ESTRUCTURA y ANALISIS

AMINOACIDOS

PEPTIDOS

PROTEINAS

Estructura de un alfa aminoácido

Lambert-Beer : A = log (Io/I)=e.c.l e = coef absorción molar c concentración

Intermediarios en la síntesis de arginina y ciclo de la urea

El zwitterion predomina en solución acuosa a pH neutro

Los recuadros indican las regiones de mayor poder tamponate

Los aminoácidos pueden actuar como ácidos o bases

Efecto del entorno químico en el pK, debido a las interacciones moleculares

La curva de valoración predice la carga eléctrica de los aminoácidos

• pH 5.97 punto de inflexión entre las dos etapas, la glicina esta en forma dipolar totalmente ionizada y sin carga neta

• este punto se denomina : pI

• PUNTO ISOELECTRICO

• pH < 5.97 positiva

• pH> 5.97 negativa

pI= 3.22

pI 7.59

Reacción de condensación Formación del enlace peptídico

Se nombran desde el residuo amino terminal a la izquierda

Trabajar con proteínas

• Se pueden separar y purificar• Extracto crudo• Diálisis• Cromatografía en columna• HPLC• Electroforesis• Secuenciación : degradación de Edman• Espectrometría de masas

En sucesivos pasos se va acotando en numero de bandas

Otorga a todas las moléculas una misma cargo por lo que migran en el campo eléctrico solo por su peso molecular

Electroforesis bidimensional

Secuencia de aa Citocromo c Hum residuos invariables amarillo

Punto de rupturas

1fluoro-2,4 dinitrobenceno

Solo rompe en los carbonilos que provienen de Met

ESPECTROMETRIA DE MASAS

• MALDI MS

• Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry

• Muy poca cantidad de muestra

• Mr es un parámetro critico para identificar la proteína

• ESI MS Electrospray Ionization

Espectroscopia de masas en tandem

ESPECTROMETRIA DE MASAS TANDEM

• HIDROLSIS CON PROTEASAS

• PRIMER EM SEPARA LOS FRAGAMENTOS IONIZADOS

• SE SELECCIONA UN PEPTIDO

• ESTE ENTRA A UNA CAMARA DE VACIO DONDE VUELVE A FRAGMENTARSE LA MAYORIA DE LAS FRAGMENTACIONES SE DA EN LOS ENLACES PEPTIDICOS

• EL SEGUNDO EM MIDE LA RELACION MASA/CARGA DE TODOS LOS FRAGMENTOS CARGADOS GENERANDO PICOS

• LOS PICOS SUCESIVOS TIENEN UNA DIFERENCIA DE UNA AMINOACIDO RESPECTO DE SU MASA

Síntesis química de un polipéptido sobre un soporte polimérico