Expoquimia 2011: Forum Biotech - Oscar Salazar

GENÓMICA

Misión y visión en el diagnóstico molecular.

Dr. Óscar Salazar, Gerente de I+D. Genómica SAU (G rupo Zeltia).

GENÓMICA: misión y visión en el diagnóstico molecular

• Fundada en 1990. Ubicada en Coslada, Madrid.• Participación del 100% del Grupo Zeltia. • Actividades:

– Productos de diagnóstico in vitro: I+D, fabricación y distribución.distribución.

– Identificación genética:• Análisis de Huella Genética.• Proyectos “llave-en-mano”

• Certificaciones de calidad: ISO 9001:2008, ISO 13485:2003 (IVD), ISO 17025, Marcado CE (IVD).

MISIÓN DE LA COMPAÑÍA

“Mejorar los métodos actuales de diagnóstico molecular e identificación genética

con herramientas fiables, automáticas y de acuerdo a los más altos estándares de calidad”

DIAGNÓSTICO MOLECULAR HUELLA GENÉTICA


DIAGNÓSTICO MOLECULARDetección e identificación de material

genético microbiano o humano procedente de muestras clínicas como marcadores de

patologías.

HUELLA GENÉTICAIdentificación humana y parentesco.

Identificación y trazabilidad de células madre.

DNA FINGERPRINTING

DIAGNÓSTICO IN VITRO : TECNOLOGíA CLART®

(Clinical Array Technology)

TIRA DE 8 POCILLOS PLACA MICROTITER


CLART® es una plataforma de diagnóstico molecular consistente en un microarrayimpreso en el fondo de un pocillo de placa microtiter (CLART® Strip–CS). Elmicroarray contiene hasta 195 puntos de hibridación. Cada punto posee sondasde ADN específicas que hibridan con las secuencias de ADN diana amplificadas apartir de la muestra clínica.

o

CLART®: FLUJO DE TRABAJO

MuestrasClínicas:

Extracción y Purificación

45 min

PCRAmplificación

Visualización

Secuencia del análisis, 4-8 horas.


Torundas

Biopsias

Orina

Hemocultivos

Heces

Sangre

Lavado nasofaríngeo.

CAPClinical Arrays Processor

CARClinical Arrays Reader

Automática

EXTRACCION DE MATERIAL GENETICO A PARTIR DE MUESTRAS CLINICAS. Particularidades técnicas.

El aislamiento y la purificación de material genético a partir de muestras clínicas es

actualmente uno de los mayores desafíos técnicos planteados en el diagnóstico

molecular.


NECESIDADES:

• Optimización de un protocolo de extracción rápido y único para ADN/ARN.

• Proporcionar altos valores de sensibilidad y especificidad.

• Versatilidad para la extracción de diferentes tipos de muestras clínicas.

• Posibilidad de automatización para procesar el mayor número de muestras.

• Uso por personal técnico de laboratorio no altamente cualificado.

VENTAJAS:

•Purificación efectiva de ADN y ARN.

•Compatible para su uso en las diferentes modalidades de PCR.

•Alta pureza:

EXTRACCIÓN AUTOMÁTICA DE ÁCIDOS NUCLEÍCOS BASADA EN EL USO DE PARTÍCULAS MAGNÉTICAS


•Alta pureza:

•Rendimientos óptimos a partir de diferentes tipos de muestras clínicas: heces,

sangre, LCR, etc…

•Eliminación de inhibidores de PCR.

•Alta reproducibilidad.

•No degradación de ADN/ARN purificado.

•Flexibilidad en los volúmenes de muestra primaria/elución (input/output).

Plasma/SueroHespesvirusEnterovirus

Sangre directaCMVBacteria gram +Bacteria gram -

Lavado/exudado nasofaringeo Virus respiratorios:FluA, B, C, PIV, rhinovirus, RSV, ecovirus, coronavirus…

Torundas cervicalesHeces:

LCRHespesvirusEnterovirus

TIPOS DE MUESTRA EN DIAGNÓSTICO MOLECULAR DE VIRUS Y BACTERIAS EN ENFERMEDADES INFECCIOSAS

Hemocultivos


Biopsias cervicalesHPV (HR-LR)

Torundas cervicalesHPV (HR-LR)

Heces:Salmonella, E. coli (EP)Yersinia, Shigella, Clostridium difficile, Aeromonas, Campylobacter jejuniCampylobacter coli

Citologías líquidasHPV (HR-LR)

HemocultivosBacteria gram +Bacteria gram -Hongos

AISLAMIENTO Y PURIFICACIÓN DE ÁCIDOS NUCLEICOSMEDIANTE EL USO DE PARTÍCULAS MAGNÉTICAS.


MULTIPLEX PCR.

-Amplificación de múltiples dianas de forma simultánea en un solo tubo:

-Optimización:

DISEÑO


•Adición de una pareja de primers que amplifique el ADN genómico

humano: Control positivo de extracción.

•Adición de un control interno de amplificación: plásmido recombinante y

dos primers específicos : Control positivo de amplificación.

Diana 1

Diana 2

Diana 3

MULTIPLEX PCR. OPTIMIZACIÓN

Tubo final multiplex

PCR -Sensibilidad óptima paratodas las dianas.

-Especificidad óptima paratodas las dianas.


Diana 4

Diana n

Control Interno pGEMT

todas las dianas.

-Única temperatura de anillamiento.

-No interacciones entre primers.

-Equilibrio de amplificación entre dianas y control interno.

TECNOLOGÍA CLART®: PROCESO DE HIBRIDACIÓN Y VISUALIZACIÓN:

1-Hibridación:


El ADN amplificado porPCR se marca con biotina y se añade al microarray

El microarray incluye hasta 195 posiciones de cDNA inmovilizado en una superficie orgánica que se hibridan con las secuencias específicas de ADN de la muestra.

Los fragmentos de DNA marcado hibridanespecíficamente con las sondasinmovilizadas en el microarray.

2-Lavado 1: eliminación de amplicones no hibridados.3-Conjugado4-Lavado 2: eliminación de restos de conjugado5-Revelado.

TECNOLOGIA CLART®: PROCESO DE HIBRIDACION Y VISUALIZACION:


El microarray es incubadocon un conjugadoestreptavidina-peroxidasa el cual se uneespecíficamente a lascadenas de ADN marcadocon biotina

En presencia de tetramethylbenzidina (TMB), la actividad peroxidasa del conjugado induce la apariciónde un producto insoluble el cualprecipita en los puntos de hibridación del microarray.

IMAGEN FINALPuntos oscuros indican

hibridación

SOFTWARE DE ANALISIS DE IMAGEN

TECNOLOGIA CLART®: PROCESAMIENTO DE IMAGEN Y ANÁLISIS


INFORME FINAL AUTOMATICO

hibridación

SOFTWARE DE PROCESAMIENTO Y ANÁLISIS DE IMÁGENES SAICLART®

•Software de procesamiento de imagen para microarrays desarrollado íntegramente por GENOMICA.

•Sus avanzados algoritmos son capaces de detectar e identificar los spots y obtener medidas cuantitativas de

alta precisión:

•Resultados rápidos y reproducibles.

•Integración de múltiples métodos de normalización y corrección del fondo.

•Interpretación de layouts de cualquier dimensión, con una o más gradillas, una o más muestras por imagen, etc.


•Interpretación de layouts de cualquier dimensión, con una o más gradillas, una o más muestras por imagen, etc.

•Alineamiento de la cuadrícula avanzado, capaz de procesar microarrays imprimidos en pocillos individuales en cualquier

ángulo de rotación.

•Gestión de la información:

•Conexión a LIMS.

•Informe de resultados disponible para su almacenamiento, exportación e impresión.

•Generación de una carpeta electrónica por muestra y/o paciente.

•Rutas de exportación y back up establecidas por el usuario.

•Generación de tres informes complementarios por muestra.

PLATAFORMAS DE PROCESAMIENTO CLART®

CAR-Clinical Array Reader CAP-Clinical Array Processor

•El CAR es un lector diseñado para la lectura e interpretación

automática de los resultados de diagnóstico procesados

con la tecnología CLART®.

•Formato arrays: tiras de 8 pocillos (CS).

•Permite analizar desde 1 hasta 96 muestras

•Realiza el procesamiento de 96 muestras

simultáneamente de forma automática.

•Formato arrays. Placa microtiter 96 pocillos (CSP).

•Reduce considerablemente el tiempo de trabajo en la

técnica y el posible error debido al factor humano.

GENOMICA: misión y visión en el diagnóstico molecular

CSCSP

•Permite analizar desde 1 hasta 96 muestras

simultáneamente.

•Procesamiento automático de imágenes.

•Compatible para todos los productos IVD de GENOMICA.

técnica y el posible error debido al factor humano.

GARANTÍAS DE CALIDAD DE PRODUCTOS CLART ®

Calidad de resultados garantizada al INCORPORAR VARIOS CONTROLES:

•Se asegura la presencia de ADN en el análisis: control de DNA genómico humano incluido.

•Se comprueba que la amplificación se ha realizado correctam ente : inclusión de un control internode amplificación

•Se incluyen en el array varias sondas diferentes por diana .


•Se incluyen en el array varias sondas diferentes por diana .

•Una misma sonda están al menos impresa por triplicado en el ar ray: para las dianas y controles,evitando alteraciones locales sobre los puntos que pudieran afectar a los resultados finales,proporcionando robustez.

•Realización de validaciones internas y externas con significado clínico en hospitales nacionales einternacionales de referencia, permitiendo el establecimiento de parámetros analíticos y diagnósticos:

•Sensibilidad

•Especificidad

•Marcado CE : todos los productos cumplen la directiva 98/79/CE.

•Reproducibilidad

•Repetibilidad

ARRAY DE USO CLÍNICO: VENTAJAS

� Diagnóstico rápido y específico que facilita al clínico una toma de decisión a tiempo.

� Detección múltiple de varias dianas en un solo análisis de forma sencilla y automática.

• Alta especificidad que facilita la incorporación de gran variabilidad de sondas.

• Gran sensibilidad que permite la detección de microorganismos presentes en un bajo número decopias.


• Rapidez y reducción de costes al permitir la realización de varias pruebas simultáneamente, deforma eficaz. Proporciona un diagnóstico rápido en ocho horas máximo.

• Posibilidad de automatización de todo el ensayo, lo cual elimina errores de manipulación.

• Hasta 195 puntos en un array de baja densidad, lo que facilita la incorporación de todos loscontroles necesarios para asegurar la fiabilidad del sistema.

• Posibilidad de registro de datos y almacenamiento de imágenes en disco duro . Creación dehistoriales de pacientes. Conexión a LIMS en sistemas hospitalarios.

• Interpretación automática de los resultados utilizando un software específico para cadaaplicación. Ausencia de valoraciones subjetivas. Informe final de resultados.

• Codificación de cada prueba mediante etiquetas Data Matrix. Protección de datos.

PRODUCTOS CLART®DIAGNÓSTICO IN VITRO

�CLART® HPV: detección y genotipado de hasta 35 tipos de virus del PapilomaHumano, incluyendo todos los de alto riesgo de desarrollo de cáncer de cuello deútero.


�CLART® MetaBone : detección de polimorfismos relacionados con la pérdida deDensidad Mineral Ósea (DMO) y riesgo de fractura. Detección de mutacionespresentes en los genes colágeno tipo1, receptor de la vitamina D, receptor deestrógenos y receptor de calcitonina.

�CLART® PneumoVir : detección simultánea de los 17 tipos más frecuentes devirus humanos que causan infecciones respiratorias en un solo test.

Incluye: Adenovirus; Bocavirus; Coronavirus; Enterovirus (Echovirus);Influenza A (incluyendo la variante pandémica H1N1 2009), B y C;Metapneumovirus (subtipos A y B); Parainfluenza 1, 2, 3, y 4 (subtipos A y B);Rhinovirus; Virus Respiratorio Sincitial tipo A (VSR-A); Virus Respiratorio Sincitialtipo B (VSR-B).

�CLART® ENTHERPEX: detección de virus Herpes Humanos y Enterovirusen un solo ensayo. Incluye: HSV-1, HSV-2, VZV, CMV, EBV, HHV-6, HHV-7,HHV-8; Enterovirus (Poliovirus, Echovirus y Coxsackievirus).

�CLART® Septibac +: detección de bacterias gram positivas y hongos

PRODUCTOS CLART® DIAGNÓSTICO IN VITRO II


�CLART Septibac : detección de bacterias gram positivas y hongoscausantes de sepsis a partir de hemocultivos: Staphylococcus spp (S. aureus,S. hominis, S. haemolyticus, S. epidermidis), Streptococcus spp (S.pneumoniae. S. pyogenes, S. agalactiae, S. mitis, S. sanguinis, S. millerii),Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes, Enterococcus faecalis,Entecoccus faecium, Candida spp (C. albicans, C. glabrata, C. krusei, C.parapsilosis), y marcador de resistencia a metilicina mecA.

�CLART® EnteroBac: identificación de patógenos bacterianos causantes dediarrea infecciosa presentes en muestras fecales mediante la detección defactores de virulencia y enterotoxinas de Escherichia coli (EP, ET, EH, EI),Clostridium difficile (toxina B), Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia spp.,Campylobacter spp. (C. coli y C. jejuni) y Aeromonas spp. (toxina aerolisina).

GRACIAS POR SU ATENCIÓN


GENOMICA S.A.U.Alcarria 7 | Pol. Ind. Coslada | Coslada

Madrid | 28823Phone: +34 91 674 89 90 | Fax: +34 91 674 80 91

www.genomica.com

Expoquimia 2011: Forum Biotech - Oscar Salazar

Science

Transcript of Expoquimia 2011: Forum Biotech - Oscar Salazar