. 1 de agosto de 2014;14(1):204.

9. Roque A, Ponte I, Suau P. Secondary structure of protamine in sperm nuclei: an infraredspectroscopy study. BMC Struct Biol. 24 de marzo de 2011;11(1):14.

10. Gana R, Rao S, Huang H, Wu C, Vasudevan S. Structural and functional studies of S-adenosyl-L-methionine binding proteins: a ligand-centric approach. BMC Struct Biol. 25 de abril de2013;13(1):6.


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12

11. Madej T, Lanczycki CJ, Zhang D, Thiessen PA, Geer RC, Marchler-Bauer A, et al. MMDB andVAST+: tracking structural similarities between macromolecular complexes. Nucleic Acids Res.enero de 2014;42(Database issue):D297-303.

12. Sousounis K, Haney CE, Cao J, Sunchu B, Tsonis PA. Conservation of the three-dimensionalstructure in non-homologous or unrelated proteins. Hum Genomics. 2 de agosto de 2012;6(1):10.

13. Fodor K, Harmat V, Neutze R, Szilgyi L, Grf L, Katona G. Enzyme:substrate hydrogen bondshortening during the acylation phase of serine protease catalysis. Biochemistry (Mosc). 21 defebrero de 2006;45(7):2114-21.

14. Olivera-Nappa A, Reyes F, Andrews BA, Asenjo JA. Cold Adaptation, Ca2+ Dependency andAutolytic Stability Are Related Features in a Highly Active Cold-Adapted Trypsin Resistant toAutoproteolysis Engineered for Biotechnological Applications. PLoS ONE [Internet]. 12 deagosto de 2013 [citado 15 de abril de 2015];8(8). Recuperado a partir de:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3741176/

15. Aguirre C, Condado-Morales I, Olguin LF, Costas M. Isothermal titration calorimetrydetermination of individual rate constants of trypsin catalytic activity. Anal Biochem. 28 de marzode 2015;

16. Rueda A, Sifuentes C, Gilman RH, Gutirrez AH, Pia R, Chile N, et al. TsAg5, a Taenia soliumcysticercus protein with a marginal trypsin-like activity in the diagnosis of humanneurocysticercosis. Mol Biochem Parasitol. diciembre de 2011;180(2):115-9.

17. Buchholz K, Kasche V, Bornscheuer UT. Biocatalysts and Enzyme Technology. John Wiley &Sons; 2012. 591 p.

18. Wingender J, Neu TR, Flemming H-C, editores. Microbial Extracellular Polymeric Substances[Internet]. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg; 1999 [citado 15 de abril de 2015].

Recuperado a partir de: http://link.springer.com/10.1007/978-3-642-60147-7

19. Bulleid NJ. Disulfide Bond Formation in the Mammalian Endoplasmic Reticulum. Cold SpringHarb Perspect Biol. 11 de enero de 2012;4(11):a013219.

20. Punta M, Coggill PC, Eberhardt RY, Mistry J, Tate J, Boursnell C, et al. The Pfam proteinfamilies database. Nucleic Acids Res. 29 de noviembre de 2011;gkr1065.

21. Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson JB, Chitsaz F, Derbyshire MK, DeWeese-Scott C, et al. CDD:a Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins. Nucleic Acids Res. 1 deenero de 2011;39(suppl 1):D225-9.

22. Leiros H-KS, Brandsdal BO, Andersen OA, Os V, Leiros I, Helland R, et al. Trypsin Specificityas Elucidated by Lie Calculations, X-Ray Structures, and Association Constant Measurements.Protein Sci. 9 de diciembre de 2003;13:1056 - null.

23. Page MJ, Di Cera E. Serine peptidases: classification, structure and function. Cell Mol Life SciCMLS. abril de 2008;65(7-8):1220-36.

24. Polgr L. The catalytic triad of serine peptidases. Cell Mol Life Sci CMLS. octubre de2005;62(19-20):2161-72.


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