Toma de muestras

HOSPITAL DE INFECTOLOGÍA CMN “LA RAZA”

CURSO DE ANTIBIÓTICOS E INFECCIONES

TEMA: TOMA DE MUESTRAS

Gustavo Leal R3MI HECMNRMéxico, D.F. - 15 Diciembre 2015

Introducción

Laboratorio de microbiología

Aislamiento, identificación y

determinación de sensibilidad a

antimicrobianos de microorganismos

causales de enfermedades

Detección de anticuerpos, antígenos y

ácidos nucleicos de diversas muestras

Diagnóstico precoz

Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en Microbiología Clínica; SEIMC 2003

Consecuencias de una muestra mal tomada

Fracaso de aislamiento

Aislamiento de

contaminantes no

relacionados a infección


Información clínica útil para procesamiento

■ Tipo de muestra (centrifugación, homogeneización=■ Medios de cultivo primarios■ Microorganismos sospechados (Medios de cultivo infrecuentes o

específicos)


Técnicas de diagnóstico rápido

■ Antígenos■ Ácidos nucleicos■ Inmunofluorescencia directa■ Aglutinación en látex■ Enzimoinmunoensayo■ Inmunocromatografía■ Anticuerpos


Toma de muestras

Hemocultivos

■ Desinfectar botellas con alcohol isopropílico al 70%, limpiar sitio de punción con alcohol – clorhexidina

■ Adultos 10-20cc por cada juego de hemocultivos■ Dividir en aerobios y anaerobios, 2 o 3 frascos por episodio séptico■ Infección de torrente sanguíneo confirmada

– 1 cultivo positivo por venopunción– Microorganismos de piel: >2 hemocultivos tomados en ocasiones

separadas para el mismo oranismo y síntomas clínicos

Septimus E. Clinician Guideleines for Collecting Cultures. CDC. Disponible en: http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html

http://www.cdc.gov/getsmart/healthcare/implementation/clinicianguide.html



Infecciones asociadas a catéter

■ Tomar un juego por el dispositivo y uno por venopunción■ Ambos deben ser positivos para el mismo microorganismo■ Sin otro sitio de infección■ Criterios

– Diferencia de crecimiento >2 horas– Razón >5:1 de línea central contra periférico– Alternativa: Tomar uno por el dispositivo y otro por punción para

cultivos de rutina





Consideraciones en hemocultivos

■ La presencia de fiebre no es sensible o específica para la presencia de bacteremia

■ Tiempo uno tras otro en sitios separados■ Volumen óptimo: 20 mL■ Porcentaje de detección

– 1 tubo: 73-80%– 2 tubos: 80-89%– 3 tubos: 95-98%– 5 tubos: 99-100%

J Clin Microbiol. 2007;45(11):3546.J Clin Microbiol. 2008;46(4):1381.

Consideraciones en hemocultivos

■ Medio de cultivo con resinas, agentes líticos o sustancias neutralizantes: Bacteremias en pacientes con antibiótico

■ Hongos filamentosos y dimórficos (Histoplasma capsulatum), micobacterias (M. Avium, M. Tuberculosis) detectados con sistema de centrifugación y lisis

■ BACTEC: Micobacterias■ Tiempo de incubación: 48 horas■ Fungemia: 24 a 48 horas adicionales■ HACEK (Haemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Eikenella

corrodens, Kingella): 5 días de incubación

Blood cultures for the detection of bacteremia: UpToDate 2015

Hemocultivos de seguimiento

■ Bacteremia por S. Aureus■ Endocarditis■ Fiebre, leucocitosis o signos de infección 72 horas después de inicio

de antibiótico■ Sitio de infección con poca penetración de antibiótico ■ Infecciones abdominales, SNC■ Presencia de prótesis valvulares, líneas intravasculares, o marcapasos■ Patógenos resistentes■ Sitio de bacteremia inicial desconocido

Blood cultures for the detection of bacteremia: UpToDate 2015

Punta de catéter

■ Remover de maner aséptica un segmento ~4 cm de la punta y almacenar en contenedor estéril

■ Transportar y prevenir que se seque■ Rodar punta en placa de agar: >15 colonias de microorganismo

aislado de cultivo periférico con signos y síntomas (y sin otra infección): CR-BSI

■ No se recomienda realizar de manera rutinaria





Absceso o herida

■ Limpiar superficie con alcohol al 70% y secar■ Aspirar pus o fluido de ser posible■ Transporte en jeringa o vial para anaerobios■ Solicitar tinción Gram■ Heridas crónicas: Biopsia o cultivo de tejido profundo





Esputo

■ No comida 1 a 2 horas previo■ Enjuague bucal del paciente para remover exceso de flora■ Tos profunda en contenedor estéril■ Inoculación inmediata■ Examen citológico (>10 células epiteliales escamosas): Nueva

muestra■ Tinción Gram


Clin Infect Dis. 1994;18(4):501.




Indicaciones de Gram y cultivo previo a tratamiento

■ Admisión a UCI■ Falla de antibióticos en paciente externo■ Lesiones cavitadas■ Abuso de alcohol■ Enfermedad pulmonar crónica■ Antígeno urinario positivo para S. Pneumoniae o Legionella■ Derrame pleural■ Neumonía nosocomial

Clin Infect Dis. 2007;44 Suppl 2:S27.

Interpretación

■ Semicuantitativo (1+ a 4+)■ Patógenos reales: 3+■ Hemocultivo y cultivo de expectoración iguales: sugiere etiología■ Broncoscopia: Puede q los microorganismos no sobrevivan

– Transporte prolongado– Solución salina bacteriostática

N Engl J Med. 1973;289(15):794.Sputum cultures for the evaluation of bacterial pneumonia. UpToDate 2015

Aspirado Traqueal

■ No requiere citológico■ Realizar tinción Gram y cultivos de rutina





Lavado broncoalveolar

■ Obtenido por broncoscopia o mini BAL■ Transporte rápido a procesamiento■ No se acepta para cultivos anaerobios■ De preferencia líquido concentrado para tinciones y cultivos■ Cultivos >100 UFC se consideran significativos





Broncoscopia

■ Mycobacterium tuberculosis■ P. Jirovecii■ Hongos■ Virus■ Malignidad

Clin Infect Dis. 1998;26(3):742.

Transporte y recolecciónMuestra Método Volumen Temperatura ComentariosExpectoración Contenedor

estéril25°C Lavar boca,

tinción GramBroncoscopia Contenedor

estéril25°C

Nasal Insertar torunda humectada en narinas, inocular

25 °C Detección de S. Aureus o estreptococo grupo A

Nasofaringe Torunda nasofaringe posterior, inocular

25°C

Garganta Faringe posterior y amígdalas

25°C Informar si se encuentra N. gonorrhoeae

Boruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate 2015

Orina

■ Chorro medio– Mujeres: Separar labios, colectar chorro medio en contenedor

estéril– Hombres: Retraer prepucio, colectar chorro medio en contenedor

estéril■ Cateterizados

– Recientes: Aspiración aséptica desde puerto de catéter urinario– Largo plazo: Cambio de sonda, punción aséptica de puerto

■ Transporte: Refrigerar a 4°C, en caso de retraso almacenar en tubo con ácido bórico





Tiras de orina

■ Sensibilidad y especificidad de 75 y 66% en mujeres de 17 – 70 años atención primaria

■ Nitritos, esterasa, eritrocitos, y síntomas■ VPN: 67%, VPP: 82%■ Mejora el diagnóstico de ITU, pero no descarta infección

Br J Gen Pract. 2010;60(576):495.

Health Technol Assess. 2009;13(19):iii.

Piuria

■ Pacientes infectados (>10 leucocitos/microL, o 10,000/mL)■ Punto de corte: 8 células/microlitro corresponde a 2-5 leucocitos por

campo en análisis de sedimento urinario■ Bacteriuria en ausencia de piruria: sugiere contaminación de muestra

Sampling and evaluation of voided urine in the diagnosis of UTI in adults: UpToDate 2015

Piuria estéril

■ Contaminación con solución esterilizante (limpieza meato)■ Contaminación con leucocitos vaginales■ Nefritis intersticial crónica■ Litiasis renal■ Tumor uroepitelial■ Proceso inflamatorio abdominal■ Microorganismos atípicos


Indicaciones urocultivo

■ Sospecha de ITU, excepto mujeres jóvenes no embarazadas con síntomas de cistitis

■ En dichos casos se indica en estas situaciones:– Sospecha de infección complicada– Síntomas atípicos– Sospecha de pielonefritis– Falla a tratamiento inicial– Síntomas recurrentes a menos de un mes de tratamiento


Transporte y conservación

■ Recipiente estéril■ Para toma de muestra de sonda desinfectar con alcohol, remover 5 a

10 mL■ Más de 1 mL para cultivo de rutina■ >20 mL para cultivo de hongos o micobacterias■ 4°C


Criterios para interpretación de resultados■ Recuentos significativos: 105 unidades formadoras de colonias por mililitro■ Recuentos inferiores:

– Orinas obtenidas por punción suprapúbica o procedentes del riñón: Cualquier recuento indica infección

– Mujeres jóvenes con síndrome miccional y leucocituria: >102 ufc/mL– Varones recuentos de 103 ufc/mL– Orinas obtenidas por sondaje vesical recuentos >103 ufc/mL de

cualquier microorganismo en cultivo puro■ Recuentos bajos <104 ufc/mL de microorganismos de piel o genitales

externos/internos: contaminantes

Andreu Domingo A et al. Diagnóstico microbiológico de las ITU. SEIMC 2010

Andreu Domingo A et al. Diagnóstico microbiológico de las ITU. SEIMC 2010

Transporte y conservaciónMuestra Método Volumen Temperatura ComentariosFluidos (Endomertrial, pélvico)

Contenedor anaerobio estéril

1 a 10 mL 4°C Apropiado para especímenes que no atraviesen áreas colonizadas

Chlamydia, Neisseria gonorrhoeae

Torunda o transporte chlamydia

4°C EIA, amplificación molecular

N. Gonorrhoeae Inoculado selectivo o kit de transporte

25°C Transporte de CO2

Herpes simplex Transporte de virus

4°C Depende de método

Vaginal “Swab” 4°C Trichomonas, candida, etc.

Próstata Masage prostático, contenedor estéril

1 a 5 mL última orina

4°C


Heces fecales

■ Colectar en contenedor estéril■ 3 días posterior a hospitalización: Considerar C. Difficile■ Un espécimen por día■ No se recomienda procesar heces formadas





Clostridium DifficileReacción en cadena de polimerasa

• Gen tcdB: Toxina B

Inmunoensayo enzimático para glutamato deshidrogenasa• No distingue entre cepas toxigénicas y no toxigénicas

Inmunoensayo enzimático para toxinas A y B• Citotóxica: Toxina B• Sensibilidad 75%, especificidad 99%

Cultivo de citotoxicidad celular• Estándar de oro• Heces a células: Efecto citopático de C. Difficile

Cultivo anaerobio

Lamont JT, Clostridium difficile infection in adults: Clinical manifestations and diagnosis. Uptodate 2015

Transporte y recolecciónMuestra Método Volumen Almacenamie

ntoComentarios

HecesCultivo de rutina

Contenedor estéril o medio de transporte de heces

>2 gramos 4°C (25°C si se utiliza sistema entérico)

No enviar a cultivo muestras de pacientes hospitalizados >3 días

Toxina C. Difficile

Contenedor estéril

>5mL 5°C por <24 hrs-20°C por >24 hrs

Diarrea >3 días hospitalizado

Huevos y parásitos

Medio estéril 25°C Muestras frescas: Examen inmediatoBoruchoff SE et al. Microbiology specimen collection and transport. UpToDate

2015

Muestras gastrointestinales


Líquido cefalorraquídeo

■ Obtener previo a antimicrobiano■ Meningitis: Obtener de 2 a 4 hemocultivos■ Bacterias: 1-2 mL, micobacterias u hongos: 5-10 mL■ Evaluación inicial (glucosa, recuento celular con diferencial, protéinas,

tinción Gram, cultivo de bacterias)■ Muestra adicional para estudios adicionales después de evaluación

inicial■ Tubo inicial: Mayor probabilidad de contaminación con flora cutánea,

no se recomienda para tinciones, cultivo, frotis, o estudios moleculares


Jo Baron E, Miller M, et al. IDSA Guidelines 2013




Líquido cefalorraquídeo■ Enterovirus (Echovirus y coxsackievirus): Ensayos moleculares■ Sensibilidad tinción Gram

– Sin antibióticos: 60-80%– Con antibióticos: 40-60%

■ Micobacterias: 5 mL– Sensibilidad cultivo: 25-70%– Amplificación ácidos nucleicos: baja sensibilidad

■ Criptococos– Tinta china: >90% sensibilidad y especificidad

■ Coccidioides – Fijación de complemento


Diagnóstico microbiológicoAgente Procedimiento Muestra óptima TransporteStreptococcus pneumoniae

Neisseria meningitidis

Listeria monocytogenes

Streptococus agalactiae

Haemophilus influenzae

Escherichia coli

Enterobacteriaceae

Elizabethkingia meningoséptica

Tinción Gram

Cultivo aerobios

LCR, sangre Contenedor estéril

Cultivos aerobios

Jo B

aron

E, M

iller M

, et a

l. ID

SA G

uide

lines

201

3

Diagnóstico microbiológicoAgente Procedimiento Muestra óptima TransporteMycobacterium tuberculosis

Tinción ZNCultivo micobacteriasAAN

LCR >5mL Contenedor estéril en 2 hrs

Treponema pallidum

VDRL, FTA ABS LCR Contenedor estéril

Cryptococcus neoformans, gattil

Prueba antígenoTinción chinaCultivo de hongos

LCR Contenedor estéril cerrado 2 hrs

EnterovirusParaechovirusVaricella Zoster

AAN LCR Contenedor cerrado 2 horas


Cavidades estériles

Muestra Método Volumen Temperatura ComentariosPeritonealPericárdicoSinovialPleural

Contenedor estéril o inoculación en frascos de hemocultivo

De 1 a 10 mL 4°C No enviar en fluido

Especificar sospecha de artritis gonocócica


Piel y Tejidos Blandos


Huesos y articulaciones

■ Artritis: Líquido sinovial■ Osteomielitis: Biopsia ósea o exudado


Toma de muestras

Healthcare

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